С 17 января 2012 г. по сентябрь 2014 г. — председатель Военно-промышленной комиссии при правительстве РФ. С 10 сентября 2014 г. — заместитель председателя Военно-промышленной комиссии РФ (председатель комиссии — Путин), председатель коллегии комиссии.
15 февраля 2012 г. стал заместителем председателя Совета при президенте по делам казачества (председатель Совета — Александр Беглов), сохранил этот пост в новом составе Совета, утверждённом 31 июля 2012.
С 21 марта 2012 г. — специальный представитель президента РФ по Приднестровью (вновь утвержден 2 августа 2012 г.).
В мае 2012 г. добился переподчинения Гособоронзаказа из ведения Минобороны в прямое подчинение правительству, то есть под кураторство самого Рогозина.
29 сентября 2012 г. по инициативе Рогозина проведён учредительный съезд Добровольческого движения особого назначения в поддержку армии, флота и оборонно-промышленного комплекса (ДОН), во главе с председателем Сергеем Жигаревым (депутат Госдумы от ЛДПР, бывший руководитель Подмосковной «Справедливой России») и секретарём Алексеем Журавлёвым.
В 2013 г. Рогозин подписал директиву о назначении Алексея Ананьева гендиректором ОАО «Корпорация «Системы управления». Братья-миллиардеры Алексей и Дмитрий Ананьевы ранее финансировали проекты Рогозина (партия «Родина» и др.).
17 марта 2014 г. США, Евросоюз и Канада ввели в отношении Рогозина санкции. В апреле 2014 г. Швейцария, а в июне 2014 г. Австралия также включили Рогозина в свои санкционные списки.
В мае 2014 г. во время боев на востоке Украины Рогозин написал в микроблоге в твиттере: «Эх, ребята. Поменял бы сейчас, не задумываясь на миг, все свои должности на счастье быть сейчас в одном окопе с защитниками Славянска!».
В мае 2014 г. посетил во главе российской межправительственной делегации Сирию. По результатам поездки было принято решение, что Москва в 2014 г. выделит президенту Асаду 240 млн. евро для решения социальных проблем.
10 мая 2014 г. Румынии запретила использовать её воздушное пространство для перелёта Рогозина в Москву (при завершении его частного визита в Приднестровье). Рогозин пообещал вернуться в регион на борту стратегического бомбардировщика Ту-160.
В 2014 г. министр обороны Сергей Шойгу предложил президенту Путину упразднить Федеральную службу по оборонному заказу, находившуюся в ведении Рогозина — и, несмотря на противодействие Рогозина, служба была ликвидирована.
В апреле 2015 г. Рогозин побывал на о. Шпицберген, что вызвало дипломатический скандал. МИД Норвегии обратился к российским властям за разъяснением. Рогозин в твиттере написал: «После драки кулаками не машут».
С 5 августа 2015 г. — председатель наблюдательного совета Государственной корпорации по космической деятельности «Роскосмос» (Госкорпорация «Роскосмос»).
В правительстве РФ Рогозин курирует строительство космодрома «Восточный». Несмотря на все заверения Рогозина, что космодром будет построен в 2015 г. (в апреле 2012 г. заявил, что «даст зуб», если космодром не будет построен), осенью 2015 г. президент Путин констатировал, что комплекс не будет готов к запускам ракет в 2015 г. и перенес первый старт на 2016 г.
Председатель попечительского совета Фонда перспективных технологий. В 2013 г. самый масштабный проект, который финансировал фонд — «Солдат будущего». Его главный разработчик — Национальный исследовательский центр «Курчатовский институт», возглавляемый Михаилом Ковальчуком.
Член президиума правительства РФ.
Возглавляет следующие комиссии и коллегии при правительстве:
— Государственная пограничная комиссия;
— Морская коллегия при правительстве Российской Федерации;
— Комиссия по экспортному контролю Российской Федерации;
— Правительственная комиссия по обеспечению реализации мер по предупреждению банкротства стратегических предприятий и организаций, а также организаций оборонно-промышленного комплекса;
— Комиссия по структурированию системы управления ракетно-космической отраслью;
— Межведомственная комиссия по вопросам, связанным с внедрением и развитием систем аппаратно-программного комплекса технических средств «Безопасный город»;
— Комиссия по вопросам строительства космодрома «Восточный»;
— Государственная комиссия по вопросам развития Арктики.
Заместитель председателя — председатель подкомиссии по вопросам оборонно-промышленного комплекса правительственной комиссии по импортозамещению.
Сопредседатель Российско-молдавской межправительственной комиссии.
Председатель наблюдательного совета Самарского государственного аэрокосмического университета. Председатель попечительского совета Федерации гандбола России.
Доктор философских наук (1999). В 1996 г. защитил кандидатскую диссертацию на философском факультете МГУ на тему «Русский вопрос и его влияние на национальную и международную безопасность». В 1999 г. защитил докторскую диссертацию на тему «Проблемы национальной безопасности России на рубеже XXI века».
Чрезвычайный и Полномочный Посол (2009).
Награжден именным оружием за освобождение заложников из плена террористических группировок на территории Чеченской Республики в 1996–1999 гг.