9 октября 2003 г. был включен в состав совета директоров государственного ОАО «Российские железные дороги» (РЖД). С 16 октября 2003 по 21 июля 2004 гг. был председателем совета директоров ОАО «РЖД».
24 февраля 2004 г. после отставки кабинета Касьянова назначен и.о. председателя правительства РФ. Занимал этот пост до назначения Михаила Фрадкова председателем правительства 5 марта 2004.
9 марта 2004 г. назначен министром промышленности и энергетики РФ в правительстве М.Фрадкова.
12 мая 2004 г. был введен в состав комиссии по военно-промышленным вопросам при правительстве РФ.
30 июля 2004 г. был избран заместителем председателя совета директоров РАО «ЕЭС России».
29 октября 2004 г. был избран председателем совета директоров ОАО «КАМАЗ».
С ноября 2005 г. — заместитель председателя правительственной комиссии по инвестиционным проектам, имеющим общегосударственное значение. С декабря 2005 г. — член правительственной комиссии по вопросам топливно-энергетического комплекса и воспроизводства минерально-сырьевой базы. С мая 2006 г. — постоянный член Военно-промышленной комиссии при правительстве России.
В мае 2008 г., после вступления в должность нового президента Медведева, Минпромэнерго было разделено на две части: Министерство энергетики и Министерство промышленности и торговли. Первое возглавил Сергей Шматко, второе — Христенко.
С 1 февраля 2012 по 1 февраля 2016 гг. — председатель Коллегии Евразийской экономической комиссии, исполнительного органа сначала Таможенного, а потом — Евразийского экономического союза. По истечении четырёхлетнего срока полномочий Христенко должность перешла к представителю Армении.
С 12 февраля 2015 г. — президент Ассоциации гольфа России.
В 2011 г. Алексей Кудрин, отвечая на вопрос, какие есть крылья в правительстве России, сказал: «Те, кто за глубокое госучастие. Например, первый вице-премьер Виктор Зубков, вице-премьер Игорь Сечин, министр промышленности Виктор Христенко»[126].
Доктор экономических наук (2002), профессор. Тема диссертации: «Теория и методология построения механизмов бюджетного федерализма в РФ».
В январе 2004 г. в издательстве «Дело» вышла книга «Рельсы. Трубы. Провода: Опыт управления инфраструктурными комплексами: Из рабочих тетрадей заместителя председателя правительства РФ В.Б.Христенко».
Награжден орденами «За заслуги перед Отечеством» III (2007) и IV степеней (2006), Почета (2012). Великий офицер ордена «За заслуги перед Итальянской Республикой» (2009). Кавалер ордена Достык II степени (Казахстан, 2002).
Владеет английским языком.
С первой женой познакомился в институте, поженились в 1979 г. Жена работала в представительстве одной из компаний. Дочери Юлия и Ангелина, сын Владимир (1981 г.р.). В 2003 г. женился на Татьяне Голиковой (на тот момент — первый заместитель министра финансов, затем — министр здравоохранения и социального развития, с 2013 г. — председатель Счетной палаты РФ). Дочь Юлия была замужем за Евгением Богданчиковым (сыном Сергея Богданчикова, президента компании «Роснефть» в 1998–2010 гг.). В 2008 г. Юлия вышла замуж за Вадима Швецова, владельца автомобильного концерна «Соллерс». Сын Владимир — совладелец и президент фармацевтической компании «Нанолек». В 2008 г. Владимир Христенко женился на писательнице Еве Ланска.
Вместе с женой Татьяной Голиковой создал благотворительный фонд возрождения Старицкого Свято-Успенского монастыря (Христенко — председатель совета фонда). Соучредителями выступали также Андрей Реус, Евгений Дедков и Андрей Дементьев, и позже все они заняли руководящие должности в Минпромэнерго. Фонд выступал жертвователем средств на московскую программу «200 храмов». На середину 2015 г. сумма пожертвований составила 165,7 млн. рублей.
Виктор Христенко и Татьяна Голикова владели квартирой в элитном посёлке «Остров фантазий» на территории особо охраняемой природной территории парк «Москворецкий», где запрещено строительство жилых сооружений.
Согласно декларациям доходов и имущества — своей и жены — заработал:
— в 2008 году 4.400.300 руб. (около 367 тыс. руб. в месяц);
— в 2009 году 5.392.094 руб. 17 коп. (около 449 тыс. руб. в месяц)
— в 2010 году 6.576.628 руб. 02 коп. (около 548 тыс. руб. в месяц);
— в 2011 году 5.986.517 руб. (около 499 тыс. руб. в месяц);
— в 2012 году 10.040.710 руб. (около 837 тыс. руб. в месяц);
— в 2013 году 8.819.748 руб. 59 коп. (около 735 тыс. руб. в месяц);
— в 2014 году 10.489.955 руб. 79 коп. (около 874 тыс. руб. в месяц).
В собственности на 2008 и 2009 гг. — квартира 218,6 кв.м.
С 2012 года в пользовании появляются два жилых дома 991,4 и 336,8 кв. м, земельный участок 19.889 кв. м и газопровод 8,3 кв. м (в декларации 2013 года обозначены как единый имущественный комплекс).
Таким образом, на 2014 год в собственности — квартира 218,6 кв.м. В пользовании — два жилых дома 991,4 и 336,8 кв. м, земельный участок 19.889 кв. м и газопровод 8,3 кв.м.
Доходы и имущество жены см. в её биографии.
ШОЙГУ Сергей Кужугетович
Министр обороны РФ