Роман, как и его братья, учился в Холмской Духовной семинарии в то время, когда ректором ее был архимандрит Тихон (Белавин), будущий Патриарх, оказывавший им впоследствии свое покровительство и помощь. Окончив в 1892 году семинарию первым учеником, Роман Иванович поступил в Санкт–Петербургскую Духовную академию, которую окончил в 1897 году со степенью кандидата богословия. Во время обучения в академии Роман Иванович познакомился с протоиереем Иоанном Кронштадтским и, став его духовным сыном, ничего впоследствии не предпринимал без его благословения. Духовное окормление отца Иоанна оказало большое влияние на Романа Ивановича — став пастырем, он центром своей деятельности сделал литургическое служение, и бывали годы, когда он служил ежедневно.
По окончании академии Роман Иванович был назначен помощником инспектора, затем инспектором Виленской Духовной семинарии и прослужил в этой должности до 1900 года. 7 января 1901 года Роман Иванович по благословению отца Иоанна Кронштадтского сочетался браком с Анной Николаевной Невзоровой, которая училась вместе с сестрой Романа Ивановича Ольгой на медицинских курсах. Отец Анны Николаевны служил священником в Старорусском уезде Новгородской губернии. Это был благочестивый священник, сподобившийся праведной, мирной кончины. Он умер в день своего Ангела после причащения Святых Христовых Таин во время служения литургии.
3 марта 1901 года епископ Черниговский и Нежинский Антоний (Соколов) рукоположил Романа Ивановича в сан священника ко храму Воздвижения Креста Господня, находившемуся в имении помещика Неплюева, возглавлявшего в то время Крестовоздвиженское братство, в основу деятельности которого были положены скорее коммунистические идеалы, нежели христианские. В братстве ограничивалось вмешательство приходского священника в жизнь братчиков, в результате чего он становился здесь исключительно требоисполнителем. Руководителем духовной жизни братчиков был сам помещик Неплюев, что приводило к конфликтам между священниками и помещиком. Неприемлемым для священников было и то, что основой материального благосостояния братства было производство и продажа спирта. Увидев, что существующих в братстве порядков он никак не сможет изменить, отец Роман послал обстоятельный доклад епархиальному архиерею. Одновременно он подал в общее собрание членов братства свое суждение о религиозно–нравственной стороне жизни братства, где ставил на вид принципиально нехристианское отношение ко многим людям, не состоящим в братстве. «В отношениях к»не братьям», — писал он, — рекомендуется жесткость и бесчувственность через принципиальное отвержение необходимости для себя частной благотворительности… Это показывает, что»высшая систематическая благотворительность»братства — мертвая умственная выкладка для замаскирования своего эгоизма и скупости, а не составляет истинной потребности братства на основе жалости к человеческому горю… Отсекать от себя частную благотворительность — значит… отсекать от себя питающие соки живого чувства, значит застраховать себя от возможного сознания своих ошибок и мертвости своего дела через встречу с истинною человеческою бедою».
Отец Роман заметил руководителю братства, что тот сознательно держит членов братства в состоянии невежества. «Усвоения православного учения почти нет, — писал он. — Первоначальное научение в начальной школе и то же первоначальное научение в низших сельскохозяйственных школах при одном–двух уроках в неделю и только — этого времени для приобретения полноты учения Церкви крайне недостаточно. Так дело обстоит в школах. В братстве еще хуже… Учредитель братства не желает большого умственного развития для членов братства; он прямо боится его и считает излишним…»