Еще на этапе подготовки университетского устава представители университетской корпорации и структур государственной власти приняли активное участие в обсуждении проекта. Мнения эти в 1862 г. были опубликованы под названием «Замечания на проект общего устава Императорских российских университетов». В этом своде замечаний и предложений есть и те, которые касались деления факультетов на отделения. Идея деления приветствовалась, но высказывались опасения в «полезности» передачи решения полностью университетским Советам. Об этом, например, писал тайный советник, сенатор Н. Р. Ребиндер: «Дозволить университетам делать это по их собственному усмотрению признаю неудобным. Дробление факультетов на специальности и отнесение к каждой соответствующих ей предметов преподавания – предмет весьма важный в общей системе университетского образования. Местные особенности каждого края, конечно, могут требовать изъятий из нее, но изъятия не должны нарушать общее единство. В отношении деления факультетов на специальные части, общее единство необходимо и в строго научном смысле, и по единообразности цели университетского преподавания, необходимо оно также потому, что уставом дозволяется студентам переходить из одного университета в другой»[105].
П. Л. Чебышев, профессор математики Санкт-Петербургского университета, считал, что разделение факультетов возможно только с разрешения министра народного просвещения[106].
И. Д. Делянов, будущий министр народного просвещения, говоря о необходимости разделения факультетов для пользы специализации, так как «слушатели обременены слишком большим числом предметов», считал, что не следует допускать в каждом университете установления тех отделений, «которые ему заблагорассудится», так как «может установиться такое разнообразие, что студентам не возможно будет переходить из курса в курс по разным университетам»[107].
Д. С. Левшин, попечитель Харьковского учебного округа, писал, что утверждение разделения министром «необходимо для устранения произвола, зависящего от изменчивого взгляда коллегии и отдельных членов, особенно при перемене последних, и с другой стороны для возможного сохранения в этом отношении если не полного однообразия, то по крайней мере единства в учебном устройстве всех Русских университетов, ибо отсутствие такого единства отзывалось бы в неизбежных затруднениях при переходе из одного университета в другой». Кроме того, добавляет Левшин, «разветвление известной отрасли наук на специальные отделения должно быть соображаемо не только с чисто научными интересами, но и с интересами государственной службы, которые и имелись преимущественно в виду правительством при учреждении университетов, а соображение последнего рода никак не может обойтись без санкции высшей власти»[108].
Таким образом, деление факультетов на отделения представлялось необходимым, но затруднения, которые оно могло вызвать (в первую очередь проблема свободного перехода студентов из одного университета в другой), требовали обязательного утверждения разделения на уровне министра народного просвещения. Дальнейшие события, а именно попытки разделения физико-математических факультетов после принятия устава 1863 г., показали, что опасения эти, в общем-то, были обоснованными.
Разрешение делить факультеты на отделения согласно уставу 1863 г. (для разделения все же требовалось окончательное утверждение министра) привело к тому, что после принятия устава университеты начали массово обращаться с прошениями в МНП. Главным требованием было ограничение круга обязательных предметов для естественников, которое зависело в первую очередь от местных возможностей. Санкт-Петербургский университет выразил необходимость разделения факультетов на разряды и отделения таким образом: «…слушатели обременены слишком большим числом предметов. От чего происходит то, что они, при нынешнем разветвлении наук не только не в силах предаться какой-либо специальности, но и в главных предметах скользят по поверхности их»[109].
Харьковский университет представил проект, включающий три отделения – математическое, физико-химическое и естественное[110]. Несмотря на то что некоторые члены ученого комитета были против подобного разделения, этот проект был передан министру, и 21 октября 1864 г. физико-математический факультет Харьковского университета был разделен[111]. Физико-химическое отделение просуществовало двадцать лет, до принятия нового устава 1884 г.[112] Все дальнейшие попытки открыть отдельные химические отделения в других университетах в конце XIX – начале XX в. не увенчались успехом: химиков готовили естественные отделения.