Первой заботой Изабеллы после признания её прав стало наведение порядка в стране, вот уже много десятилетий потрясаемой смутами и мятежами; второй - покорение гранадских мавров на юге полуострова. Молодая королева твёрдо взялась за их разрешение и действовала с такой энергией, что добилась полного успеха в изумительно короткий срок. Изабелла понимала, что без установления сильной судебной власти ей никогда не сломить своеволия вельмож, и прежде всего занялась реформой судебной системы. Опорой королевских судов она сделала святые германдады (братства). Это были отряды городской милиции, содержавшиеся на общественный счёт и создаваемые для охраны порядка. Королева подчинила их все королевской власти и таким образом получила в своё распоряжение постоянное полицейское войско, состоявшее из 2 тысяч конных воинов и многочисленной пехоты. В 1485 году был принят новый уголовный кодекс, очень строгий по сравнению с предыдущим. Самые ничтожные преступления отныне карались членовредительством и даже смертью. Изабелла строго следила за тем, чтобы эти законы исполнялись с беспощадной суровостью. Вельможи противились введению германдад в их владениях, не желая выпускать из своих рук судебной власти, но королева действовала так искусно и твёрдо, что вскоре новое устройство было утверждено кортесами по всему королевству. Это дало Изабелле возможность обуздать своеволие вельмож, прекратить их войны между собой и подчинить их королевской воле. Она охотно брала на себя роль судьи и с неутомимым рвением подавляла всякое сопротивление. Так, едва у неё развязались руки, королева отправилась в Андалусию, где уже много лет шла форменная война между сторонниками фамилии Гусманов и семейства Понсе де Леонов. Все королевские города и замки были захвачены здесь вельможами той или другой партии. Обе они, воюя между собой, были одинаково непослушны королеве. Изабелла поселилась в Севилье, стала принимать жалобы на вельмож, произносила над ними суровые приговоры и так запугала их, что они сдали королеве замки, возвратили государственные имения казне, а частные земли - их законным владельцам. 4 тысячи человек, опасавшихся быть преданными суду, укрылись за границей. С той же беспощадностью действовали королевские представители в Галисии, где было приговорено к смерти множество людей, повинных в прошлом в совершении различных преступлений. 50 замков непокорных вельмож были разрушены до основания. Множество мошенников и грабителей в страхе бежали из страны. На дорогах установилось спокойствие, буйные рыцари почувствовали на себе твёрдую руку, стали вести себя спокойно, сообразуясь с законом. В 1480 году кортесы, созванные Изабеллой в Толедо, объявили незаконными все пожалования королевских имений, сделанные Энрике, отменили все назначенные им пенсии, запретили вельможам чеканить монету, отняли у них другие права верховной власти, незаконно ими присвоенные. Им было запрещено строить замки и решать споры междоусобиями. Эту утрату политических прав Изабелла постаралась вознаградить различными почестями. Она привлекла ко двору многих грандов и передала в их руки самые высокие должности. Этикет также придавал большое величие власти королевы.
Все эти меры кроме установления спокойствия позволили значительно поднять доходы казны, а это, в свою очередь, многократно усилило королевскую власть. Так, в Кастилии было введено прочное монархическое устройство. Королева имела большие доходы, могла награждать за преданность и строго карать за ослушание; в государстве водворилось спокойствие; торговля ожила; чеканка дурной монеты прекратилась. Но одновременно с этими положительными достижениями появились первые ростки деспотизма. Началась жестокая борьба с инакомыслием, сначала религиозным, а потом и политическим. Для борьбы с тайными евреями и мусульманами в 1480 году был учреждён первый трибунал инквизиции. В 1483 году великим инквизитором был назначен Торквемада. При нём число инквизиционных трибуналов возросло до 13. В следующие 18 лет было сожжено более 10 тысяч человек; почти столько же лишились имущества и гражданских прав. Кроме того, Торквемада добился в 1492 году от королевы повеления о поголовном изгнании всех некрещёных евреев. Не менее 200 тысяч из них с великими лишениями покинуло Испанию. Те, которые предпочли чужбине крещение, постоянно находились под неусыпным наблюдением инквизиции.