Осознав в начале 1945 года неизбежность поражения Германии, Гелен решил сдаться Западным союзникам, предварительно подготовив весомый товар, который обеспечил бы ему благоприятные условия при сдаче. При помощи нескольких доверенных сотрудников он скопировал на микрофильмы основную документацию своего отдела, запаковал её в водонепроницаемые сосуды, которые были спрятаны в нескольких местах Австрийских Альп255
. После этого он исчез с места службы, дезертировал, а затем сдался американцам. Он сообщил о своём кладе вначале офицерам среднего звена, а затем начальнику штаба генерала Эйзенхауэра Уолтеру Беделлу Смиту, который в свою очередь передал его в распоряжение Даллеса.Обнаруженные в Альпах материалы Гелена были сочтены Алленом ценнейшими. Там были обширные данные о советском тыле, размещении военных и прочих предприятий, германских шпионах на территории СССР и т. д. Именно Даллес оценил всю важность Гелена и его сотрудников в свете перспектив дальнейшего охлаждения отношений с СССР, хотя он не предвидел ещё возникновения подлинной холодной войны.
В сентябре 1945 года по решению Даллеса Гелен был отправлен из Берлина на американском самолёте в Вашингтон, где началось формирование руководимой им германской разведывательной группы, получившей название «Организация Гелена». В июле 1946 года Гелен был официально освобождён из плена и вернулся в американскую зону оккупации Германии, где его сеть, используя свою документацию и другие источники, начала разведывательную работу против советских войск, расположенных в Восточной Германии, а через них — и против СССР256
. Вначале Организация Гелена находилась в подчинении разведывательной службы американских оккупационных сил, а после создания в 1947 году Центрального разведывательного управления США была передана ему.Деятельность Организации Гелена, фактически открытого и должным образом оценённого Даллесом, оказалась эффективной. Её агенты, в основном бывшие офицеры вермахта и СС, допрашивали всех немцев, возвратившихся из советского плена, получая важную информацию о внутреннем положении в СССР. Устанавливались связи с антикоммунистическими эмигрантами не только из СССР, но и из стран советского блока, ряд шпионов удалось забросить в прибалтийские республики и на территорию Украины. Были получены сведения о советской железнодорожной сети, морских портах, аэропортах. Накапливался, таким образом, обширный материал, необходимый на случай возникновения третьей мировой войны, которую ни Гелен, ни его руководители, включая Даллеса, отнюдь не исключали257
.В самих Соединённых Штатах Организация Гелена подвергалась острой критике. В американском Национальном архиве безопасности был накоплен ряд материалов о том, что Гелен отнюдь не гнушался использовать нацистских военных преступников и даже пользовался фактами их преступлений, чтобы покрепче держать их на поводке258
. Со временем обнаружилось, что в Организацию Гелена удалось проникнуть нескольким восточногерманским разведчикам, которые передавали полученную ими информацию не только своему руководству, но и прямо советским представителям. Эта группа агентов (бывший эсэсовец Ганс Клеменс, бывший юрист и разведчик Эрвин Тибель и Гейнц Фельте, который в своё время входил в разведывательную сеть Даллеса в Швейцарии) была раскрыта только в 1953 году. В Западной Германии возникло громкое дело о советском шпионаже. Арестованная группа была предана суду, и её участники были приговорены к различным срокам заключения259.За краткое время, проведённое в Берлине, Даллес, как мы видим, проделал немалую работу по заданиям своего руководства. Но только этим он не ограничивался. Отчасти по своей личной инициативе и действуя самостоятельно, отчасти по согласованию со своим руководством он то ли возглавил, то ли участвовал в нескольких весьма сомнительных операциях.
Считая, что некоторые нацистские деятели, в том числе явно совершившие военные преступления и даже участвовавшие в уничтожении еврейского населения, могут быть в будущем использованы, Аллен Даллес способствовал переправке военных преступников в Латинскую Америку. При его участии начали создаваться так называемые «крысиные тропы», по которым бывшие эсэсовцы, сотрудники администрации концентрационных лагерей, участвовавшие в издевательствах и расправах с заключёнными, получили возможность в основном через территорию Испании (второй путь лежал через территорию Италии) добраться до Аргентины, Бразилии и других латиноамериканских стран260
.УСС в лице своего берлинского представителя несло свою долю вины (наряду с всевозможными коммерческими посредниками) в том, что за океаном оказались такие преступники, как один из главных организаторов геноцида европейских евреев Адольф Эйхман, «доктор смерти» Йозеф Менгеле, ставивший бесчеловечные опыты над заключёнными концлагерей, и т. д.