«Ввиду того, что королевства Кастилии и Индий находятся под одной королевской властью, законы и методы правления одного должны быть приведены в как можно более близкое соответствие с законами и институтами правления в Индиях, должны обеспечивать управление этими королевствами по одному установленному порядку, как Кастилия и Леон, насколько позволяют различия земель и народов». Эта декларация, опубликованная в Recopilación de Leyes,
представляла собой, по крайней мере с восшествия на престол Филиппа II, последовательную политику Габсбургской монархии в Новом Свете. Поэтому неудивительно, что многие особенности Совета по делам Индий были воспроизведены в самых характерных колониальных институтах – audiencias. В XVI веке были созданы десять audiencias, которые воплощали королевское правосудие в наиболее важных и населенных провинциях. Они напоминали Совет и отличались от «суда справедливости» в Вальядолиде и Гранаде тем, что они были одновременно и апелляционными судами, и кабинетами министров, обладающими многими политическими и административными полномочиями. Каждый из них был высшим апелляционным судом, подчинявшимся Совету, на своей территории; но на практике степень независимости, которой пользовались audiencias, и сочетание судебной, административной, военной и финансовой власти сильно различались. Две вице-королевские audiencias Мехико и Лимы (после 1535 и 1543 годов соответственно) теоретически осуществляли только судебную власть, а административная и военная власть находилась в каждом королевстве в руках вице-короля, который был губернатором и генерал-капитаном. В спорных случаях вице-король решал, является ли тот или иной конкретный вопрос судебным или административным. Однако, принимая важные политические или административные решения, вице-король должен был советоваться с audiencia; а в период междувластия или продолжительного отсутствия вице-короля audiencia временно осуществляла все его полномочия. Во все времена audiencia могла заслушивать апелляции на действия вице-короля и составлять коллективные жалобы против его администрирования. С другой стороны, вице-король мог пожаловаться короне на поведение любого судьи audiencia, что стимулировало взаимные наговоры, характерные для официальной переписки в Индиях.В Новой Испании и Перу область апелляционной юрисдикции audiencia
совпадала с территорией, непосредственно управляемой вице-королем. Этот порядок иногда воспроизводился в более мелком масштабе в других местах. Например, в Гватемале апелляционная юрисдикция audiencia совпадала с административной властью генерал-капитана. В других районах разделение обязанностей было более сложным. Юрисдикция audiencia могла охватывать несколько административных провинций. В центральной провинции юрист – председатель audiencia также был губернатором, возможно, и генерал-капитаном, тогда как в каждой из удаленных провинций был свой губернатор. Многие годы таков был порядок в audiencias Санто-Доминго и Новой Гранаде (Колумбия). В Чаркасе (Боливия) председатель был губернатором, но должность генерал-капитана находилась в руках вице-короля Перу. В Халиско начиная с 1574 года все было еще более запутано. Председатель был губернатором, но не генерал-капитаном самой Халиско; юрисдикция audiencia охватывала также Новый Бискай, Новый Леон и (позднее) Мехико, но каждая из этих провинций имела своего губернатора, подотчетного – весьма неопределенно – вице-королю, который был генерал-капитаном всей территории. Границы судебной, административной и военной власти были темами постоянных споров и петиций и часто изменялись королевскими указами.