19 ноября 1880 года Макгрегор стал генерал-квартирмейстером индо-британских войск и заодно начальником разведывательного департамента. Лучшего кандидата на эту должность было и не найти. Работу разведслужбы генерал жестко систематизировал. Прежде всего он перенес штаб разведки в Симлу, поближе к Средней Азии и Памиру. Основную задачу для штаба он определил как сбор и оценка информации о российских войсках в регионе. Кроме того, разведчики переводили на английский язык все доступные российские источники: книги, статьи, перехваченные письма. За сбор полевой информации отвечали офицеры погранслужбы и Корпуса разведчиков, информацию они передавали в политический департамент. За картографическую работу отвечала Служба Индии (встречается и другое название — Индийская служба), та самая, за которой числились пандиты. Но четкой координации между службами и обмена информацией не было. Макгрегор попытался эту работу систематизировать, хотя и безуспешно.
Чиновникам политического департамента да и Службы Индии не сильно понравилось, что генерал лезет в их дела. И, кроме того, многие не разделяли этих паникерских настроений про русскую угрозу или были уверены, что русскую армию можно будет остановить на самых дальних подступах. И тогда Макгрегор решил показать коллегам, что Индия совершенно беззащитна. Летом 1883 года, он, имея доступ ко всем отчетам разведки, приступил к написанию книги «Оборона Индии». Он собирал материалы почти год, консультировался с коллегами, подолгу и часто разговаривал со своим другом генералом Робертсом, сидел над картами, высчитывал расстояния, анализировал возможности русской армии исходя из хода боевых действий в Азии, на Балканах и на Кавказе. И в июне 1884 года его книга с таблицами, картами и приложениями увидела свет в Симле, где ее напечатали в штаб-квартире разведки.
Макгрегор считал, что русская атака на Индию будет совершена с пяти направлений. Русские пройдут через Герат, через Центральный Афганистан, провинцию Бамиан к границе, через Кабул к Хайберскому ущелью, и две колонны пойдут с севера через Читрал и Гилгит. Генерал предположил, что русским будет достаточно собрать группировку в 95 000 человек, а индийская армия не сможет противостоять русским. И дело не в количестве, а в качестве боевой подготовки. Поэтому Макгрегор писал, что штат индийской армии следует увеличить, что английским войскам надо срочно занять Герат и поставить гарнизон в Кандагаре. Еще он обратил внимание на то, что русские строят сеть железных дорог в Средней Азии, и делают это быстро и качественно.
Генерал писал, что договориться с русскими не получится никогда и единственный способ спасти ситуацию — это давить на Петербург через Германию, Австрию и Турцию. «
Но, конечно, прежде всего с ней ознакомились русские военные аналитики и востоковеды. В числе ее первых читателей были генералы Терентьев и Соболев. И вообще, русская военная разведка в эти годы вовсе не бездействовала. А то может сложиться впечатление, что вот, дескать, у англичан и пандиты были, и секретные службы, и аналитика, и великие разведчики, а у Российской империи ничего. В действительности в России была и своя аналитика, часто ей занималось Императорское Русское географическое общество. Были и разведчики, не хуже, а даже лучше английских.
Имя одного из них мы знаем с детства, его потрет мы видели в школьном учебнике географии. Звали его Николай Михайлович Пржевальский. Выпускник Академии Генерального штаба, он считается одним из родоначальников современной оперативной разведки. Как минимум в России. Потому что англичане тоже работали по схожей схеме. Считается, что Пржевальский предложил Генштабу вести самостоятельную разведку, то есть самому выезжать в экспедицию, собирать информацию под видом научных изысканий. До этого просто собирали информацию, военно-научные экспедиции проводились редко. Скорее, они были научно-дипломатическими, как, скажем, поездка Игнатьева в Хиву и Бухару. Того, что начал делать Николай Михайлович, не делал никто раньше.