Впрочем, пословица, утверждающая, что тот, кто роет яму другому, сам в нее и попадет, — оказалась для Борджиа более чем реальной. Главный отравитель в итоге сам отведал своего варева! Под конец жизни папа решил разом поквитаться с неугодными ему кардиналами и пригласил их на званый обед. Для чего заранее были приготовлены две бутылки особого вина, в хранении и обращении с которым надлежало принимать повышенные меры предосторожности. Но слуга, который не был введен в курс дела, случайно подал яд самим заговорщикам. Александр, несмотря на возраст, привычно выпил свой кубок залпом, а Чезаре разбавил поданный ему напиток водой. Отведав своего вина, оба сразу почувствовали сильные рези в желудке. У понтифика тотчас начались конвульсии, и врачи были бессильны даже хоть как-то облегчить его страдания — папа умер, не прожив и суток. А Чезаре несколько дней находился между жизнью и смертью, однако разбавленный водой напиток потерял смертельную силу — проболев почти год, он выкарабкался.
На следующий день, едва весть о смерти папы распространилась по городу, в Риме вспыхнуло ликование. Народ стал толпами стекаться к собору Святого Петра. Римляне хотели взглянуть на останки того человека, который в течение одиннадцати лет держал в подчинении и страхе могучих сеньоров. Вся базилика Святого Петра, где покоился Александр, была запружена народом. «Страшное зрелище представлял собой, — сообщает Рафаэль Волатеран, — черный, обезображенный, вздутый труп, распространявший вокруг себя отвратительный смрад; темная слизь покрыла его губы и ноздри, рот был широко раскрыт, и язык, распухший от яда, свисал почти до подбородка. Не нашлось ни одного фанатика, который осмелился бы приложиться к руке или ноге покойного, как это обычно бывает».
К шести часам вечера в церкви стоял столь невыносимый смрад, что кардиналы были вынуждены дать распоряжение о погребении папы, хотя по обычаю того времени перед погребением следовало служить заупокойные обедни в течение десяти дней. Ни один священник, ни один кардинал, никто из офицеров стражи не согласился присутствовать при церемонии погребения. Труп был предоставлен на усмотрение гробовщиков и крючников. Отбросив в сторону папскую тиару, они кое-как пинками втиснули распухший от яда труп в гроб, который был слишком короток и слишком узок. Потом гроб Александра VI опустили в склеп, находившийся под главным алтарем слева. После смерти своего отца Цезарь Борджиа распорядился перенести себя в замок Святого Ангела. Он приказал стрелять из пушек в монастырь Минервы, где члены священной коллегии, окружив себя баррикадами, собрались на совещание.