Однако как только донатисты восторжествовали над своими противниками, в их рядах начались внутренние разногласия. От основного ядра сектантов откололось сразу несколько новых групп — урбаненсы, клаудианисты, рогатисты, максимианисты. Последняя секта была основана диаконом Максимианом, родственником Доната. В 392 году карфагенский епископ Примиан, бывший, как и его предшественник Пармениан, «правоверным» донатистом, отлучил Максимиана от общения за неуступчивость и надменность. Максимиан немедленно собрал собор из 100 своих единомышленников, которые объявили его епископом и предложили всех христианам в течение шести месяцев перейти на их сторону. Не сделавшие этого автоматически считались отлученными от Церкви. Примиан собрал 310 епископов, лишил Максимиана диаконского сана и дал ему и его сторонникам 8 месяцев на размышление, после чего они также должны были считаться отлученными от Церкви. На стороне Примиана было явное преимущество, поскольку он пользовался поддержкой властей и открыто объявлял через глашатаев: «Кто войдет в общение с максиманистами, того дом будет сожжен».
Вскоре власть в Риме сменилась, и вся ее сила снова обратилась в другую сторону. Сектанты стали массами переходить из донатистской церкви в православную. Чтобы облегчить этот процесс, православные признали крещение у донатистов и стали принимать их без покаяния, с сохранением должности и сана. Православная церковь приобрела себе сильного сторонника в лице Августина, который вызывал донатистов на соборы и дискуссии, надеясь переубедить их силой своего слова. Донатисты всячески избегали таких предложений; известен случай, когда одного епископа тащили на собор, и он по дороге бросился в воду, а потом попытался сломать себе ногу, лишь бы не идти на встречу с Августином.
Наконец, в 410 году, через сто лет после возникновения раскола, в Карфагене состоялась встреча донатистов и православных для окончательного решения вопросов о вере. На дискуссии присутствовали 286 католических и 279 донатистких епископов, была создана специальная комиссия для расследования дела, в которую вошли по 18 епископов и 2 нотария (секретаря) с каждой стороны. Третейским судьей император Гонорий назначил своего трибун и нотария, язычника Маркеллина. Противники заранее договорились о том, что будет после того, как победит одна из сторон: католики в случае поражения должны были снять с себя с сан и вступит в донатистскую церковь в качестве мирян, а донатисты — перейти к православным в своем сане. Такое неравенство было вызвано тем, что католики хотели с помощью уступок заманить на дискуссию капризничавших и уклонявшихся донатистов.
Первое заседание конференции утонуло в бумажной волоките. Донатисты пожелали проверить подлинность подписей католических епископов под грамотой, удостоверявших их участив в дискуссии, и для этого вызывали каждого из них лично; потом они также представили самих себя, на чем первое заседание закончилось. Второе заседание отложили, потому что не были готовы протоколы первого. На третьем донатисты стали выпытывать у католиков, кто и зачем обратился к императору с просьбой устроить эту дискуссию, и предлагали отменить ее на том основании, что время для ее проведения уже пропущено. Глава донатистов Петилиан потребовал, чтобы православные определились, как они хотят вести дискуссию: исходя из Священного писания или императорских законов и какую сторону нужно считать истцом, а какую — ответчиком. Наконец, дошли и до основных вопросов. Какая церковь истинная — донатистская или православная? Был ли Феликс Аптунгский преступником? Правильно ли осужден Цецилиан? Из протоколов следует, что заседание продолжалось до глубокой ночи, на нем выступали 587 раз, и Петилиан под конец потерял голос. Это не помогло: Маркеллин признал, что победило православие. Церкви постановили отобрать у донатистов и отдать католикам. Донатисты немедленно объявили, что Маркеллин был подкуплен православными, и отказались оставить храмы; в случае насилия они угрожали самосожжением. Хлебопеков они призвали не печь хлеб для православных и уморить их голодом. Они интриговали против Маркеллина до тех пор, пока тот не был казнен по обвинению в узурпации власти.
Все это продолжалось несколько десятков лет, пока императорская власть в Африке не рухнула. Волна вандальского нашествия захлестнула всех. Вандалы больше благоволили донатистам, сторонники которых, циркумцеллионы, воевали вместе с ними против православных. Но донатисты пережили и вандалов: последние упоминания о них встречаются в VII веке у папы Григория Великого. Дальше их следы теряются.
Раскол Мелетия