С 1979 по 1990 гг. работал инженером ЭВМ кафедры экономики машиностроения, заведующим лабораторией деловых игр, старшим преподавателем, доцентом кафедры экономики машиностроения ЧТГУ.
В КПСС не состоял. В 1979 г. написал заявление о приеме в партию, но принят не был. По словам самого Христенко, на место в партии было два кандидата, и у его соперника был «папа в райкоме»[125].
В 1990–1991 гг. был депутатом Челябинского городского Совета: был председателем постоянной комиссии горсовета по концепции развития города, советником президиума горсовета.
В 1991 г. — заместитель председателя горисполкома, председатель комиссии по управлению имуществом.
С 1991 по 1994 гг. занимал пост заместителя главы администрации Челябинской области, председатель комитета экономики администрации области. С 1994 по 1996 гг. — первый заместитель главы администрации Челябинской области (глава администрации — Вадим Соловьев). Наряду с главой администрации области В.Соловьевым, заместителем главы администрации Владимиром Головлевым (убит в 2002 г.) и руководителем чекового приватизационного фонда «Социальная защита населения» Анатолием Дудиным проводил в области приватизацию.
С 1994 г. — член Совета по промышленной политике и предпринимательству при правительстве РФ.
12 мая 1995 г. был избран членом Совета Всероссийского общественно-политического движения «Наш дом — Россия» (НДР). Входил в состав совета Челябинского регионального отделения НДР. 19 апреля 1997 г. на IV съезде НДР был избран в политсовет НДР.
С 1996 по июль 1997 гг. был председателем совета Челябинского регионального отделения общественного учреждения «Народный дом».
В июне-июле 1996 г. был доверенным лицом Ельцина на выборах президента РФ, руководителем областного штаба избирательной кампании по выборам Ельцина в президенты РФ.
В декабре 1996 г. был доверенным лицом и руководителем избирательной кампании Соловьева на выборах главы администрации Челябинской области (демократ Соловьев проиграл выборы коммунисту Петру Сумину). После выборов три месяца проработал консультантом.
19 марта 1997 г. указом президента был назначен представителем президента РФ в Челябинской области.
1 июля 1997 г. был назначен заместителем министра финансов РФ.
С августа 1997 по май 1998 гг. и с мая 1999 по май 2002 гг. — член совета директоров (представитель государства) ОАО «Магнитогорский металлургический комбинат» (ММК).
В сентябре 1997 г. принимал участие в переговорах о транзите ранней каспийской нефти через территорию Чечни (Ичкерии). 9 сентября 1997 подписал договор о транзите между правительством России и руководством Ичкерии.
28 апреля 1998 г. указом президента РФ был назначен заместителем председателя правительства РФ в правительстве РФ Сергея Кириенко. С апреля 1998 г. — член президиума правительства РФ.
19 мая 1998 г. был назначен управляющим от РФ в Международном Банке реконструкции и развития и Многостороннем агентстве по гарантиям инвестиций вместо Анатолия Чубайса.
25 мая 1998 г. возглавил специальную комиссию при Совете безопасности РФ по урегулированию положения на Северном Кавказе.
28 октября 1998 г. был назначен первым заместителем министра финансов РФ (министр — Михаил Касьянов). 30 ноября 1998 г. постановлением правительства РФ был назначен и.о. статс-секретаря — первого заместителя министра финансов РФ.
31 мая 1999 г. указом президента РФ был назначен первым заместителем председателя правительства РФ (председатель правительства — Сергей Степашин). В этот же день был введен в состав президиума правительства РФ.
14 июня 1999 г. указом президента РФ был назначен членом Совета безопасности РФ.
19 августа 1999 г. указом президента РФ был назначен первым заместителем председателя правительства РФ в новом кабинете во главе с Владимиром Путиным.
С января по март 2000 г. возглавлял в Челябинской области региональный штаб Владимира Путина по подготовке к президентским выборам.
4 января 2000 г. был утвержден заместителем председателя российской части Смешанной Российско-Украинской комиссии по сотрудничеству.
18 мая 2000 г. указом президента РФ был назначен заместителем председателя правительства РФ в кабинете Касьянова. Курировал финансово-экономический блок (Минэкономики, Минфин, Мингосимущество, Госналогслужба) и региональную политику.
С июня 2000 г. — член совета директоров ОАО «Газпром».
В июле 2000 г. был утвержден председателем комиссии по вопросам стабилизации общественно-политической ситуации в Карачаево-Черкесии (вместо Николая Аксененко).
14 сентября 2000 г. был назначен председателем правительственной комиссии по вопросам СНГ.
29 июня 2001 г. был избран в состав совета директоров ОАО «АК «Транснефть».
В декабре 2001 г. был назначен председателем правительственной комиссии по реформированию электроэнергетики.
С января 2002 г. — председатель Совета директоров ОАО «Федеральная сетевая компания Единой энергетической системы» (ФСК ЕЭС).
С ноября 2002 г. — член совета учредителей украино-российского газопроводного консорциума.