В 1927 году, 12 апреля, генерал Чан Кайши захватил власть, сосредоточив в своих руках посты председателя Центрального исполнительного совета Гоминьдана, президента Китайской республики, главнокомандующего всеми её вооружёнными силами. Он на правах президента присвоил себе воинское звание генералиссимуса. Резиденцией правительств Чан Кайши стал город Нанкин. Его жена Сун Цинмен была введена в президиум Антиимпериалистической лиги. Рядом с нанкинскими крепостными стенами началось строительство огромного мавзолея для основателя Гоминьдана Сунь Ятсена.
Генералиссимус Чан Кайши заявил о решимости завершить Северный поход. Ему противостояли военачальники-милитаристы, захватившие власть в тех провинциях, где расквартировывались подчинённые им войска. Наиболее крупным из них был маршал Чжан Цзолинь, военный правитель Маньчжурии и Северо-Восточного Китая. Армия Чан Кайши начала успешное наступление через Хэфэй (провинция Аньхой) и Сюйчжоу (провинция Цзянсу) на войска милитариста Сунь Чуаньфана.
В июне 1927 года Чан Кайши получает сильного союзника в лице «христианского генерала» Фэй Юйсяня из провинции Шаньси. Летом этого же года из страны высылаются советские политические и военные советники. В августе — сентябре гоминьдановцы подавляют силой оружия «восстание осеннего урожая» в провинции Хунань под руководством Мао Цзэдуна. Тот бежит в горы западной части провинции Цзянси, где к нему вскоре присоединяется отряд Чжу Дэ.
8 августа 1927 года Чан Кайши неожиданно подаёт в отставку и отбывает в Японию. Оттуда он возвращается в Китай 6 января следующего года. Благодаря такому тактическому ходу ликвидируется раскол в Гоминьдане. Чан Кайши снова назначается главнокомандующим национальной армией и председателем Центрального исполнительного комитета Гоминьдана. Он приказывает продолжить Северный поход, чтобы объединить страну.
К гоминьдановцам присоединяется военный правитель провинции Шаньси Ень Сишань, и они объединёнными силами (700 тысяч человек) форсируют реку Хуанхэ и захватывают 4 июня 1828 года город Пекин. Полумиллионная армия милитаристов Северного Китая терпит поражение. Маршал Чжан Цзолинь отступает в Маньчжурию. Около Мукдена его личный поезд взрывают японцы. Военным правителем Маньчжурии становится его сын — «молодой маршал» Чжан Сюэлян, с которым гоминьдановцы налаживают отношения.
В 1828 году становится ясно, что гоминьдановскому Китаю грозит война с Японией. В мае в шандуньском городе Цзинани произошли первые военные столкновения между чанкайшистскими и японскими войсками. Через год большая часть провинции Шаньдун оказалась в руках японцев, которые после переговоров с правительством Китая вывели оттуда большую часть своих войск.
К осени 1828 года под командованием генералиссимуса Чан Кайши находилась почти двухмиллионная армия. Он предпринимает наступление на «советские районы», где укрепились войска Коммунистической партии. Против баз КПК в провинции Цзянси гоминьдановские войска совершили пять рейдов. Первых два закончились неудачей из-за активности партизан, третий и четвёртый — из-за действий японцев.
Пятый рейд был успешным: он планировался группой германских военных советников во главе с генералом Гансом фон Сектом, недавно ушедшим в отставку с поста начальника Генерального штаба Германии. Наступление чанкайшистских войск велось по сходящимся направлениям с использованием полевых укреплений и сети блокгаузов. Китайская Красная армия несла тяжёлые потери и, оставив «советский район» в провинции Цзянси, пробивалась на север, к монгольской границе.
19 сентября 1931 года мукденский (шэньянский) инцидент положил начало войне Китая с Японией. Две роты японских солдат проводили близ города Мукдена «ночные учения», и китайские полицейские открыли огонь. После этого батарея японских тяжёлых орудий разрушила казармы полицейских, и город Мукден с арсеналом и окрестностями оказался в руках императорской Квантунской армии. Начались бои, и к февралю 1932 года японцы захватили всю Маньчжурию, выбив оттуда китайские войска.
26 января 1932 года морская пехота японского адмирала Седзава высаживается в Шанхае. В считанные дни там оказывается около 70 тысяч японских войск. Китайская 19-я походная армия почти месяц оказывает интервентам упорное сопротивление. Но в конце концов гоминьдановские власти идут на уступки в переговорах с японской стороной. 18 февраля 1932 года провозглашается независимость государства Маньчжоу-Го под протекторатом Японии. На престол марионеточной страны японцы возводят бывшего китайского императора Генри Пу И.
Генералиссимус Чан Кайши после заключения зыбкого перемирия с Японией объявил войну китайской Красной армии. Он создал организацию «синерубашечников», которые по всей стране поддерживали культ личности главы Гоминьдана. «Синерубашечники» начали проводить «чистки» в гоминьдановской армии, в результате которых возрос авторитет КПК, а не Чан Кайши.