Во время завоевания Палестины, когда Наполеон сформировал так называемую Сирийскую армию, генерал Иоахим Мюрат оказался в ее рядах. При взятии города Газы три его головных эскадрона были опрокинуты мамлюками, но после сильного удара во фланг конники Ибрагим-бея отступили. Затем генерал Мюрат, имея всего одну тысячу человек, разгромил походный лагерь войска паши Дамаска и захватил город Тиверию. Там нашлись огромные запасы продовольствия, равные шестимесячной потребности французской армии.
Вскоре Мюрат отличился при штурме крепости Сен-Жан-д'Акр и под Абукиром, где был разгромлен турецкий десант. В том сражении он был ранен в лицо (пуля прошла под нижней челюстью) выстрелом из пистолета во время рукопашной схватки с Мустафой-пашой и его телохранителями. Тогда французский генерал лично пленил султанского пашу, командовавшего десантом.
Когда Наполеон Бонапарт покидал Египет, оставляя в этой стране свою Восточную армию, среди его немногочисленной свиты лично преданных людей оказался и дивизионный генерал Иоахим Мюрат. Он возвращался во Францию вместе с будущим императором на корабле "Каррэре", счастливо избежав встречи с английской эскадрой адмирала Горацио Нельсона…
В Париже кавалерийский генерал стал одним из главных действующих лиц государственного переворота, приведшего к власти Наполеона Бонапарта. Когда тот в критические минуты парламентских событий пал духом, именно Мюрат подтолкнул его к решительным действиям. Хотя верным ему войскам не пришлось тогда применять оружие против противников Бонапарта, дивизионный генерал был настроен на самые решительные меры. И это французские парламентарии поняли сразу, не решившись законодательным словом сразиться с военными: генерал Мюрат под гулкий грохот барабанов во главе небольшого отряда гренадеров с ружьями наперевес вступил в зал заседаний Совета пятисот (нижней палаты парламента Франции) и там скомандовал: "Вышвырните-ка мне всю эту свору вон!"
Эти исторические события еще больше сблизили первого консула Наполеона с Иоахимом Мюратом, который стал командующим консульской гвардией. Вскоре они породнились — Мюрат женился на младшей сестре Наполеона Каролине. После этого генерал был назначен губернатором Парижа и почти одновременно стал членом законодательного корпуса.
Готовясь стать императором французов, Наполеон Бонапарт начал завоевывать Европу. Естественно, что здесь не обошлось без Иоахима Мюрата, который в апреле 1800 года назначается командующим кавалерией Резервной армии. Он принимает самое деятельное участие в наполеоновском Итальянском походе: он взял Милан и овладел Пьяченцей, отличился в сражении при Маренго и изгнал неаполитанцев из Папской области.
19 мая 1804 года Мюрат получает звание маршала Франции. В списке 14 генералов, удостоенных тогда этого высшего воинского звания, имя Мюрата стояло вторым (после Л. Бертье). Он был также награжден командорским крестом ордена Почетного Легиона и назначен сенатором. В качестве резиденции император выделил мужу своей сестры Елисейский дворец в Париже. Семейство Мюратов было включено в список принцев императорского дома.
Маршал Иоахим Мюрат становится фактически главнокомандующим многочисленной наполеоновской кавалерией, которую составляли не только французы. Французская кавалерия в начале XIX столетия претерпела значительные изменения. Теперь она организационно и тактически подразделялась на тяжелую и легкую. Тяжелую кавалерию составляли кирасиры и карабинеры, легкую — драгуны, конные егеря (конные стрелки) и гусары. Были созданы не только кавалерийские дивизии, но и целые корпуса. Такой многочисленной и мощной кавалерией кроме Франции в Европе обладала только Российская империя, но большую часть ее конницы составляла легкая, преимущественно казачья.
Кавалерия маршала Мюрата участвовала во всех крупных сражениях военных кампаний 1805, 1806 и 1807 годов, действуя в авангарде главных сил наполеоновской армии против войск Австрии, Пруссии и России. Полководцу от кавалерии не раз удавалось взламывать лобовыми ударами своей конницы боевые порядки противника, совершать фланговые обходы и удачно вести преследование отступавших. Особо он отличился в сражении под Ульмом, в котором австрийская армия оказалась наголову разгромленной.
Затем Мюрат принудил к капитуляции 16-тысячный корпус австрийского генерала Вернека. Развернув стремительное наступление на Вену, он прославился вместе с маршалом Ж. Ланном захватом Таборского моста через Дунай. Это был беспримерный в военной истории подвиг. После этого, перейдя Дунай, французская кавалерия без боя заняла столицу Австрии.
Но были у главнокомандующего наполеоновскими конными войсками и неудачи. Такой неудачей, например, было сражение при Холлабрунне. Там его авангардный 40-тысячный корпус не смог сломить сопротивления русского 7-тысячного арьергарда под командованием генерала П.И. Багратиона, прикрывавшего отход кутузовской армии.