И действительно, уже через несколько месяцев пришел указ о назначении отца Романа настоятелем Свято–Владимирского адмиралтейского собора в Севастополе и благочинным береговых команд Черноморского флота. В его подчинении были СвятоВладимирский собор и храмы Покрова Божией Матери, Архистратига Михаила на Екатерининской улице и святителя Николая на Братском кладбище на Северной стороне и около пятидесяти священников.
Летом 1912 года произошло восстание матросов на линкоре «Святой Иоанн Златоуст». Для оздоровления нравственной обстановки среди моряков отец Роман предложил командованию флота употребить духовное средство — индивидуальную исповедь, дабы с помощью таинства покаяния поднять дух моряков. Командование согласилось.
После ликвидации восстания командующий флотом обратился к протоиерею Роману с вопросом — нужно ли вводить во флоте тайную полицию для выявления настроения моряков? Отец Роман заверил командующего, что настроение моряков здоровое, и тайная полиция введена не была. По поручению командующего протоиерей Роман написал и выпустил книгу «Дисциплина и товарищество».
Многие послушания в Свято–Владимирском соборе несли в то время сами матросы, на них же был возложен и тарелочный сбор. Некий моряк по фамилии Докукин решил этим воспользоваться и стал красть церковные деньги. Вскоре он был уличен и по распоряжению отца Романа отправлен на корабль. После февральской революции 17–го года был организован солдатско–матросский революционный комитет, и Докукин стал его председателем. В декабре 1917 года комитет постановил арестовать и расстрелять протоиерея Романа, но из‑за того, что священник был весьма известен и очень любим народом и отсутствие его на Рождественском богослужении могло вызвать возмущение верующих, решили исполнение постановления отложить до святок. Один из матросов предупредил супругу священника о готовящейся расправе, и она купила билет на поезд, который отходил в самый день Рождества. Отслужив Рождественскую службу, отец Роман, не заходя домой, отправился на вокзал. Хорошо знакомый ему начальник вокзала посадил его в вагон еще до того, как состав был подан к перрону. Все вещи Анна Николаевна отвезла накануне, и они были заблаговременно отнесены в купе. Во время посадки пассажиров на перроне дежурила революционная стража на случай, если бы отец Роман решил уехать, и ночью члены революционного комитета пришли арестовывать священника. Они перерыли весь дом, допросили Анну Николаевну, которая во все время обыска держала на руках шестимесячную дочь Ирину. Анна Николаевна держалась мужественно, сказалась ничего не знающей о местонахождении мужа, и матросы ушли, но затем приходили с обысками еще несколько раз.
Протоиерей Роман благополучно добрался до Москвы и направился к Патриарху Тихону, который благословил его служить и проповедовать в московских храмах.
В мае 1918 года ВЧК арестовала настоятеля храма Василия Блаженного протоиерея Иоанна Восторгова, и в сентябре того же года он был расстрелян. Когда об этом стало известно, Патриарх Тихон назначил настоятелем храма протоиерея Романа. В это время при храме уже существовала большая община, и отец Роман с усердием поддержал сделанное его предшественником — вдохновенными проповедями, беседами на евангельские темы, неспешно проводимой исповедью. Вот как описывает свое первое впечатление от проповеди священника одна из его духовных дочерей: «Это было в 1918 году, когда я… переселилась в Москву и квартировала сначала вблизи Красной площади… В одно из воскресений меня потянуло в знаменитый храм Василия Блаженного. Войдя в храм, я встала впереди, непосредственно к амвону, и когда вот этот наш самый батюшка вышел на амвон с проповедью, я по–детски не отрывалась от него глазами, слушала, как говорится, раскрыв рот животворящие глаголы… По окончании службы батюшка стоял у раки мощей блаженного Василия, на которой лежали чугунные вериги святого… Когда приблизилась моя очередь к ним приложиться, батюшка положил руку мне на затылок и крепко прижал голову к одному из крестов чугунных вериг. Под этой тяжестью его руки мое сердце всколыхнулось необъяснимым чувством счастья на земле, такой в то время страшной, всесторонне мучительной по своему неустройству и неопределенности».