Разделение физико-математических отделений русских университетов, состоявшееся в 1830-е – начале 1840‑х гг., отражало состояние преподавания того времени, так как в 1830–1840‑е гг. сложились достаточные условия для полного отделения естественных наук от математических. Первыми шагами в этом направлении стали введение в курс обучения на естественных отделениях специальных дисциплин, подобных сравнительной анатомии, анатомии человека и физиологии животных. Большое значение имело принятие университетского устава 1835 г., изменившее кафедральный состав. Можно заметить, что предложение Санкт-Петербургского университета о разделении физико-математического факультета на два отделения университеты, равно как и министерство, приняли с энтузиазмом, поскольку этот проект соответствовал развитию науки того времени. Кроме того, происходило накопление научных знаний. Реалии второй трети XIX в. требовали более углубленных специальных знаний, а среднестатистический студент физически не мог успевать по всем наукам, входящим в состав предметов физико-математического факультета.
Разделение физико-математического факультета на два отделения и выделение его из состава философского факультета (в 1850 г.) оказалось поворотным моментом развития естественно-научного образования, даже несмотря на то что законодательно разделение на два разряда естественных и математических наук не было закреплено, а так и оставалось «опытом» до начала 1860‑х гг.
Конец 1850-х – начало 1860‑х гг. отмечены подготовкой и проведением образовательной реформы, которая коснулась и естественных отделений. Как уже говорилось выше, преподавание в каждом университете зависело от определенных условий, в первую очередь от наличия преподавателей. Большое значение имел состав корпорации, представители которой влияли на принятие решений в Совете, например по разделению факультетов на отделения и перечню главных предметов. Несмотря на то что перечень кафедр по университетам был одинаковым, каждый из них по собственному разумению выстраивал учебный процесс: профессора объявляли разные курсы, которые читались в разные периоды времени, кроме того, по-разному обстояли дела с практическими занятиями. Не во всех университетах было принято деление на отделения естественных и математических наук с первого курса. В 1850‑е гг. такое деление было в Харьковском и Петербургском университетах. А Московский университет обратился[101] в министерство с этим вопросом только в 1862 г. В деле ЦГАМ сохранилось планируемое самим факультетом распределение предметов[102]. Несмотря на то что Московский университет решил разделить разряды с первого курса, там долго не отказывались от большого числа дисциплин математического разряда в курсе естественного. В других университетах, наоборот, преобладала тенденция к полному отказу от преподавания математики студентам-естественникам. В Санкт-Петербургском университете отказались от преподавания математики естественникам еще в 1856 г.[103], в 1862 г. об этом же просил Харьковский университет, просьба которого была удовлетворена[104].
Отказ от предметов математического цикла для студентов-естественников в 1860‑е гг. объясняется желанием перейти на более специализированное преподавание, окончательно отделить студентов-естественников от студентов-математиков. Новый университетский устав 1863 г., увеличивавший число кафедр физико-математического факультета, а также число кабинетов и лабораторий для практического преподавания наук в университетах, как нельзя лучше способствовал усилению специализации, которая в 1860‑е гг. сдерживалась только наличием вакантных кафедр. Передача решений о разделении факультетов на отделения университетским Советам породила множество проектов разделения естественного разряда на отделы, речь о которых пойдет далее.