Первый боевой вылет был выполнен 2 апреля по нефтеперерабатывающему заводу в Панцево, район Нови Сада. Официально ударам подлежали объекты военной инфраструктуры, однако нефтеперерабатывающий завод "демократизаторы" отнесли к "стратегическим целям". В Ираке В-1 В также обрушивали бомбовый груз на нефтеперегонные заводы… Вроде бы преследовалась "благая" цель лишить сербскую (как и иракскую) армию ГСМ. А не проще ли было разбомбить склады ГСМ? Эффект в последнем случае, в отличие от первого, был бы немедленным.
Нефтеперерабатывающий завод представлял собой площадную цель, поэтому для разрушения и выбрали В-1В. Американские эксперты считали завод в Нови Саде "идеальной целью": большая площадь, великолепная заметность в радиолокационном спектре. Двум В-1 В предстояло сбросить на ключевые объекты завода 168 бомб Мк 82. Два раза по бомбардировщикам были выполнены пуски ракет сербскими ЗРК, но комбинацией маневров с постановкой радиотехнических помех и отстрелом ловушек экипажам В-1В удалось уйти от ракет. Тем не менее капитан Джеральд Гудфеллоу вспоминал, что "ракеты, прошли ближе, чем мы ожидали, и было очень неприятно". В первом боевом вылете не обошлось без отказа. На самолете Гудфеллоу после сброса бомб не закрылись створки бомбоотсека, кроме того в этот же самолет попала молния, повредившая стабилизатор. Экипаж привел машину на базу "на честном слове, последних каплях керосина".
О работе буксируемых ложных целей AN/ALE-50, устройства весьма на тот момент по своей полезности неоднозначного, рассказал командующий ВВС США в Европе (позже стал командующим ВВС США) генерал Джон Джампер: — Пара В-1В шла через Адриатику с выпущенными ложными целями ALE-50. Мы наблюдали ее на экране размещенной в Черногории РЛС. Бомбардировщики срезали угол Македонии, после чего раз-вернулись курсом на Косово. Мы видели, как по самолетам комплексом SA-6 были выпущены ракеты. Ракеты поразили ложные цели, а В-1В выполнили поставленные задачи.
Генерал ценил AN/ALE-50 как очень эффективное средство противодействия сербской ПВО. С другой стороны, бортовой комплекс обороны стол для техников в Фэйфорде самой настоящей головной болью — большего количества отказов не было ни в одной другой системе самолета. Тем не менее, БКО в боевых вылетох работал с должной эффективностью.
На начальном этапе войны В-1В действовали в единых боевых порядках с В-52: два В-1 В и два В-52Н, боевая нагрузка всех самолетов состояла из бомб Мк 82. Неиспользование КАБ JDAM с В-1В объясняют по-разному. С одной стороны говорится о недоведенности ПО системы вооружения В-1В блок D, с другой — речь идет о жесточайшем дефиците бомб JDAM, которых для В-1В банально не хватило. В период войны и сразу после нее неоднократно появлялись сообщения об использовании JDAM с В-1В, но спустя некоторое время экипажи бомбардировщиков дружно отрицали факты сброса хотя бы одной такой бомбы — только Мк 82: "От В-1В требовалось не поразить точечные цели, а продемонстрировать мощь удара". Известно, что перед одним из боевых вылетов на самолеты подвесили кассетные боеприпасы CBU-87, однако по неназванным причинам на цели они сброшены не были. Однако бомбежки с В-1 В в полной мере площадными назвать все же нельзя. Бортовые системы обеспечивали точность бомбометания свободнопадающими бомбами, сравнимую с точностью поражения целей "умным" оружием даже ночью при бомбометании сквозь облака. В нескольких случаях объекты ударов изменялись уже в ходе боевых вылетов — целеуказание экипажам выдавалось по засекреченному каналу спутниковой связи в реальном масштабе времени, что было в новинку и пилотом, и штурманам В-1В, штатно отрабатывавшим удары по "запрограммированным" целям. В-1В даже работали с передовыми авианаводчиками.
За период 78-суточной кампании самолеты 77-й бомбардировочной эскадрильи выполнили 74 боевых вылетов, в которых приняли участие только четыре В-1В Блок D. Было сброшено примерно 5000 бомб Мк 82. эффективность боевого применения В-1В, к которому успело прилепиться прозвище "Hanger queen" (подвеска королевы) превзошла ожидаемую. Приятно удивил командование ВВС США и уровень боеготовности, составивший 90 %, хотя самолет по количеству отказов долгое время числился в "чемпионах", правда данный процент распространялся лишь на четыре принимавших участие в боевых действиях самолета Blok D — не иначе янки использовали передовой опыт советских, а потом и российских ВВС по перестановке блоков и агрегатов с самолета на самолет. Летчики в высшей степени положительно оценили маневренность и разгонные качества В-1В. Майор Бэйкес прямо сказал: "Это истребитель. Я всегда при необходимости имел возможность прибавить в скорости и высоте. Такая необходимость особо часто возникала на финальной стадии конфликта, когда уничтоженная в теории в течение первых трех дней ПВО представляла собой серьезную угрозу".