На самом деле Франсиско де Толедо беспокоился о брате Марии Куси Уаркай, Титу Куси. Согласно указаниям, полученным им в 1569 году при вступлении в должность, он должен был завершить переговоры, начатые его предшественником. Как ему в то время представлялось, Инка и его люди с нетерпением ожидали момента, когда они смогут выйти из Вилькабамбы. Казалось, единственной проблемой было то, что у Толедо не было в распоряжении поместий, которыми он мог бы одарить их. Этого оптимизма хватило ненадолго. В течение первого года своего пребывания на посту вице-короля Толедо обменялся с Инкой несколькими письмами. Это ни к чему не привело. По мере того как шли месяцы и Толедо просматривал отчеты о беспорядочных переговорах с Титу Куси, которые вел его предшественник, его недовольство дипломатическим подходом к Вилькабамбе все возрастало. Вскоре после прибытия в Куско в феврале 1571 года Толедо надиктовал целую серию подробных отчетов королю. Он дал понять, что не разделяет благоговения Кастро перед силой Вилькабамбы. У Титу Куси было всего лишь около 500 солдат, а его главные защитники лежат «на склонах гор в гуще джунглей со стороны Куско и на берегу огромной реки Майомарка [Апуримак], несущей свои воды по направлению к королевской дороге от Лимы до Куско».
Намекнув, что возможно решение проблемы военными методами, вице-король отправил королю несколько писем от Инки и копии своих ответов на них. Он все еще считал, что Титу Куси, возможно, выйдет из своего укрытия добровольно, если его сын женится на наследнице Беатрис и если ему гарантировать ежегодный доход в 2 тысячи песо. Толедо заключил, что «это препятствие представляет собой неудобство, так как индейцы продолжают обращать на него свои взоры. По моему мнению, переместить его из пустяковой крепости в почти необитаемой саванне, где он находится с горсткой индейцев, в центр этой провинции с населением 200 тысяч человек не будет решением проблемы. Если уж это необходимо сделать, то было бы лучше привезти его в Лиму, где количество испанцев всегда значительно превышает количество индейцев».
Таким образом, к середине 1571 года отношение вице-короля Толедо к Вилькабамбе стало жестче. Он почувствовал поддержку выводов первых показаний, которые свидетельствовали о краткосрочности завоеваний инков. Он уже не был уверен, что дипломатия терпения была единственным решением проблемы этого надоевшего анклава, и пришел к убеждению, что Вилькабамбе нельзя позволить существовать в виде обособленного государства.
Приблизительно в это время ситуация в Вилькабамбе драматически изменилась, но эта перемена не была известна ни Толедо, ни испанским властям. Инка Титу Куси находился в Пукьюре недалеко от Виткоса, там он посетил священное место, «где Диего Мендес убил его отца Инку Манко». «Он провел там целый день, оплакивая смерть своего отца и участвуя в языческих ритуалах и бесстыдном идолопоклонничестве. В конце этого дня он начал заниматься фехтованием (он научился делать это на испанский манер) со своим секретарем Мартином Пандо. Он сильно вспотел и простудился. К тому же потом он выпил слишком много вина и чичи, опьянел и проснулся с болью в боку, распухшим языком — а он был очень тучным человеком — и расстройством желудка. Было состояние опьянения, рвота и крики.
«Ночью у Инки шла кровь из носа и изо рта… Утром он пожаловался, что его мучает боль в груди. Его друг Пандо и еще один близкий друг Дон Гаспар Сулька Янак взбили в миске яичный белок с серой. Они думали, что это будет действенным средством от кровотечения. Когда это принесли Инке выпить, он отказался, произнеся: „Не давайте мне ничего такого, от чего я умру“. Но когда Инка увидел, что двое его ближайших друзей предлагают ему лекарство… он сказал: „Дайте мне этот напиток. Я очень люблю Мартина Пандо, а он не даст мне ничего, что причинило бы мне вред“. И он выпил эту смесь. В этот момент недуг достиг своей наивысшей точки, и он скончался».
Индейцы были потрясены внезапной смертью своего владыки. В припадке безумного горя многие стали жаждать отмщения и искать козлов отпущения. Казалось, будто бы еще один Инка пал от руки испанцев. Единственным испанцем в окрестностях был монах Диего Ортис, у которого была репутация искусного врачевателя и который, следовательно, мог прописать лекарство, приведшее к смертельному исходу. Жена Титу Куси Анхелина Льякса позднее свидетельствовала, что другая его жена в истерике подстрекала толпу против иноземцев. «Как только он скончался, одна из жен Инки по имени Анхелина Килако испустила вопль и, движимая каким-то злым духом, „…“ выбежала и крикнула военачальникам, чтобы они схватили монаха, так как он убил Инку, дав ему яд через Мартина Пандо, метиса, который был секретарем [Инки]».