Истребители JAS 39C/D «Грипен» третьей партии полностью соответствуют стандартам НАТО, что дает возможность принимать им участие в совместных боевых операциях. Самолеты оборудованы новой системой опознавания, а летчики получили очки ночного видения. Имеются планы дальнейшего совершенствования самолета. Например, предлагается использование пассивной системы поиска и слежения IR-OTIS (разработанной фирмой «SAAB Дайнэмикс» и напоминающей теплопеленгатор в шарообразном обтекателе, установленный на российских истребителях перед фонарем кабины экипажа), нашлемного прицела- целеуказателя и бортовой РЛС с АФАР.
Вскоре после начала летных испытаний начались полеты истребителя «Грипен» с различным вооружением, но без сбросов с подвесок. Разнообразные комбинации ракетного и бомбового вооружения позволили определить их влияние на летные характеристики самолета, управляемость и флаттер, а также полнее выявить нагрузки на планер. Полномасштабные испытания вооружения начались в 1991 г. В настоящее время истребители «Грипен», находящиеся на вооружении шведских ВВС и поставляемые на экспорт, могут нести на восьми узлах подвески различное оружие класса «воздух – воздух» и «воздух – поверхность».
В состав вооружения одноместного истребителя JAS 39А (или JAS 39С) входит встроенная одноствольная 27-мм пушка Маузер ВК27 с боезапасом 120 снарядов. Пушка расположена с левой стороны в нижней части фюзеляжа. Фирма SAAB разработала для пушки оригинальную автоматическую систему прицеливания, совмещенную с РЛС и автопилотом. Подобная система хорошо зарекомендовала себя на истребителе JA 37 «Вигген». Автоматический прицел следит за целью и вычисляет дальность и угол упреждения. Как только летчик начинает стрельбу, бортовая РЛС отслеживает траекторию снарядов, а автопилот удерживает самолет в нужном положении. Система обладает высокой надежностью и точностью, позволяет вести огонь на больших дистанциях, днем и ночью, а также в плохую погоду.
Пушка ВК27 имеет массу 100 кг, ее длина – 2310 мм. Масса снаряда 260 г. Начальная скорость снаряда 1025 м/с, скорострельность 1700 выстр./мин, масса секундного залпа – 28 кг.
Как отмечалось ранее, истребители «Грипен» сначала стали заменять самолеты AJ 37 и AJS 37, являющимися ударными вариантами истребителя «Вигген». Для поражения наземных целей использовались телеуправляемые УР класса «воздух – поверхность» Хьюз AGM-65A/B «Мейврик», имеющие в шведских ВВС обозначение Rb75 («Rb» – от слова robot). Ракета AGM-65B отличалась наличием режима увеличения изображения цели, что позволяло захватывать цель на расстоянии в два раза большем, чем это делала ракета AGM-65A. Дальность полета ракеты 3 км, но представители ВВС Швеции утверждают, что эффективная дальность пуска против цели типа «танк» достигает почти 6 км.
На четырех подкрыльных и двух подфюзеляжных узлах подвески самолет может нести шесть блоков со 135-мм реактивными снарядами Бофорс М70 (общая масса 364 кг). С 1997 г. в состав вооружения входят планирующие кассетные боеприпасы ВК90 (DWS39 «Мьёлнер»). Боеприпас ВК90 представляет собой разработанный в Швеции вариант немецкого кассетного боеприпаса DASA DWS24, предназначенного для поражения небронированных целей, находящихся на открытой местности. Боеприпас имеет массу 650 кг и имеет 24 суббоеприпаса, выстреливаемых в боковом направлении. Типичными суббоеприпасами являются мини-бомбы МЛ калибром 4 кг, которые подрываются на небольшой высоте и поражают незащищенные цели или мини-бомбы MJ2 калибром 18 кг, способные поражать бронетанковую технику. Кассетный боеприпас ВК90 в зависимости от скорости, высоты и траектории полета самолета-носителя имеет дальность полета от 5 до 10 км. Он имеет собственную инерциальную навигационную систему, радиолокационный высотомер и бортовой компьютер. Для коррекции траектории служат четыре руля в хвостовой части корпуса.
Против надводных целей используется дозвуковая противокорабельная ракета SAAB Дайнэмикс Rbsl5F, разработанная на основе ракеты Rbsl5M, находившейся на вооружении быстроходных патрульных катеров. Ракета имеет стартовую массу около 800 кг, включая бронебойную боевую часть массой 200 кг. Она оснащена малогабаритным французским ТРДД Микротурбо TRI-60-3. Дальность полета ракеты около 200 км. ПКР Rbsl5F относится к классу высокоточного оружия, она обладает высокой маневренностью, поскольку создавалась специально для использования во фьордах и среди мелких островов (шхер) у побережья Швеции. После пуска ПКР совершает полет вблизи водной поверхности, используя инерциальную навигационную систему управления для коррекции траектории. На заключительном участке полета включается радиолокационная система наведения.