Семь лет Бакланов был главным редактором журнала «Знамя». Когда он пришел в редакцию, бывший главный редактор Юрий Воронов признался: «Портфель пуст». Популярность журнала была крайне низкой. Григорий Яковлевич впрягся в дело, засучив рукава. Первым делом он добился перехода в редакцию «Знамени» в качестве своего заместителя Владимира Лакшина. Тот работал в свое время заместителем Твардовского в «Новом мире» и пострадал от разгона редакции в полной мере. Чтобы его перевод одобрили, Бакланову пришлось дойти до Александра Николаевича Яковлева, члена Политбюро и главной действующей силы перестройки. Потом была битва за возможность напечатать в журнале роман Александра Бека «Новое назначение». Рукопись этого романа мыкалась по разным редакциям двадцать лет. Григорий Яковлевич добивается разрешения опубликовать роман. Точно так же он преодолевает все барьеры и публикует «Повесть непогашенной луны» Бориса Пильняка, которая пятьдесят лет находилась под запретом. Но своими главными достижениями на посту редактора журнала «Знамя» Бакланов считал публикации романа Михаила Булгакова «Собачье сердце» и поэмы «По праву памяти» Александра Твардовского. Роман Булгакова представлять не нужно: но художественной ценности он был лучшим произведением Михаила Афанасьевича после романа «Мастер и Маргарита», а по антисоветской направленности и сатире намного его превосходил. Разрешения партийного начальства на публикацию романа Григорий Яковлевич ждал очень долго. Наконец не выдержал, заявил:
— Беру всю ответственность на себя.
Журнал «Знамя» с этим произведением сразу же стал библиографической редкостью. Бакланов вспоминал о выходе номера с этим романом: «Этот номер журнала шел нарасхват. Сколько знакомых, полузнакомых, вовсе не знакомых людей звонили, просили журнал, присылали курьеров. Дочь нашей приятельницы стояла в метро на станции «Маяковская», у нее была назначена встреча, и посторонний человек, увидев у нее в руках этот номер журнала, стал предлагать за него любые деньги».
Публикации булгаковского романа с нетерпением ждали на киностудии «Ленфильм», где все было готово к тому, чтобы запустить фильм в производство, и какой фильм в итоге получился с блистательным Евстигнеевым в главной роли! В московском ТЮЗе тоже переживали: они планировали начать репетиции инсценировки романа, которая также стала новым словом на театральной сцене.
Особый драматизм сопровождал ситуацию с публикацией последней поэмы Александра Твардовского «По праву памяти». Бакланов тесно дружил с Твардовским, тот в своем кабинете на даче прочитал Григорию Яковлевичу свое произведение: «При жизни Александр Трифонович читал мне ее у себя на даче, читал и курил сигарету за сигаретой: поэма, уже набранная, была запрещена цензурой». Твардовский разослал рукопись поэмы всем членам редколлегии своего бывшего журнала, ни один не откликнулся. Бакланов: «Я обещал ему, если от меня это будет зависеть, я сделаю все, чтобы поэма была напечатана. Ее издали в Италии, но у себя на родине Твардовский так и не дождался, не увидел ее при жизни. Как же я мог отдать? Я был связан словом. На третий день после того, как я стал редактором, я пришел к вдове Твардовского, к Марии Илларионовне, и она передала мне поэму».
Новый редактор «Нового мира» Сергей Залыгин встретился с Баклановым и попросил передать ему рукопись поэмы для публикации в «Новом мире». Григорий Яковлевич категорически отказался: во-первых, он был связан словом, которое дал Твардовскому, а, во-вторых, уж очень нехорошо в конце 1960-х обошелся журнал со своим главным редактором. Тогда Залыгин предложил вдове Твардовского напечатать в «Новом мире» первичный вариант поэмы. Согласие он у нее получил. Началась гонка: чья публикация выйдет первой. Победил журнал «Знамя».
В итоге за годы работы в журнале Бакланова журнал не только существенно увеличил свой тираж, он стал основным конкурентом «Нового мира» по популярности в последние годы существования Советского Союза. Эти два журнала стали центрами «возращенной литературы». В 1993 году из журнала Григорий Яковлевич ушел, чтобы написать еще один роман. В реальности он успел написать целых два романа.
В единственном автобиографическом произведении Бакланова повести «Жизнь, подаренная дважды» автор напишет: «Я не знал тогда и не мог знать, что из всего нашего класса, из тех ребят, что пошли на фронт, мне единственному было суждено вернуться с войны». Особенно Григорий Яковлевич переживал смерть брата, когда у него самого родились дети. «Пуля, убивающая сегодня, уходит в глубь веков и поколений, убивая и там еще не возникшую жизнь», — вот основная мысль писателя.