Толчком к началу организованного сопротивления Советам послужил разгон большевиками Всероссийского Учредительного собрания. В начале 1918 г. в Иркутске, как и по всей Сибири, начинает складываться антисоветское подполье. Для руководства подготовкой к схватке с советской властью было создано Временное правительство автономной Сибири. Непосредственно в Иркутске находилось около 450 подпольщиков. Город был разбит ими на сектора со сборными пунктами и местами хранения оружия.
В этих сложных условиях советская власть в Иркутске могла держаться и функционировать только с помощью военной силы. Ее опорой стали малочисленные отряды Красной гвардии. Для борьбы с противниками применялись обычные приемы и методы: обыски, аресты, закрытие газет, реквизиции, конфискации и тому подобное.
Крупномасштабная война в России началась 25 мая 1918 года, с мятежа Чехословацкого корпуса
. К этому времени части корпуса общей численностью более 35 тыс. человек оказались растянутыми вдоль железной дороги от Пензы до Владивостока. К началу мятежа непосредственно в Иркутске стоял один эшелон чехословацких войск, в котором находилось около 600 человек. Еще два эшелона общей численностью около 1 тысячи человек стояли на станции Иннокентьевская.Иркутский Совет стал готовиться к разоружению чехословацких войск. К станции были стянуты отряды красногвардейцев и интернационалистов, а также броневики. Столкновения закончились подписанием соглашения с командованием эшелонов об их беспрепятственном проезде на восток. Все три эшелона покинули Иркутск и вскоре благополучно прибыли во Владивосток. Вскоре через Иркутск без остановки проследовал и чехословацкий эшелон со станции Половина.
В первую декаду июля Иркутск также переживал весьма тревожные дни: осадное положение, эвакуация Советов, бесконечные обыски и реквизиции, всевозможные слухи. В городе бесчинствовали банды и анархисты, от которых не отставала и часть населения.
Наступление колчаковских сил началось 9 июля 1918 года, и уже через два дня отряд генерала Пепеляева
достиг Иркутска. Официальная столица советской власти в Сибири была сдана красными без боя.Большая часть населения Иркутска, уставшая от «диктатуры пролетариата», поддержала свержение Советов. Однако радовались иркутяне рано: город охватила новая волна репрессий, теперь уже со стороны белых. Тем не менее смена власти заметно оживила городскую жизнь Иркутска.
В ноябре 1918 г. иркутяне узнали о событиях в Омске: там на смену демократической Директории к власти пришел адмирал Колчак
, провозглашенный Верховным правителем России и провозгласивший в Сибири военную диктатуру.Это известие о смене власти иркутяне в своем большинстве восприняли негативно, но спокойно. Омск – это далеко, рассуждали и партийные функционеры, и обыватели. И каких-либо заметных протестов в городе не было. Однако постепенно в Иркутске стало нарастать отрицательное отношение к существующему режиму. Подготовку восстания значительно ускорила эвакуация в Иркутск из Омска колчаковского правительства. Город встретил его враждебно.
Оппозиционным и протестным настроениям способствовало ухудшение экономической ситуации – рост цен, инфляция, большой наплыв беженцев. Таким образом, волей обстоятельств Иркутск в 1919 году стал центром политической борьбы с диктатурой Верховного правителя России. К этой борьбе подключились различные политические силы.
Этой же осенью, когда Красная армия начала активное наступление в Западной Сибири, активизировали свою деятельность в Иркутске и эсеры. 8 декабря здесь на основе Земского политического бюро был сформирован Политический центр. Само восстание началось в ночь с 20 на 21 декабря. В нем принял участие весь гарнизон города – 400 человек, и победа была бескровной.
В самый канун восстания колчаковское правительство попыталось его предотвратить. 23 декабря Колчак назначил Забайкальского атамана Семенова главнокомандующим вооруженными силами на Дальнем Востоке. Ему был подчинен и Иркутский военный округ. На следующий день Семенов отправил в Иркутск свою Дикую дивизию с тремя бронепоездами. Однако железнодорожники пустили навстречу головному бронепоезду поезду паровоз. Столкновение повредило колею, и бронепоезда пройти к Иркутску не смогли. Семеновским пехотинцам, правда, удалось несколько потеснить защитников города, однако дружины железнодорожников отступать перед дивизией не стали.
В Иркутской губернской тюрьме Краснощеков был в очередной раз приговорен к расстрелу, однако под «занавес» 1919 года восставшие рабочие освободили всех заключенных. На Дальний Восток Краснощеков вернулся с частями Красной армии и вскоре уже возглавил правительство созданной Дальневосточной республики – ДВР. Он стал и председателем правительства (президентом), и министром иностранных дел ДВР.