Совет по делам Индий, который появился между 1511 и 1519 годами как постоянный комитет Совета Кастилии и стал отдельным органом управления в 1524 году, был преимущественно правоохранительным органом. В первое время своего существования состав Совета был непостоянным, как и место, где он заседал: он следовал за перемещениями королевского двора. Но документы первых десяти лет показывают выплату жалованья его председателю, четырем или пяти советникам, секретарю, fiscal
(прокурор), relator (докладчик) и привратнику. В первый год, для которого сохранился полный список, председателем Совета был прелат, а 4 из 5 советников были профессиональными юристами. Число советников увеличилось до 9 при Филиппе II (р. 1527, правил 1556–1598), до 12 при его преемнике Филиппе (р. 1578, правил 1598–1621), а в XVII веке часто включало представителей знати и королевских фаворитов без юридического образования; но юристы всегда преобладали. Многие из них были взяты в Совет из «судов справедливости» Вальядолида и Гранады, из alcaldes de corte или из audiencias Индий. Хуан де Соло́рсано – самый выдающийся из испанских колониальных юристов, автор Politica Indiana, был oidor в Лиме, прежде чем вошел в Совет по делам Индий. Совет характерным образом для испанских институтов объединял функции верховного апелляционного суда в важных случаях и функции консультативного совета и руководящего органа для надзора за делами колоний. Подобно тому как в законодательстве отдельные регионы Индий образовали самостоятельные королевства, связанные с Испанией только посредством монарха Кастилии, так и Совет по делам Индий был во многих отношениях отдельным органом управления. У этого общего правила были только два важных исключения: деятельностью инквизиции в Индиях после ее начала в 1570 году руководил Suprema – Верховный совет инквизиции, а Совет по делам Индий не имел над ним власти; и после вступления на престол Филиппа II (1556–1598) управление всеми королевскими доходами и расходами, включая доходы из Индий, было сосредоточено в Совете по финансам. Так что прежде, чем тратить деньги в Индиях, Совет должен был заручиться согласием Совета по финансам, что было причиной споров и проволочек, но, очевидно, полезным этапом для властного и нуждавшегося в деньгах короля. Во всех других отношениях Совет по делам Индий был полностью независим от Совета Кастилии и других королевских советов и был подотчетен только королю.Организация и порядок работы Совета по делам Индий в первые годы его существования были неформальными и гибкими. Первые официальные руководящие постановления вышли в 1542 году в первых девяти главах Новых законов. В годы правления Филиппа II растущее значение Индий как источника доходов вызвало к деятельности Совета более пристальное внимание монарха. В 1571 году был обнародован более полный и подробный свод законов в результате исследования, проведенного Хуаном де Овандо, входившим в Верховный совет инквизиции. Овандо впоследствии стал его председателем и в течение всего срока своего пребывания на этой должности ввел заметные улучшения в организацию и добился повышения эффективности ее работы, особенно в административной части, отдельной от юридической стороны работы Совета; ведь в то время как Совет в целом заседал, чтобы выслушивать апелляции, административные проблемы, касавшиеся финансов, политики в отношении местного населения, морской обороны и так далее, все больше и больше отдавались на рассмотрение менее крупным и более специализированным комиссиям. Большая ответственность при консультировании короля по вопросам распределения бенефиций и продвижения по службе в Индиях лежала с 1572 года до самой смерти Филиппа II в 1598 году на одном председателе Совета; Овандо и его ближайшие преемники несли ее с большой добросовестностью.