4 февраля 2010 г. 21 депутат Госдумы от фракции КПРФ поставил свои подписи под депутатским запросом на имя председателя СКП РФ Александра Бастрыкина. Поводом для этого послужили факты, обнародованные на пресс-конференции главного редактора интернет-портала Conspirology.org Сергея Почечуева и политтехнолога Игоря Осовина, заявивших, что «была сформирована зондеркоманда Николая Панкова [депутат ГД РФ, бывший глава секретариата Володина], которая уничтожала доброе имя и репутацию тех людей, кто объявлялся личными врагами вождя саратовских единороссов Вячеслава Володина». По словам Почечуева, в числе тех, на кого журналисты «смотрели через прицел черного пиара», оказались, в частности, саратовский губернатор Павел Ипатов, экс-председатель областного суда Александр Галкин, депутаты Госдумы Валерий Рашкин (КПРФ) и Кира Лукьянова («Справедливая Россия»), спикер гордумы Саратова Олег Грищенко[104].
В апреле 2010 г. суд Ленинского района Саратова постановил, что депутат Госдумы, член фракции КПРФ Рашкин должен выплатить 1 млн. рублей в качестве компенсации морального ущерба Вячеславу Володину. Рашкин выплатил эту компенсацию мешками с мелкими монетами, собранными на митингах.
21 октября 2010 г. был Володин был назначен заместителем председателя правительства — руководителем аппарата правительства (сменил Сергея Собянина, назначенного мэром Москвы), а также заместителем председателя комиссии по модернизации. В тот же день он был освобожден от должности секретаря президиума Генсовета партии «Единая Россия», но сохранил членство в президиуме генсовета. В октябре 2010 г. был кооптирован в состав бюро высшего совета партии.
С 2011 г. — председатель комиссии правительства РФ по законопроектной деятельности, председатель правительственной комиссии по внедрению информационных технологий в деятельность государственных органов и органов местного самоуправления, председатель правительственной комиссии по оценке результативности деятельности федеральных и региональных органов исполнительной власти, председатель правительственной комиссии по проведению административной реформы, председатель аттестационной комиссии правительства РФ, председатель комиссии по организации подготовки управленческих кадров для организации народного хозяйства РФ, член ряда других правительственных комиссий.
В июне 2011 г. стал руководителем избирательного штаба партии «Единая Россия» и руководителем штаба Общероссийского народного фронта (ОНФ). Володин фактически оттеснил заместителя руководителя администрации президента РФ Владислава Суркова от руководства избирательной кампанией[105].
27 декабря 2011 г. был переведен из правительства в администрацию президента РФ на должность заместителя руководителя после назначения главой Сергея Иванова, сменившего Нарышкина. После назначения вышел из партии «Единая Россия».
Уйдя из руководства партии, Володин сохранил свое влияние. К числу близких сотрудников Володина в руководстве партии относятся секретарь генерального совета ЕР Сергей Неверов, заместители секретаря генерального совета Ольга Баталина (начинала политическую карьеру в Саратове) и Андрей Исаев, член президиума генсовета, активистка «Молодой гвардии Единой России» Алена Аршинова.
В 2012 г. был руководителем неформального избирательного штаба Владимира Путина на выборах президента РФ.
22 апреля 2014 г. Володин вошёл в состав наблюдательного совета Высшей школы экономики (ВШЭ) и возглавил его.
В мае 2012 г. указом президента Путина был назначен первым заместителем руководителя АП.
Оценивая влияние Володина на кадровую политику Кремля, газета «Коммерсант» писала: «В кадровых вопросах господин Володин предпочитает опираться на выходцев из Саратова, коллег по блоку "Отечество — Вся Россия" и людей, найденных за время работы в "Единой России»[106].
В октябре 2012 г. лидер КПРФ Геннадий Зюганов назвал одной из главных причин усиления «холодной гражданской войны» в России приход Володина на место Суркова. Это приход, по его мнению, «повлек перемены в работе администрации: на смену театральщине пришли беспредельщина и криминальная давиловка»[107].
В ноябре 2013 г. Алексей Навальный в своем блоге написал, что Володин является фактическим владельцем шикарного особняка и двух земельных участков суммарной площадью 19.425 кв. м в дачном кооперативе «Сосны» в д. Лешково Истринского района Московской области (второй участок был оформлен на кооператив). В публикациях Навального участок назван «парковым ансамблем», согласно аэрофотоснимкам на нём имеются пруд, галереи, банный комплекс и вертолётная площадка.