В конце 1980-х гг. в Советском Союзе насчитывалось 8 авиационных полков, на вооружении которых состояли разведчики МиГ-25. После распада СССР и в результате многочисленных и порой никому не понятных переформирований, в ВВС России осталось 2 разведывательных авиационных полка, в которых было по одной эскадрильи МиГ-25. Речь идет о 47-м ОГРАП в Шаталово Смоленской обл. и 98-м ОГРАП в Мончегорске Мурманской области. Несмотря на то, что эксплуатировать МиГ-25 в настоящее время очень сложно и на это есть веские причины (прежде всего: ресурсы планеров и двигателей, которые не вечны, и отсутствие запчастей), самолеты все таки летали и выполняли поставленные задачи. В период 2007–2009 гг. я неоднократно бывал в Шаталово. В обычные дни на полеты выкатывали 2–3 самолета (спарку и 2 боевых), когда же проходили какие-либо учения, количество летающих самолетов увеличивалось еще на два. Экипажи выполняли полеты на повседневную воздушную разведку, а также полеты по спецзаданиям ГШ.
В Мончегорске боеготовность и вовсе была почти 100 %. В полетах эскадрилья участвовала практически в полном составе. Северяне до сих пор с гордостью вспоминают летно-тактические учения 2009 г. — золотое время 25-х. Тогда на полеты выкатили 12 МиГов! Учения отлетали на отлично, а вот потом начались те же самые проблемы с ресурсом. С помощью заводчан с нижегородского «Сокола» на некоторых машинах удавалось продлевать ресурс, и пара — тройка МиГ-25 в Заполярье по-прежнему поднималась в воздух.
В 2009 г., после очередной реформы в ВВС, шаталовский полк был расформирован. В октябре 6 МиГов (2 спарки и 4 боевых — это все, что могли еще летать на тот период времени) были перебазированы в Воронеж на авиабазу Балтимор. Всем было понятно, что перебазирование на новое место означает конец эксплуатации МиГ-25. Помимо своих многочисленных проблем добавились и совершенно другие. Прежде всего, это ограничения по полетам. Из-за проходивших в районе Воронежа многочисленных гражданских трасс и эшелонов, летчики на МиГах уже не могли летать на потолок и на сверхзвук, полеты проходили на высотах 6000–7000 м. Этот вопрос несколько раз пытались решить и выбивали для МиГов новые зоны для полетов. Но тут же появилась следующая проблема — у летчиков заканчивался срок годности высотно-компенсирующих костюмов, без которых полеты на разгон и потолок невозможны. Постепенно летающие МиГ-25 здесь вообще стали довольно редким явлением. Выполнялась повседневная воздушная разведка, а дальше пошли вообще все вылеты лишь для поддержания летных навыков. Несколько раз воронежские экипажи командировались в Мончегорск, где каким-то чудесным образом временно была решена проблема с двигателями и полеты на МиГ-25 почти не прекращались. Но такой вариант проблемы тоже не решал. Все же в феврале 2012 г. нескольким воронежским экипажам удалось полетать и сдать на класс в северных широтах.
В сентябре 2012 г. встал по ресурсу двигателей единственный летавший на Балтиморе боевой Миг-25, а в ноябре прекратила полеты и спарка. Заводчане, без конца продпивавшие и без того не вечный ресурс планера и агрегатов, здесь уже были бессильны. В декабре 2012 г. практически все летчики переучились и сейчас летают на новом типе — фронтовом разведчике Су-24МР.
Дела в Мончегорске улучшались, но вопросы оставались все те же. Заводчане продлевали ресурс планеров, но двигатели стали проблемой практически нерешаемой. В 2013 г. в штатах было 4 Миг-25 с небольшим ресурсом, на которых проходили плановые полеты. Летом в Воронеже проходили сборы и туда были переброшены 2 самолета (спарка и боевой). Тут возникает резонный вопрос, для чего? Ведь на тот момент в Балтиморе на МиГ-25 практически уже некому было летать. При всем этом спарка уже по ресурсу была проблемной и большее время в Воронеже простояла на земле.
Но, несмотря на все сложности, серьезная работа для МиГ-25 в наше время все же находится. В проведенных осенью 2013 г. совместных стратегических учениях «3апад-2013» принимал участие и МиГ-25, выполнявший полеты вдоль границы на вскрытие радиолокационного поля сопредельных государств.
В сентябре 2012 г. появилась информация о том, что Министерство Обороны планирует провести модернизацию МиГ-25.