Акт экспертизы был подписан только 25 апреля, то есть через месяц после вскрытия, и выводы на этот раз были в пользу ритуальной версии: «Характер орудия и множественность поранений, частью поверхностных, в виде уколов, служат указанием на то, что одной из целей нанесения их было стремление причинить Ющинскому возможно сильные мучения. В теле его осталось не более трети всего количества крови; на белье и одежде имеется ничтожная часть её, а остальная кровь вытекла, главным образом, через мозговую вену, артерию у левого виска и вены на шее. Ближайшей причиной смерти Ющинского послужило острое малокровие от полученных повреждений, с присоединением явлений асфиксии (удушения). Эти выводы, лёгшие в основу обвинения Бейлиса, были после публикации обвинительного акта единодушно опротестованы российскими и европейскими специалистами, которые указывали, что они противоречат приведённому самими экспертами фактическому материалу: согласно этому материалу, мальчик сначала лишился сознания от удара в голову, затем был придушен и уже после этого – посмертно или в момент агонии – ему было нанесено большинство ранений. Они в основном носят поверхностный характер и никак не могут свидетельствовать о намерении выточить кровь».
Параллельно с ритуальной версией Чаплинский приказал отработать и другие версии. В связи с этим начальник Киевского жандармского управления полковник Александр Шредель поручил своему помощнику, подполковнику Павлу Иванову разобраться с возможной причастностью к убийству Веры Владимировны Чеберяк (Чеберяковой), жены мелкого почтово-телеграфного чиновника Василия Чеберяка и сводной сестры профессионального вора Петра Сингаевского. Полиции Чеберяк была хорошо известна как держательница воровского притона и скупщица краденых вещей; в преступном мире её называли Чеберячка или Верка-чиновница. Накануне убийства, 10 марта 1911 года, были арестованы и доставлены в сыскное отделение четыре профессиональных вора, опознанные как постоянные посетители притона Чеберяк; затем в квартире Чеберяк был произведён обыск, в результате которого нашли два револьвера и патроны. Приходько ранее были соседями Чеберяков, и Андрей Ющинский продолжал поддерживать дружбу с их сыном Женей, своим сверстником. Женя в разговоре со студентом Голубевым поначалу заявил, что Андрей приходил к нему утром 12 марта и они вместе ходили играть в расположенной неподалёку усадьбе Бернера; но затем на допросах он стал от этого отпираться и утверждать, что в последний раз видел Андрея лишь дней за десять до убийства. Но после ареста матери Женя вновь вернулся к прежним показаниям. Он признался следователю по особо важным делам Киевского окружного суда Василию Фененко, что Андрей заходил к нему за порохом для самодельного ружья. Фонарщик Казимир Шаховский показал, что утром 12 марта видел Андрея вместе с Женей у дома Чеберяков, причём Андрей был без книг и пальто, а оставить их он мог только у Чеберяков, и держал в руках баночку с порохом. Полицией был зафиксирован слух, что в утро, когда произошло убийство, Андрей в присутствии третьего мальчика во время игры поссорился с Женей; при этом Женя пригрозил сообщить его матери, что Андрей прогулял занятия, а Андрей в ответ – заявить полиции, что мать Жени принимает краденые вещи. Женя будто бы немедленно сообщил матери об угрозе, и это и послужило причиной убийства. Впоследствии материалы по Чеберяк были уничтожены следствием, но по ряду признаков можно предположить, что к июню следователи уже не сомневались, что Чеберяк является одной из убийц, хотя и не понимали мотивов преступления. Одна из версий предполагала, что воры сымитировали ритуальное убийство, чтобы спровоцировать еврейский погром в Киеве, во время которого можно было бы практически безнаказанно поживиться чужой собственностью. 9 июня Чеберяк была арестована жандармским управлением. Брандорф рассказывал, что выдал ордер на арест втайне от Чаплинского. 13 июля Чеберяк была освобождена по распоряжению последнего. 22 июля она была одновременно с Бейлисом арестована вновь и 7 августа освобождена.