От этих великих стен до нашего времени в достаточно хорошем состоянии сохранилась южная часть, особенно рядом с выступающей башней на юго-востоке, с прекрасно выполненной кладкой, хотя известковый раствор и не использовался. Кроме того, уцелел участок шириной 60 футов у восточного бастиона, где высота стены до сих пор составляет около 30 футов, имевший, видимо, сторожевую башню, возвышавшуюся над долиной Симоиса и восточным подходом по плато. От этого бастиона участок стены длиной 200 ярдов шел вдоль северного гребня холма — «великолепная стена из больших тесаных известняковых блоков», как описывал ее Шлиман. И без того сильно поврежденная строителями классической эпохи, она была снесена им между 1871 и 1873 г. Насколько крупным было это сооружение, выяснил в 1930-х гг. Карл Блеген, исследовавший северо-западный угол цитадели. Здесь стена делает резкий поворот вокруг холма, опускаясь на восемь ярдов. В этом месте Блеген нашел ступенчатые фундаменты, которые были утоплены не менее чем на 23 фута ниже уровня земли Трои VI, чтобы обеспечить опору для бастиона, имевшего высоту более 60 футов. Видны нижние ряды кладки этого сооружения, скрытого, очевидно, строителями Нового Илиона.
Такими были стены Трои — «крепко сплоченные», «прекраснобашенные» и «высоковоротные», как позднее их описывало греческое предание. Лишь на западной стороне оставался небольшой сегмент старого контура стен, еще не замененный. Эта древняя стена была вдвое меньшей толщины, чем новая, построена из камней меньшего размера и хуже обработанных, имела не такой глубокий фундамент. Здесь укрепления города были самыми слабыми и уязвимыми.
Внутри Трои все дороги, похоже, вели к небольшому холму, где, как можно предположить, стоял дворец. На террасах ниже дворца располагалось около двух с половиной десятков больших домов, в которых проживали приближенные родственники царской семьи. Братья и сыновья царя, возможно, имели отдельные дома. Самыми большими были впечатляющие двухэтажные здания длиной почти в 30 ярдов, напоминающие мегароны Тиринфа и Микен, хотя и имеющие входы через боковые двери. Одно из них, так называемый «дом с колоннами», имело 28 ярдов в длину и 13 в ширину. В нем были главный зал и кухонная зона, потолок подпирали большие внутренние каменные колонны, одна из которых сохранилась до наших дней. Верхний этаж, предположительно, имел деревянный каркас, был глинобитным и оштукатуренным, освещался через окна либо, возможно, через фонарь верхнего света (такой архитектурный стиль еще можно увидеть в северо-западной Анатолии). Блеген считал, что это здание в последней фазе Трои VI было превращено в арсенал или казарму, поскольку внутри было найдено множество шаров для пращи и свидетельств потребления там больших количеств пищи. И, кроме того, как мы помним, на улице, к западу от дома, Блеген нашел — «необъяснимый» — человеческий череп.
А что же сам дворец? Со времен Дёрпфельда бытовала точка зрения, что от верхушки Гиссарлыка не осталось и следа, так как ее срезали при строительстве общественного центра Нового Илиона. Но последние исследования показали, что, когда Шлиман в 1870 г. начал раскопки, часть вершины холма еще существовала, поскольку там он натолкнулся на основание древнего храма, который когда-то посетил Александр Македонский, и фрагменты строений Трои VI. Вероятно, греческие колонисты, основавшие Илион около 730 г. до н. э., построили храм на развалинах «дворца Приама». Ярдах в десяти на юго-восток, почти в центре Гиссарлыка, исследуя «островок», нетронутый Шлиманом и Дёрпфельдом, Карл Блеген обнаружил небольшие участки двух параллельных стен. Они находились под основаниями римской колоннады торгового зала. Этот фрагмент поздней Трои VI располагался вплотную к тому месту, где, как ожидалось, находился вход во дворец, у верхней точки дороги, поднимающейся, извиваясь, от южных ворот. Жалкие остатки, быть может, единственный сохранившийся фрагмент дворца Трои бронзового века.