Но папе было важно доказать свое первенство и власть над Церковью. Он послал в Константинополь своих легатов и потребовал созвать собор, чтобы разрешить спор между Фотием и Игнатием. Здесь с его предложением охотно согласились, но придали ему совсем не тот поворот, на который рассчитывал папа.
Константинопольский собор, известный как Первовторой или Двукратный, открылся в церкви св. Апостолов в мае 861 года. Мнения о его названии расходятся; вероятней всего, он считался продолжением более раннего собора 858 года, проходившего в той же церкви и тоже занимавшегося низложением Игантия. В соборе участвовало 318 епископов, в том числе легаты папы Захария Ананийский и Родоальд Портский, а также сам император Михаил и кесарь Варда.
Игнатий направился на собор в полном облачении патриарха, сопровождаемый клириками и народом, но на улице его остановил императорский сановник Иоанн Кокс и от имени императора потребовал переодеться в простую монашескую одежду. Игнатий повиновался. В церкви его посадили на простую деревянную скамью и сразу осыпали обвинениями. Участники собора стали доказывать, что он не епископ, потому что был избран неканонично, и потребовали, чтобы он сам это признал. Игнатий ответил, что если он не епископ, то и Михаил не царь: ведь это он благословил его на царство.
По обычаю на суде против епископа должно было выступать не меньше 72 свидетелей. Они быстро нашлись и явились на собор: люди самых разных сословий, от ремесленников до придворных. Все единогласно заявили, что Игнатий стал патриархом неправильно, потому что это сделала императрица Феодора своей волей, а не по постановлению собора. По тридцатому апостольскому правилу епископ, поставленный на кафедру светской властью, лишался сана и отлучался от Церкви.
Игнатий был осужден собором, а Фотий признан законными патриархом. Легаты с этим согласились, вопреки желанию папы. Возможно, таковы были обаяние и сила убеждения Фотия, но игнатиане говорили, что легатов просто подкупили, а папа Николай — что их запугали.
Игнатий не принял решения собора и обратился с апелляцией к папе. Посланники Игнатия расписали Фотия в черных тонах, заверив, что в Константинополе творятся всяческие беззакония и бесчинства. Когда легаты вернулись в Рим, разгневанный папа Николай осудил их и назвал Первовторой собор Разбойничьим. Он немедленно собрал свой собор в Латеранском дворце в Риме и низложил Фотия.
Переписка Николая с Фотием и Михаилом
После Первовторого собора Фотий отправил папе миролюбивое письмо, где объяснял, что стал патриархом не по своей воле и что в Константинополе нет правила, запрещающего возводить в патриархи мирян. Папе не стоит осуждать восточных епископов и навязывать свои частные и местные правила всей Церкви. Фотий указал на множество расхождений в обычаях разных Церквей и призвал относиться к этому терпимо. «Одни бреют и стригут бороды сообразно с местными обычаями, а другим это запрещено соборными постановлениями… В Риме ни один священник не может жить в законном браке, но мы научены только единобрачных возводить в священники». Константинопольская церковь тоже могла бы потребовать от Римской соблюдения ее правил и обычаев, но она этого не делает, уважая ее честь и достоинство. Так пусть и Рим поступает также.
Папа ответил письмом, в котором ясно выразил идею превосходства Римской церкви. «И да утверждается истина, что св. Римская церковь, через св. Петра, князя апостолов, сделалась и есть глава всех Церквей и что от нее зависит ненарушимое и непоколеблемое удержание порядка и управление во всех церковных делах, ее должны вопрошать об этом и следовать ее голосу. Поэтому все, что утверждается авторитетом римских первосвященников, все это должно твердо и неприкосновенно содержаться и никакое своеволие не должно иметь здесь места». То, что восточная Церковь не хранит у себя папских декретов — нерадение, а то, что не соблюдает, — непростительная дерзость.
С формальной стороны папа был прав: Игнатия низложили, а Фотия возвели на престол по капризу императора (точнее, Варды). Дело было не в том, что Фотий стал патриархом из мирян, а в том, что его поставили на кафедру светские власти, а не церковные, которые только подтверждали то, что хотели басилевсы. Папа писал Михаилу Третьему: «Мы не можем равнодушно переносить того, что Игнатия, ни в чем не повинного, низлагаете, осуждаете и изгоняете, а Фотия из мирского состояния возводите на его место в епископы».