По схеме, отработанной Пржевальским, был подобран личный состав. Три офицера, конвой из двенадцати казаков и восемь киргизов. Организацией похода занимался начальник Ферганской области генерал Абрамов, а официальной целью были заявлены научные изыскания, для чего были подготовлены письма к правителям Шугнана и Вахана. 8 июня отряд вышел из города Ош и отправился в долгое путешествие по Памиру и Кашгару. В этом походе было пережито немало — правители княжеств сначала не хотели пускать русских, потом решили, что это передовой русский отряд, а где-то дальше идут основные силы, чтобы воевать с афганцами. Кашгарские власти пытались задержать разведчиков, но были вынуждены отпустить их после трехдневного разбирательства. Путята в итоге добрался до ваханского правителя и посетил его столицу, городок Кала-и-Пяндж. Ваханский правитель просил Путяту о покровительстве России и о введении войск, но у капитана не было полномочий принимать такие решения. А вот англичане именно после этих переговоров стали давить на Абдуррахмана, чтобы он ускорил военную операцию.
Отряд бесстрашных разведчиков то соединялся, то разделялся на две группы, которые выполняли разные военно-политические задачи. При этом постоянно велось картографирование местности. Разведгруппа вернулась в Маргелан в конце ноября 1883 года. Результаты работы получились внушительными. С научной точки зрения в том числе. Были определены 12 астрономических пунктов и измерены барометрические высоты около 400 точек, было обследовано 47 000 квадратных верст на Памире, и после этого русское внешнеполитическое и военное ведомства стали ставить вопрос о границах с Афганистаном на Памире.
А еще в ходе экспедиции удалось собрать сведения разведывательного характера о политической ситуации, событиях в памирских бекствах, причем в отчете Путята обратил особое внимание на то, что местное население к афганцам относится плохо и хотело бы получить русский протекторат. Но писал он это уже в тот момент, когда в бекствах стояли афганские войска. Так что Мервская операция Алиханова была больше ответом России на английские выходки.
На вторжении в Памирские бекства Абдуррахман не остановился. То есть он, может, и хотел бы, потому что в целом неприязни к русским не испытывал. Но вот англичане считали иначе и полагали, что если они финансируют эмира и его страну, то ему стоит делать то, что хотят в Калькутте и Лондоне. А там хотели провокаций. И место для провокаций нашлось. Называлось оно Пендинский оазис. Он находился на реке Кушке, на линии русско-афганского разграничения, и считался спорной точкой, переговоры о принадлежности которой все никак не могли закончиться. Понятно, что Россия вела переговоры не с Кабулом. Петербург о границах Афганистана говорил с Лондоном. После присоединения Мерва первый шаг сделали англичане. Под предлогом уточнения северных границ Афганистана они отправили на Кушку военно-дипломатическую миссию во главе с генералом Лэмсденом. Английские топографы заодно исследовали переправы через Амударью, и вообще «дипломатическая» миссия была очень убедительной — несколько сотен солдат и офицеров. Сначала англичане объехали север Афганистана, встречались с вождями племен, старейшинами, выясняли настроения, чтобы понять — случись война с русскими, афганцы пойдут воевать или нет.
Но и Российская империя тоже отправила свою «дипломатическую» миссию под командованием генерала Александра Виссарионовича Комарова, который был тогда начальником Закаспийской области. Англичане приказали Абдуррахману отправить на границу афганские войска. Началось противостояние дипломатов в погонах на Кушке. Сопровождалось оно перепиской между Лондоном и Петербургом. Россия заявляла, что оазис Панджшех принадлежит ей на том основании, что она владеет Мервом. Лондон отвечал, что не все так однозначно, мол, поверьте, не все хотят присоединения к России. На границе шли свои бумажные баталии. Переписывались и генералы отрядов — русского, афганского, и начальник английской миссии. Причем тут тон переписки сильно отличался. На словах разгневанный генерал Комаров приказал афганским отрядам немедленно удалиться. Афганский командующий отказался. Комаров обратился к генералу Лэмсдену и у него потребовал, чтобы афганские отряды убрались из русского оазиса. Лэмсден тоже ответил отказом.
Сохранившаяся переписка между русскими и британскими офицерами невероятно захватывающая.
«От Генерала Сэр Питера Лемсдена
Подполковнику Алиханову.
Калэ-и-Моур, 19-го февраля н. ст. 1885 г.
Подполковник Риджуэ представил мне полученное им вчера от Вас письмо. Я не могу не высказать своего удивления по поводу тона, в котором оно написано, и должен прибавить, что, после вчерашнего объяснения моего с представителем Эмира, я нахожу, что мною исчерпаны все средства к удержанию Афганцев от принятия мер, которые они могут признать необходимыми для защиты своих прав.