Во время краткой работы в Берлине Аллен получал как приятные для него известия, так и в большей степени крайне неприятные. Приятным стало сообщение о том, что спасённый им итальянский деятель Ферруччо Парри возглавил первое за много лет демократическое коалиционное правительство. Главное неприятное известие было связано и с собственной судьбой, и с положением всей американской разведывательной службы. 20 сентября 1945 года президент Трумэн издал исполнительное распоряжение (то есть документ, не требующий утверждения Конгрессом) под номером 9621 о прекращении деятельности Управления стратегических служб и о распределении его функций между другими ведомствами268
. Эта акция мотивировалась тем, что УСС было создано в условиях военного времени для выполнения специальных задач, связанных с войной, то есть являлось временным органом, теперь же в нём не было необходимости.На самом же деле президент полагал, что единая разведывательная служба приобрела слишком большую силу, стала чрезмерно влиятельной, и это может подорвать баланс трёх ветвей власти США. «Исследовательские» функции УСС, то есть сбор материалов по открытым источникам, передавались Государственному департаменту. Разведка и контрразведка (в президентском распоряжении они деликатно именовались «другими функциями» УСС) полностью передавались в руки Военного департамента. При этом чёткого распределения обязанностей проведено не было269
. Соединённые Штаты теряли с таким трудом созданную и действовавшую столь эффективно единую разведывательную организацию.С 1 октября 1945 года Управление стратегических служб прекращало существование. Соответственно его персонал мог подать в отставку или быть использован Госдепартаментом или Военным департаментом (а также Департаментом военно-морского флота) в соответствующих, а также других подразделениях. Сразу же отметим, что очень скоро, по мере зарождения (пока ещё в зачаточном виде) холодной войны, президент Трумэн с подачи своих советников осознал, что он допустил ошибку, распустив централизованное разведывательное учреждение и передав его функции другим ведомствам, которые не только не согласовывали свои действия, а конкурировали между собой, почти полностью возвратившись к тому незавидному положению в разведывательной области, которое существовало до Второй мировой войны. Уже через четыре месяца, 22 января 1946 года, Трумэн издал новое исполнительное распоряжение о создании междепартаментской Центральной разведывательной группы
Все эти изменения и связанные с ними неопределённости означали для Аллена Даллеса в полном смысле переход к мирной жизни, от которой он отвык и возобновить которую явно не стремился. Приходилось, однако, приспосабливаться к обстоятельствам. По распоряжению Трумэна он был отозван на родину тотчас после издания распоряжения о роспуске УСС. Берлинская резидентура продолжила своё существование, правда была передана в распоряжение Военного департамента. Даллеса в ней сменил оперативник УСС Ричард Хелмс, которого Аллен ценил и который через годы возглавит Центральное разведывательное управление (он был директором центральной разведки в 1966—1973 годах) . Именно Даллес рекомендовал Хелмса на ответственный берлинский пост, имея в виду, в частности, что он свободно владел немецким языком и был ранее основным переводчиком и интерпретатором материалов Кольбе. В дальнейшем Даллес всячески покровительствовал Хелмсу.