Спуск Бе-6 на воду и подъем на берег были очень трудоемкими процедурами, требовавшими участия большой береговой команды, двух шлюпочных команд и водолазов
Float and lifting of Бе-6 required participation of big coast detachment, two boat detachments and divers
Бе-6 принимался на вооружение в качестве разведывательного, поэтому первоначально экипажи готовились к выполнению именно этой задачи. Традиционно подразделения разведывательной авиации готовились к бомбометанию днем и ночью в простых и сложных метеоусловиях. Часть Бе-6 имела оптический синхронный прицел ОПБ-6СР, который в совокупности с ПСБН-М обеспечивал прицеливание и бомбометание по радиолокацион-но-контрастным целям. Для этого требовались довольно основательные навыки и умение, что объясняется несовершенством ПСБН-М – творения очень своенравного, капризного и сложного в эксплуатации. Об этом наглядно свидетельствовали его 26 органов управления (не считая установленного непосредственно на прицеле ОПБ-6СР, который использовался в этом случае как решающее устройство). Кроме того, на ПСБН-М имелось порядка двадцати ручек, предназначенных для его калибровки. Поэтому не мудрено, что столь сложную технику могли освоить далеко не все и не сразу.
Одним из вариантов вооружения Бе-6 были две высотные торпеды ВТ-45-54. Конечно, рассматривать Бе-6 в качестве торпедоносца было наивно, тем не менее, этот вид боевой подготовки отрабатывался. Так, заместитель командира 289-го ОДРАП ВВС ТОФ п/п-к Д. И. Икка вспоминает, что экипажи полка выполняли торпедометание на полигоне в бухте Анна. На Северном флоте, как замечает бывший штурман полка п-к Л. В. Терещенко, торпедометанием не занимались вообще, уделяя больше внимания разведывательной подготовке и полетам на поддержание оперативного режима. Такие рейды обычно продолжались по 8-10 ч, но в полку имелись самолеты с дополнительными баками, которые могли находиться в воздухе до 18-20 ч. В столь длительных полетах на борту находились два экипажа. Радиус полета Бе-6 позволял обследовать значительные по площади районы Баренцева, Гренландского и Карского морей. По воспоминаниям летчиков и штурманов, в таких полетах они достигали о. Шпицберген. Учитывая, что показания магнитных компасов в северных широтах неустойчивы, по настоянию северян их самолеты оборудовали гиропо-лукомпасами. Для повышения точности самолетовождения широко использовался веерный радиомаяк ВРМ-5.
В пятидесятые годы на о. Новая Земля проводились широкомасштабные испытания ядерного оружия. К их обеспечению привлекались экипажи разведывательного полка ВВС СФ. Обычно два-четыре Бе-6 перебазировались на гидроаэродром губа Белужья на Новой Земле, и с него производили вылеты. Иногда они базировались на оз. Лахта. Чаще всего вели воздушную разведку с целью обнаружения иностранных кораблей и судов в прилегающей к району испытаний акватории. Некоторым экипажам везло меньше, и им ставилась задача пролетов сквозь радиоактивное облако через определенные промежутки времени для изучения характера спада радиоактивности. Специально эти самолеты не готовились, лишь дополнительно ставилась измерительная аппаратура.
На всех флотах Бе-6 несли круглосуточное дежурство для обеспечения поиска и спасения экипажей, вынужденно севших в море. Для этого предназначались групповые средства спасения: надувные лодки ЛАС-5М, ЛАС-ЗМ, а начиная с 1956 г. и плоты КАС-90, СП-12 и др. Однако переоборудование Бе-6 в нормальный поисково-спасательный вариант произвели только в 1958-1959 гг. Причины столь позднего озарения объясняются отсутствием специальных средств спасения, разработки которых начались только в 1956 г. во исполнение Постановления Совета министров СССР от 26 ноября 1955 г. «О мерах по обеспечению спасения экипажей и пассажиров самолетов, терпящих бедствие, в результате вынужденной посадки или аварии при полете над морем и в труднодоступной местности». Переоборудованные в спасатели Бе-6 свели в эскадрильи, по одной в каждом из полков. Максимальная дальность обнаружения радиолокационного маяка-ответчика типа «Штырь-1» достигала 80 км, с приближением на расстояние менее 10 км отметка от маяка-ответчика на экране ПСБН-М размывалась, и для дальнейшего выхода в район терпящих бедствие использовался радиокомпас «Приток». Рекомендуемые высоты полета самолета-спасателя лежали в пределах 800-1000 м, что давало возможность визуально обнаружить находящихся на поверхности воды людей. При поиске в ночное время экипажам спасателей рекомендовалось обозначать себя периодическим кратковременным включением одной из посадочных фар.