Московский князь Василий, будущий Темный, не мог этого допустить. После прибытия митрополита Исидора в Москву (1441 год) он созывает собор доступных ему епископов (восточно-русских епархий, но за вычетом Новгорода и Твери), которые низлагают Исидора за отпадение от православия. Особенно активен на этом соборе Авраамий, епископ Суздальский, чья подпись под актом о Флорентийской унии самая заметная, так как там только она одна на славянском; теперь он покаялся и доказывал князю свою лояльность. Однако антиуниатская риторика собора остается только для внутреннего употребления. Василий отказывается от официальных контактов с прибывшей как раз в это время в Москву делегацией афонских монахов-антиуниатов, а вместо этого пишет в Константинополь к униатскому патриарху так, как будто бы тот был православным, то есть как к законному главе русской церкви. Он просит не об отмене унии, не об автокефалии и даже не о праве рукоположения Киевских митрополитов в Москве без поездки в Константинополь, а всего лишь о разовом исключении для митрополита Ионы, которым необходимо, по мнению князя, заменить Исидора; но вероисповедных претензий к Исидору никаких не выдвигается, да это было бы и невозможно в послании к патриарху-униату. Ответа на это письмо не будет, но поставление Ионы на Киевскую кафедру в 1448 году собором восточно-русских епископов будет объясняться по горячим следам через благословение, якобы полученное от патриарха Ионой на случай оставления Киевской кафедры Исидором еще в 1436 году, а отнюдь не «правом на автокефалию».
Между 1448 и 1459 годами в официальных грамотах митрополита Ионы и соборов восточно-русских епископов история будет переписываться еще несколько раз в угоду менявшейся политической конъюнктуре. Вероисповедные причины в поставлении Ионы отыщутся задним числом лишь после 1454 года (когда будет восстановлено православное патриаршество в Константинополе) и особенно с 1459 года (когда возникнет нужда конкурировать с Киевским митрополитом-униатом, признанным властями Великого Княжества Литовского). Как бы то ни было, Иона умер в 1461 году, ничего не зная о том, что уже через десяток лет его объявят первым автокефальным русским митрополитом. Сам себя он считал митрополитом Константинопольского патриархата и, возможно, даже получил грамоту с утверждением своего титула от православного патриарха Геннадия Схолария. Преемник Ионы Феодосий был избран по его завещанию, положенному на престол Успенского собора в Кремле; предполагалось, что благословение патриарха на это когда-нибудь будет получено. Но вместо этого Феодосий в 1464 году добровольно оставляет престол: официально – по состоянию здоровья, реально – из-за невозможности сработаться с великим князем Иваном III. Еще в 1475 году Феодосий будет жив и заниматься литературной деятельностью, так что дело было явно не в недостатке здоровья. Следующий митрополит, Филипп, поставляется в Москве совершенно без всякого канонического обоснования, если не считать таковым требование великого князя и его новую идеологию, согласно которой греческие патриархи уже не могут сохранять православие под турецкой властью. Шансы на признание легитимности Филиппа в Великом Княжестве Литовском изначально близки к нулю, а тут еще и тамошний униатский митрополит Киевский Григорий приносит покаяние перед Константинопольским патриархом и получает от него прощение и признание (1466), так как местные власти осознали бесперспективность униатства. Канонически Григория обязаны признать и в Москве, но, разумеется, Иван III допустить этого не может. В результате происходит окончательный разрыв, и Московская церковь вместе со своим первым по-настоящему автокефальным митрополитом Филиппом попадает под патриаршее отлучение (1467). Тут и создается государственный культ митрополита Ионы, который не будет принят нестяжателями.
Поводом для создания нового культа стала перестройка Успенского собора в Москве, потребовавшая перенесения мощей похороненных там московских митрополитов. Тогда, в 1472 году, тройку святых митрополитов Киевских, которые правили из Москвы, составляли Петр (перенесший в Москву Киевскую кафедру в 1325 году) и митрополиты-исихасты конца XIV – начала XV века Киприан и Фотий. Вместе с их мощами переносили и тело недавно скончавшегося митрополита Ионы. Официальный панегирик в честь этого события написал главный агиограф эпохи Пахомий Серб, или Логофет. Он «приписывает» Иону к трем святым московским митрополитам и, доказывая его святость, сообщает о двух чудесах, случившихся при его мощах после перенесения. Постепенно культ Киприана и Фотия будет вытеснен культом нового состава «трех святителей Московских» – Петра, Алексия и Ионы.
Так культ митрополита Ионы возникает изначально в качестве официального и официозного. В 1531 году на судилище против Вассиана Патрикеева, близкого ученика Нила Сорского, прозвучит обвинение в непочитании этих самых, воспетых Пахомием Логофетом, «святых мощей» митрополита Ионы. Вассиан ответит, что ему неизвестно, чтобы Иона был чудотворцем. Если бы в скиту Нила Сорского или хотя бы Кирилло-Белозерском монастыре, где жил Вассиан, было принято совершать память Ионы вместе с тремя святителями московскими, то такой ответ Вассиана, да и само обвинение были бы невозможны.
Отъезд Нила и Иннокентия на Восток совершился уже после запрета властями Москвы церковного общения с Константинопольским патриархом и каноничным Киевским митрополитом. Как в этом своем действии, так и позднее, нестяжатели не проявляли особого уважения к каноническому авторитету московских митрополитов (пишу «московские» с маленькой буквы, так как это не титул, а место их пребывания; точный титул этих митрополитов, отказавшихся в конце XV века от борьбы за титул «Киевских», науке неизвестен, а неофициально они сами себя именовали «всероссийскими»). Впрочем, это не означало для нестяжателей, что решения Киевских митрополитов и Константинопольских патриархов должны были восприниматься беспрекословно. Из-за тяжелых политических условий, хотя и тяжелых по-разному, до 1503 года не удавалось прекратить святительскую чехарду ни на престоле патриарха в Константинополе, ни на престоле митрополита в Киеве (то есть в Новогрудке), и тут возникали разные канонические нарушения. Самое тяжелое из них касалось незаконно низложенного Киевского митрополита Спиридона (рукоположен в 1475-м, эмигрировал в Москву ок. 1483 года, где был сразу арестован; умер после 1503 года). Он проведет многие годы под нестрогим домашним арестом в Ферапонтовом монастыре и станет близким другом нестяжательского монашества, которое, разумеется, будет игнорировать его официальное церковное отлучение. В среде этого монашества он имел репутацию духовного человека и значительного церковного писателя. Поэтому, в частности, именно его попросили создать Житие Зосимы и Савватия Соловецких (1503).