Между тем Никита Хрущёв, только ставший председателем Совета министров СССР (он заменил отправленного в отставку постепенно спивавшегося Николая Булганина) и фактически сосредоточивший всю власть в своих руках, продолжал мирное наступление. 31 марта 1958 года он объявил об одностороннем прекращении ядерных испытаний. Хитрость состояла в том, что СССР только завершил, как показывали разведданные, серию испытаний, тогда как в США аналогичные испытания только намечались. По рекомендации А. Даллеса на пресс-конференции 2 апреля Эйзенхауэр просто отмахнулся от предложения Хрущёва: «Я считаю это трюком и не думаю, что его следует серьёзно воспринимать; каждый, кто тщательно это изучит, поймёт»416
.Всё же в Женеве были начаты переговоры о прекращении испытаний ядерного оружия. Правда, вскоре они почти зашли в тупик, так как американцы настаивали на принципе «открытого неба», а советская сторона считала это узаконенным шпионажем. Но всё же канал связей сохранялся, и это в какой-то мере утихомиривало страсти. В качестве жеста доброй воли Эйзенхауэр распорядился о прекращении полётов самолётов У-2 над советской территорией. В высшей американской администрации постепенно назревали серьёзные разногласия. При этом позиция А. Даллеса, который настаивал на продолжении силовой политики, постепенно ослаблялась. Вместе с ведущими военными деятелями, правыми политиками из обеих партий, значительной частью учёных (особенно создателем водородной бомбы Эдуардом Теллером) он убеждал Эйзенхауэра, что переговоры становятся бесперспективными, и уговаривал президента в необходимости наращивания военной мощи страны. Эйзенхауэр в определённой мере сопротивлялся этой тенденции. Его поддерживал послушный аппарат Белого дома, особенно советник по вопросам науки профессор Гарвардского университета известный химик русского происхождения Джордж (Георгий Богданович) Кистяковский.
Соотношение сил в высшем аппарате явно менялось не в пользу Аллена Даллеса, особенно когда от практической деятельности отошёл в результате тяжёлой онкологической болезни его брат Фостер. Рак кишечника был обнаружен у него ещё в 1956 году. Ему была сделана операция, и он вернулся к работе. Однако в начале 1959 года болезнь вновь обострилась, были обнаружены новые опухоли, радиационная терапия не дала результата и в апреле 1959 года Фостер вышел в отставку, а 27 мая умер417
.Заменивший Фостера Даллеса на посту государственного секретаря опытный дипломат Кристиан Гертер разделял позицию президента о необходимости ограничения гонки вооружений.
На заседаниях СНБ шли острые споры по вопросу об увеличении или сокращении военного бюджета. Один раз военные заговорили о необходимости строительства шести подводных лодок, оснащённых новейшими ракетами «Поларис». Аллен Даллес энергично поддержал их. В ответ Эйзенхауэр, демонстрируя негодование (можно полагать, показное), спросил: «Сколько раз мы должны уничтожить Россию?» Когда же Даллес вместе с секретарём по обороне и отраслевыми военными секретарями (сухопутных войск, военно-морского флота и военно-воздушных сил) потребовал в СНБ строительства нового атомного авианосца (первый такой авианосец «Энтерпрайз» был заложен в феврале 1958 года), президент осудил эту затею прежде всего по финансовым соображениям: расчётная стоимость корабля составляла 9 миллионов долларов, но было ясно, что реальные расходы окажутся намного выше418
.Приведённые факты свидетельствовали, что Аллен постепенно терял безоговорочную поддержку Эйзенхауэра, который склонялся к смягчению напряжённости, тогда как Даллес по-прежнему отстаивал жёсткую линию. Это не значит, что руководитель ЦРУ оказался каким-то пасынком. В пределах своих полномочий он продолжал проведение прежних операций, направленных прежде всего на сбор максимальной информации об СССР, в частности при помощи разведывательных полётов, а также через шпионскую сеть, сведения о которой по понятным причинам минимальны. Соответствующие подразделения ЦРУ, как и ранее, стремились охватить почти весь мир. Ведомство исправно информировало исполнительную власть о подоплёке наиболее важных событий (естественно, в пределах того, что удавалось установить).
Речь шла о том, что в конце 50-х годов ранее имевшиеся возможности Даллеса оказывать прямое влияние на формирование внешней и военной политики существенно сократились, хотя не были утрачены. Анализ и выводы ЦРУ безусловно учитывались президентом и его окружением, особенно вице-президентом Ричардом Никсоном и высшими военными чинами, в определении внешнеполитических и стратегических приоритетов.
В этих условиях последние годы президентства Эйзенхауэра, которые оказались «предпоследними» годами пребывания Аллена Даллеса во главе ЦРУ, ознаменовались крутыми изменениями во взаимоотношениях США с СССР, основным противником в холодной войне.