Случилось так, что как раз в это время завершалась подготовка, а затем проводилась под Берлином, в бывшей резиденции прусских королей Потсдаме, конференция глав трёх победивших держав, и в побеждённую Германию на океанском лайнере прибыл президент Трумэн вместе с большой группой министров и советников. Даллес надеялся, что президент примет его, и это, как он полагал, будет означать признание его заслуг, особенно на заключительном этапе войны в Европе. Аллен отправился в Потсдам, но был принят не президентом, а секретарём по военным делам Генри Стимсоном, который встретил его довольно сухо и лишь поинтересовался его мнением о том, следует ли сохранять в Японии пост императора после того, как эта страна капитулирует. Аллену явно давали понять, что разведка в политике США отходит на второй план253
.Перед ним были поставлены две, отчасти параллельные, отчасти противоречащие одна другой задачи. Первая состояла в том, что он должен был приступить к собиранию доказательств нацистских преступлений в связи с подготовкой судебных процессов над главными немецкими военными преступниками, который намечали провести в одном из бывших центров нацизма Нюрнберге, и над преступниками более низких рангов в различных городах побеждённой Германии. В распоряжении руководителя берлинского центра УСС было всего лишь несколько подчинённых ему американцев, которые своими силами справиться с поставленной задачей не были в состоянии. В связи с этим группа немецких агентов, которых обычно за небольшую плату нанимал Даллес (в основном это были бывшие нацисты, стремившиеся получить защиту у новых хозяев и не оказаться под судом), искала подходы к родственникам и друзьям бывших видных деятелей рейха, находившихся под арестом в ожидании суда. У последних агенты стремились получить документы, связанные с военными и другими преступлениями, и в крайнем случае свидетельские показания. В результате создавалась документальная база Нюрнбергского процесса, который начался 20 ноября 1945 года.
В распоряжении Даллеса порой оказывались материалы высокой степени доказательности, которые подтверждали его сугубо антикоммунистические взгляды, но которые, как он был убеждён, не будут приняты к рассмотрению в Нюрнберге, а окажутся засекреченными. Тем более тщательно собирались материалы такого рода в расчёте на их будущее предание гласности. Особую важность для Даллеса представляли свидетельства того, что расстрел польских офицеров и гражданских лиц в Катынском лесу под Смоленском не был делом немцев, как на том настаивали советские обвинители на Нюрнбергском процессе, а был осуществлён НКВД по команде с самого верха ещё в 1940 году. Через своё руководство Даллес представил документы по Катыни в распоряжение международного трибунала, однако они на процессе не фигурировали. В свою очередь немецкие адвокаты попытались поставить этот же вопрос на рассмотрение суда. По их требованию были проведены специальные заседания 1—3 июля 1946 года. Но и эта попытка не увенчалась успехом. В результате в приговоре суда упоминания о катынских расстрелах вообще отсутствовали. В столь противоречивую и опасную материю с точки зрения перспектив отношений Западных держав с СССР умудрённые нюрнбергские судьи, торжественно провозглашавшие независимость судебных органов от политики, а на самом деле весьма вовлечённые в политическую жизнь, предпочли не вмешиваться. Между сторонами была достигнута договорённость уклоняться в ходе процесса и не затрагивать в приговоре таких животрепещущих тем, как пакт Молотова-Риббентропа, Катынское дело, Мюнхенское соглашение Западных держав с Гитлером о разделе Чехословакии и других «скользких» вопросов. Советская пропаганда пыталась выдать факт слушания вопроса о Катынском деле за признание судом немецкой вины. За пределами же СССР слушания по Катыни однозначно воспринимались как признание вины СССР254
. Безусловно, определённую роль в этом сыграла информация агентов Даллеса.Вторая задача, которая была поставлена перед берлинской резидентурой, отчасти смыкалась с первой. Она состояла в том, чтобы наладить сотрудничество с формально ликвидированной вместе с падением Третьего рейха, но фактически сохранившейся разведывательной службой нацистской Германии. Среди её руководителей не последнюю роль играл сдавшийся в плен и вступивший в контакт с американцами генерал-майор Рейнхард Гелен. С весны 1942 года он занимал пост начальника отдела «Иностранные армии Востока» Генерального штаба сухопутных войск. Его отдел занимался в основном разведкой против СССР. Этот отдел действовал параллельно с абвером Канариса и политической разведкой Шелленберга.