Все эти принципы и установки братства создавали тяжелые отношения между членами братства и священниками — ни один из них не смог прослужить в братстве в течение сколько‑нибудь продолжительного времени. Столкновения с жесткими принципами братства привели к тому, что отец Роман вынужден был определить для себя, каким он видит образ христианского пастыря, что считает идеалом и от каких принципов считает невозможным отказаться. Его церковные представления о месте пастыря в приходе и принципы, которыми руководствовалось братство, оказывались в непримиримом конфликте. Отец Роман писал по этому поводу в своем письме братству: «Братство доселе еще не стало на путь чистого, святого добывания хлеба. Этому мешают винокуренный завод и смешение помещичьего хозяйства с братским. Настоящая экономическая организация братства грозит обратить его в коллективного помещика, весьма тяжелого для округи, поскольку всякая частная благотворительность является запрещенной по уставу. Получается самая жесткая форма капиталистического строя, без всякого приражения не только христианских, но и просто человеческих чувств. Труд братства потерял нравственнооздоровляющее значение, следовательно, по своему жизненному принципу братство неуклонно стремится в самоуслаждение… По вопросу о постах у братства существует грустный софизм. Не соблюдавший их истово блюститель странно переиначил слова Апостола о ядении мяса, говоря, что по нашему времени их надо бы понимать так: не буду поститься вовек, чтобы не соблазнить брата моего — соседнюю крестьянскую округу, твердо соблюдающую посты… Братство принципиально закрывает себе дорогу, ведущую к самоотречению и смерти для мира и греха.
Могут ли после этого быть у братства чистыми отношения к главному условию духовного развития — Церкви и ее служителям. Есть в братстве ходячий принцип о предпочитающих торговать своим трудом и духовными силами вместо того, чтобы состоять членом трудового братства. По этому принципу священник, получающий от братства жалованье, есть лицо, продающее ему свой труд и духовные силы. Уж не покупает ли у него братство и благодать таинств за платимое ему жалованье? Едва ли благоразумно ставить себя в такое странное положение в отношении таинств.
Исторические отношения братства к православному священнику ненормальны. Братство постоянно разделяло в священнике нравственную личность и носимый им сан и через то открыло себе широкую дорогу для осуждения и попирания священства. Согласно этому разделению, все в пастырском руководстве неприятное для овцы и стада может быть относимо к личности священника, не имеющей никакого отношения к носимому им сану. Пастырь должен пасти овец, как того желают овцы. Если же, согласно указаниям своей совести и долга, пастырь станет призывать овец к покаянию в сладких для них грехах, овцы назовут это недостойным сана православного священника стремлением к духовному деспотизму и попиранием прав мирян православной Церкви на устроение жизни согласно их личным убеждениям.
Священство — не колдовство, таинства — не шаманские действия. Возможно, и бывают священники, сана недостойные, когда необходимо отделять личность от священства, так как Господь может действовать и через недостойное посредство. Но общая норма — не такова. Священство есть сила нравственно–мистическая. Огульное разделение между священным саном и личностью священника вносит разделение смерти в основную церковную жилу. Презирать священника как личность и получать от него Святые Тайны — не дело доброго мирянина. Добрый мирянин, если увидит болезнь в пастыре, отнесется к ней по примеру Сима, а не несчастного его брата, будет болеть от мысли, как прикрыть отчую наготу, сам пойдет во священники и покажет, каким должен быть истинный пастырь. Если же братство этого не сделало даже на одном примере, то пусть убоится предаваться осуждению священства… В противном же случае пусть вспомнит об участи третьего сына Ноева».
В 1902 году отец Роман получил назначение в храм Марии Магдалины в Санкт–Петербурге. Здесь во время его служения образовалась многочисленная духовная община и было организовано общество трезвенников. Священник всего себя посвятил приходской деятельности, и эти несколько лет напряженной жизни сказались на состоянии здоровья: он и его жена заболели туберкулезом, и дальнейшее пребывание в климате Санкт–Петербурга было сочтено врачами опасным для них. Но была и иная причина переезда отца Романа из Петербурга. В 1907 году на квартиру к нему пришел Григорий Распутин, и отец Роман, будучи человеком прямым, счел нужным в лицо высказать пришедшему свое мнение о нем. В гневе и раздражении покинул тот священника и вскоре ему отомстил. Через две недели последовал указ Святейшего Синода о переводе отца Романа полковым священником в город Томашов Польский, на границу Польши с Германией.
Перед тем как туда отправиться, отец Роман с женой поехал к отцу Иоанну Кронштадтскому и рассказал о случившемся.
— Это все кратковременно, все будет хорошо, скоро он о тебе забудет, — сказал отец Иоанн.