Непосредственным участником этого убийства был граф Ботвелл, заведовавший всеми делами вместо покойного Риччо и (как считали) любовник королевы. Вследствие этого подозрения против Марии были очень велики. Она ещё усугубила их, когда постаралась замять дело, остановила судебное расследование, оправдала всех участников убийства, а в мае вышла замуж за Ботвелла. Следствием всех этих неосторожных шагов стало мощное восстание кальвинистов, охватившее большую часть Шотландии. При этом почти все вельможи были в заговоре против нового короля. В июне они попытались захватить королеву в Бортуик-Касле, но Мария успела бежать через заднюю калитку дома. Она собрала своих сторонников и 15 июня встретилась с врагами у Кэрберри-Гилля. Однако до битвы дело не дошло, поскольку большая часть дворян, готовых биться за королеву, отказались проливать кровь за её мужа. После долгих переговоров было решено, что Ботвелл может ехать, куда пожелает, а Мария должна вернуться в Эдинбург. На всём пути до столицы мятежники оказывали королеве лицемерные знаки почтения. Но затем её заключили в замок Лохлевен и здесь 30 июня заставили отречься от престола в пользу своего малолетнего сына. Охрану пленницы поручили роду Дугласов.
В следующем году Марии удалось обольстить юного Джорджа Дугласа. При его содействии она в мае 1568 года бежала из своей темницы в замок Гамильтонов. Здесь она объявила, что её отречение было вынужденным. Вскоре вокруг собрался большой отряд сторонников. Но и это войско было рассеяно 13 мая при Ленгсейде. Когда королева увидела, что дело её окончательно проиграно, она бежала на юг. Три дня она без отдыха скакала через леса и пустоши и 16 мая добралась до английской крепости Карлейль. Мария надеялась, что королева Елизавета вступится за неё, и отдалась под её защиту.
Елизавета велела оказывать Марии королевские почести, но держать её в Карлейле под строгим надзором. Помощь она обещала только в том случае, если Мария оправдается от обвинений в убийстве мужа. Но очевидно, что любой приговор над Марией был для Елизаветы одинаково неудобен. Если бы он был оправдательным, надо было начинать войну с шотландцами и восстанавливать Марию на престоле. А если бы он был обвинительным, приходилось ожидать сильных внутренних и внешних возмущений, так как английские католики, французский и испанский короли видели в Марии Стюарт единственную законную королеву Англии и Шотландии. Поэтому весь процесс над шотландской королевой имел одну цель: не давая окончательного ответа, запятнать её репутацию самыми гнусными подозрениями. Из Карлейля Марию перевезли в Шеффилд, а потом в Тютбери. Хотя ей не позволяли уехать во Францию, но во всём остальном старались не стеснять её свободы. Она жила и действовала как настоящая королева: занималась охотой, давала аудиенции, вела переписку со своими подданными и держала агентов при дворах иноземных государей.
Несколько раз враги Елизаветы старались составить в пользу Марии Стюарт заговоры, мечтая возвести её на английский престол. Сначала за оружие взялись графы Нортумберленд и Вестморленд. Затем обширный заговор составил герцог Норфолк, мечтавший посредством брака с Марией захватить власть в обоих королевствах. Его козни были раскрыты, и в 1572 году герцог кончил жизнь на эшафоте. В ходе следствия раскрылось, что Норфолк находился в переписке с Марией. Надзор за ней сделался более строгий. В 1586 году был раскрыт заговор, организованный Энтони Бэбингтоном: вместе со своими единомышленниками он хотел убить Елизавету и возвести на престол Марию. Осенью все заговорщики были схвачены и казнены. Во время следствия опять открылась их переписка с пленённой королевой. На этот раз обвинения против неё были очень серьёзны. Марию Стюарт перевезли в Фотерингей и предали суду, который приговорил её к смерти. Три месяца Елизавета медлила с утверждением приговора, но потом всё же подписала указ о казни. 8 февраля 1587 года в Фотерингее Марии отрубили голову. Пишут, что она до конца сохранила твёрдость духа и встретила смерть с мужественным достоинством.
ЕЛИЗАВЕТА I