В 1853 году началась Крымская война. 3 мая 1854 года члены Русской Духовной Миссии были отозваны из Иерусалима в Россию. За свои труды в Миссии иеромонах Феофан был возведен 4 апреля 1855 года в сан архимандрита и 12 апреля назначен в Петербургскую духовную академию бакалавром по кафедре канонического права, а через полгода – на должность ректора Олонецкой духовной семинарии.
В исполнении должности ректора семинарии архимандриту Феофану предстояло много дел и хлопот. Олонецкая духовная семинария в это время была еще совершенно не устроена, даже не имела своего здания. Архимандрит Феофан занимается организацией строительства здания для семинарии.
Однако, главной заботой, отвечавшей высоким стремлениям души отца Феофана, было воспитание учащихся Олонецкой семинарии.
Помимо семинарии на архимандрита Феофана были возложены многие дела по епархии из-за отсутствия Олонецкого архиепископа Аркадия, который был вызван в Санкт-Петербург для присутствия в Святейшем Синоде. Исполняя поручения в этой сфере, он должен был соприкасаться с жизнью и деятельностью приходского духовенства. 17 октября 1855 года отец Феофан определен членом Олонецкой духовной консистории. Архимандрит Феофан заботился об улучшении проповеднической деятельности приходского духовенства и выработал целый ряд мер борьбы с расколом, который утвердился в форме даниловщины, филипповщины, аристовщины и странничества.
В 1856 году архимандрит Феофан был назначен на должность настоятеля посольской церкви в Константинополе. Выбор отца Феофана на столь важный и ответственный пост обусловливался тем обстоятельством, что он был хорошо знаком с православным Востоком и был вполне подготовлен к этой должности.
Константинопольская Церковь в это время переживала большие трудности в связи с распрей греков с болгарами. Русское правительство и Святейший Синод, озабоченные скорейшим прекращением этой распри, поручили архимандриту Феофану собрать сведения, которые могли бы осветить положение греко-болгарской распри. Отец Феофан исполнил возложенную на него миссию и представил от 9 марта 1857 года отчет, в котором писал о движении среди болгар и о состоянии Константинопольского патриарха. Этот отчет имел впоследствии большое значение при обсуждении греко-болгарской распри Святейшим Синодом Русской Православной Церкви.
Своей симпатией к болгарскому народу, сочувствием к его законным требованиям, своим искренним желанием помочь им отец Феофан снискал себе большую любовь среди болгар. Озабоченный сложной ситуацией в Болгарской Церкви архимандрит Феофан не забывал и о благе Константинопольской Церкви. Он близко познакомился с внутренней жизнью Константинопольского Патриарха, епископов, священников, содержанием церквей и духовенства, и ему открылась бедственная картина. Обо всем этом отец Феофан писал в своем отчете, взывая о помощи к «великодушной» России, которой «не следует оставлять своей матери по вере в этом беспомощном состоянии».
Во время своего пребывания в Константинополе архимандрит Феофан заботился и о русских, которые здесь жили, и предложил русскому правительству устроить в Константинополе госпиталь для русских матросов и паломников и просил также устроить «братство с церковью».
На православном Востоке он собрал много драгоценных жемчужин святоотеческой, главным образом аскетической письменности. Но недолго архимандриту Феофану пришлось быть в Константинополе: ему предназначалось новое, более ответственное поприще служения Церкви и Отечеству.
13 июня 1857 года указом Святейшего Синода архимандрит Феофан назначается на должность ректора Санкт-Петербургской духовной академии. Подчиняясь действию Промысла Божия, он в течение двух лет возглавлял высший рассадник духовного просвещения в Санкт-Петербурге.
Как ректор, архимандрит Феофан посещал лекции профессоров, присутствовал на экзаменах, следил за всем ходом учебного дела в академии. Особое внимание он обращал на воспитательную работу во вверенной ему академии. Одновременно отец Феофан усиленно занимался редакторской и богословской работой. Свои сочинения он публиковал главным образом в академическом журнале «Христианское чтение», который выходил тогда под его наблюдением.
Время ректорства архимандрита Феофана совпало с празднованием 50-летия открытия Петербургской духовной академии. Для проведения празднования юбилея, которое состоялось 17 февраля 1859 года, ректору пришлось понести много трудов. Святейший Синод наградил отца Феофана орденом святого князя Владимира III степени.
Недолго после этого события отцу Феофану пришлось быть ректором. Всеблагому Промыслу Божию угодно было возвести его в сан епископа, да будет всем, ищущим спасения, светильником горящим и светящим.