На какое-то время конфликт между буддистами и даосами утих. Естественно, успех Хубилая повысил его престиж в рамках монгольской иерархии. Более того, он расположил к себе некоторых китайских ученых, которым импонировало то, какое умение он проявил в роли председателя и посредника на диспуте. На них произвели большое впечатление ум и выдержка монгольского хана, а также его административные способности. Одержав эту победу, он проложил себе путь к следующему важнейшему поручению.
Задача, исполнение которой Мункэ доверил Хубилаю, действительно имела первостепенное значение. Хубилай был поставлен во главе одной из четырех армий, отправленных на завоевание Южного Китая. Монголам было необходимо уничтожить династию Южную Сун, чтобы укрепить свою власть над Северным Китаем и не дать китайским националистам на севере стать под знамена южан. Само существование Южной Сун служило напоминанием, что у китайцев остается альтернативный путь, и тем самым таило в себе угрозу для монголов. Вероятно, Мункэ также руководствовался целью поддержать боеспособность своих войск и дать им возможность обогатиться. Поэтому он принял решение снарядить поход против Южного Китая, в котором Хубилаю будет суждено сыграть главную роль.
Замысел Мункэ не пользовался единодушной поддержкой. Ряд военачальников в его свите высказывали опасения, что Юг отличается жарким и нездоровым климатом, подразумевая, что монгольские войска будут терпеть гораздо больше лишений, чем в привычных им условиях. По мнению критиков, попав в незнакомую обстановку, монголы увязнут в болотах. Однако Мункэ жестко заявил, что он доведет до конца дело, начатое его предками. Этим ответом и очевидным стремлением завоевать оставшуюся часть Китая он в зародыше подавил любые возражения.
Для победы над Сун требовались более сложные военные методы, чем те, которые обычно применяли монголы. К югу от Янцзы лежало несколько крупнейших городов в мире. Столица Южного Китая Линьань (современное Ханчжоу), например, была первым в мире городом по численности населения: по самым скромным оценкам, здесь проживало приблизительно 1,5 миллиона человек. Для сравнения, Венеция, один из коммерческих центров Европы, насчитывала 100000 жителей. Здесь должны были быть испытаны на прочность методы осадной войны, проверенные монголами во время походов на Северный Китай. Для осады этих городов была необходима тяжелая артиллерия, так как осаждающие не могли обойтись без катапульт, способных метать большие камни. Конница, составлявшая главную силу монголов, не могла успешно действовать в Южном Китае как из-за особенностей местности, так и из-за наличия больших городов. Успех предприятия зависел от пехоты и осад. За помощью в составлении военных планов и в проведении самой кампании монголы обратились к китайским и мусульманским советникам.
Придя к выводу, что его войска готовы к завоеванию Южного Китая, Мункэ решил разделить их на четыре армии, чтобы не позволить войскам Сун сосредоточиться на защите какой-либо одной области страны и вынудить их рассеяться для отражения монгольского наступления. Несмотря на это преимущество, Мункэ тщательно распланировал поход. Его самый младший брат Ариг-Бука остался в Каракоруме защищать столицу и заниматься повседневными делами правления. По монгольскому обычаю, именно младшему из братьев доверяли семейный очаг и наследственные земли, так что Мункэ просто следовал традиции.
Завершив все необходимые приготовления, в июне-июле 1257 г. Мункэ посетил старые дворцы Чингис-хана. Здесь он совершил ритуальные жертвоприношений, которые должны были принести успех в новых делах. В следующем месяце он принес жертвы Небу, окропив молоком, выдоенным у особого стада кобыл, священную землю вокруг своего дворца. Исполнив все обязанности образцового монгольского правителя, теперь он мог со спокойной совестью выступить в поход. К маю 1258 г. он переправился через Хуанхэ и собрал свои войска у Люпаньшань, к юго-западу от современного Гуюаньсянь в провинции Нинся. Точное число воинов, находившихся под его началом, неизвестно. Цифры, приводимые персидскими историками, кажутся сверх всякой меры завышенными. В одном источнике утверждается, что Мункэ вел с собой армию в 600000 человек, а в другом — что один лишь Хубилай возглавлял отряд в 9 туменов (около 90000 человек). Китайские оценки в целом более умеренны. Когда Мункэ удалось захватить один важный пункт в Сычуани, он оставил в нем гарнизон из 3000 человек. Если бы он на самом деле стоял во главе столь многочисленной армии, как говорится в персидских летописях, он наверняка выделял бы для защиты таких мест более крупные отряды.