Впрочем, были у экспедиции и политические задачи. Поскольку Индия была охвачена восстанием сипаев, а Персия только недавно закончила войну с Англией, то предполагалось, что в ходе работы в Персии можно будет собрать сведения об обстановке на Востоке и Южной Азии, о настроениях элит. Кроме того, Ханыков получил задание от Министерства иностранных дел попытаться провести переговоры с правителями афганских провинций. Официальный Петербург всерьез и обоснованно опасался, что через Афганистан и Персию англичане рано или поздно начнут движение дальше на север, в Центральную Азию. Как полагал путешественник и разведчик Егор Петрович Ковалевский, «нельзя же было Министерству иностранных дел оставить в Средней Азии как можно более обширное пространство земель, так сказать, нейтральных, не принадлежащих ни той, ни другой державе; мысль эта довела до того, что пока мы оставались спокойными и равнодушными в своих границах, Англия подвинулась из Индии до Лагора, завоевала последний, поставила комиссара своего в Афганистане и распространила влияние свое на Герат».
Ханыков получил из Министерства иностранных дел специальную инструкцию, в которой говорилось, что ему надо будет восстановить официальные отношения между Российской империей и Афганистаном. Он должен был проехать в Кабул и провести переговоры с эмиром Дост Мухаммедом. В инструкции подчеркивалось, что Россия стремится максимально поддержать независимый Афганистан. Кроме того, предполагалось, что Ханыков сможет посетить Кандагар.
И персидская часть похода удалась. Из Баку в марте 1858 года ученые добрались в Астрабад, потом в Тегеран, где провели с шахом удачные переговоры по экономическим вопросам. Потом были Шахруд, Нишапур и Мешхед; в Герате экспедиция работала несколько месяцев, детально изучая Гератский оазис.
Оттуда Ханыков отправил письмо к Дост Мухаммеду. Попросил разрешения прибыть в Кабул. Афганский правитель отлично помнил, чем закончились его прежние контакты с русскими дипломатами. Русские его предали. Англичане свергли. Разорительная война едва не уничтожила страну. Так что Дост Мухаммед, всего лишь за год до этого заключивший новый договор с Британской империей, отклонил предложение о встрече. В письме Ханыкову он сообщил, что не желает ссориться с могущественным соседом.
В Герате русская экспедиция работала, конечно, не просто так. Значение Герата понимали не только англичане. В 1857 году, то есть вскоре после окончания Крымской войны и как раз накануне отправки всех трех азиатских миссий, генерал-майор Генерального штаба Егор Иванович Чириков составил докладную записку о возможности английского прорыва в Центральную Азию. Он писал:
«Рассматривая Среднюю Азию, заключающую в себе Персию и Афганистан, представляется интересное зрелище развивающейся политической борьбы между Россиею и Англиею. Намерения первой прямы и естественны: они состоят в том, чтобы упрочивать свое влияние на соседей, отчасти полуобразованных, отчасти полудиких; извлекать себе позволительные выгоды через торговые сношения и вообще, чтобы действовать на сопредельные с Россиею национальности так, как необходимо должно действовать на азиатские племена государство благоустроенное и сильное.
Намерения же Англии состоят в том, чтобы поддерживать искусственное здание владычества своего в Индии, расширить до невозможности круг для сбыта своих мануфактурных произведений, и ко всему этому присоединяется, наконец, зависть против России, которая по своему географическому положению есть единственная соперница Англии в Средней Азии.
Характер этой борьбы в настоящее время есть чисто политический и коммерческий, а рано или поздно, есть вероятие, что и оружие примет участие в последовательностях этой борьбы.
Нельзя полагать, чтобы Англия имела намерение распространять завоеваниями к северу свои Индейские владения, и без того слишком обширные. Но политическое вмешательство ее в дела Афганистана упрочивает влияние на Персию, обхватывая ее почти со всех сторон, открывает Англии новые торговые пути, сближает с Каспийским морем, угрожает тем России и, наконец, поддерживает непрочное здание Индейских владений.