В то же время приход на заводы в 1942-43 годах большого количества неквалифицированной рабочей силы и спешка с выполнением напряженных планов приводили к значительному проценту брака. Командование АДД констатировало: « Большая часть самолетов Ил-4 нередко приходит с дефектами… с завода вследствие недостаточно строгой приемки самолетов». Бывали даже случаи, когда из полков требовали изъять отдельные бомбардировщики. от которых отказывались экипажи. Встречались несоблюдение профиля крыла, закрутка его сечений относительно друг друга, вмятины и хлопуны. Окантовка фонарей отставала от плексигласа. люки имели щели, между сдвижной частью фонаря пилота и гарг- ротом фонаря зазор доходил до 40 мм. Допуска на стыковку отдельных частей превышались на 100-120%. Самолеты красили кое-как. без грунтовки, с потеками и осевшей пылью. Фанерные гаргроты полагалось шпаклевать, но делали это плохо, шпаклевка трескалась. Щели у рулей были не постоянны по радиусу. Все это служило причиной не только уменьшения скорости полета, но часто вело к ухудшению посадочных качеств и вызывало тенденцию к сваливанию на крыло. Командование АДД отреагировало на повторяющиеся дефекты повышением требований к военной приемке.
Наращиванию производства мешали и перебои со снабжением. Чтобы не тормозить конвейер, радиоприемники и радиополукомпасы доставляли на Дальний Восток самолетами. Часть самолетов отгружали без пропеллеров и некоторых приборов. Доукомплектование осуществляли в Москве.
В 1943 г. активно пытались усовершенствовать мотоустановку. Планировавшийся в свое время для ДБ-3Ф двигатель М-89 в серии выпускали недолго. а надежность его оставляло много лучшего. Использовав некоторые узлы этого мотора, модифицировали М-88Б в М-88Ф мощностью 1250 л.с. Он добавил самолету скорость (до 15 км/ч) и практический потолок (примерно на 1000 м). Но и М-88Ф был выпущен в очень небольшом количестве. Основным по-прежнему оставался М-88Б.
Ему искали альтернативы – различные отечественные и импортные двигатели. Делались проработки по установке рядного V-образного M-105. опытных 18-цилиндровых М-90 и М-71, дизеля М-30Б (АЧ-30Б). Уже в ходе войны оценивали возможность установки американских моторов R-2600, R-1820 и R-1830.
Самолет с парой М-90 строили на заводе № 23 в мае-нюне 1943 г. Интересно, что, по-видимому, для него готовились два варианта фюзеляжа – с металлической и фанерной обшивкой. Был ли этот бомбардировщик закончен – неизвестно.
В наибольшей степени продвинулись с двигателями М-82 АД. Швецова. Одно время он вполне серьезно рассматривался как замена для М-88. Впервые о нем подумали осенью 1941 г., кота поставки М-88 прекратились. В то же время для М-82 потребителей почти не было. 20 ноября 1941 г. НКАП обязал КБ и завод 126 установить эти двигатели на одном самолете, а с 1 марта следующего года уже выпустить первую серию!
В апреле 1942 г. установку М-82 объявили наиболее важным направлением модернизации ДБ-3Ф. По расчетам предполагали, что скорость возрастет на 40-50 км/ч и дойдет до 470 км/ч. М-82 был мощнее, чем стоявший тогда на серийных ДБ-3Ф М-88Б – 1330 л.с. против 1100 л.с., но отличался также большим весом и расходом топлива. В Комсомольске еще в декабре 1941 г. построили два опытных образца с М- 82. Должны были поставить винты ЛВ- 5 диаметром 3,4 м. но их в наличии не было, и смонтировали самодельные из втулок ВИШ-22 и лопастей от ВИШ- 21. Планер по сравнению с серийными машинами не менялся. У одного из моторов еще при пробном запуске вышел из строя нагнетатель. Первый полет состоялся 10 января 1942 г. Машину пилотировал летчик Галицкий. В ходе испытаний двигатели постоянно перегревались и плевались маслом. 8 февраля вышли из строя сразу два двигателя. Полеты приостановили. С перегревом моторов справились к началу апреля. В мае-июне испытания возобновили. Но выигрыш в скорости оказался куда меньше ожидавшегося. Скорость не превышала 437 км/ч. при этом дальность упала до 2540 км. Вдобавок М-82 не отличался тогда высокой надежностью. Из-за недостаточной производительности маслорадиаторов двигатели грелись. Кроме того, шасси уже не соответствовало возросшей массе бомбардировщика. Отчет об испытаниях завершался выводом: «При необходимости срочного перехода на ДБ-3Ф с М-82 предъявленный самолет может быть временным эталоном с последующим устранением дефектов».