Еще при жизни св. Игнатия Лойолы орден начал играть важную роль в жизни Церкви, что выразилось в участии иезуитских богословов (например, А. Сальмерона и Д. Лаинеса) в →Тридентском соборе. При генеральных настоятелях Д. Лаинесе (1558–1565) и св. Франциске Борджа (1565–1572) орден укрепил свое положение в Германии и Франции, участвуя в полемике с →протестантством (св. Петр Канизий, А. Поссевино), а при генеральном настоятеле К. Аквавиве (1581–1615) достиг кульминации своего развития и развернул миссионерскую деятельность в Китае, на Филиппинах, в Индокитае, Турции, Канаде и Парагвае. Многие И. были →духовниками и советниками королевских особ. В этот период орден стал играть первостепенную роль в сфере европейского образования благодаря созданной И. сети учебных коллегий (→образование католическое), которые ввели новую систему образования, основанную на глубоком изучении →латинского языка и литературы; кроме того, в них была широко распространена практика школьного театра, способствовавшая развитию творческих способностей учащихся. В числе знаменитых деятелей культуры, учившихся в иезуитских коллегиях, – Монтескье, Декарт, Корнель, Мольер, Вольтер, Кальдерон, Лопе де Вега. В 1551 была основана Римская коллегия, впоследствии известная как Григорианский университет. По поручению →Апостольского Престола И. приняли на себя руководство папскими коллегиями (например, Германской коллегией), подготавливавшими епархиальных священников для регионов с сильным протестантским влиянием; занялись организацией новых церковных →братств и реформированием существовавших; распространяли практику →духовных упражнений Игнатия Лойолы, создавая для этого специальные духовные центры.
Деятельность И. была нарушена в результате гонений на орден, последовавших во 2-й половине XVIII в. Среди причин гонений – активная защита со стороны И. универсальной юрисдикции Римского Папы, критическое отношение И. к →галликанству, разоблачение ими антихристианской направленности →философии эпохи Просвещения и деятельности масонов (→масонство), а также огромное общественное влияние И., вызывавшее тревогу в аристократических кругах европейских стран, сочетавшуюся с корыстными интересами влиятельных особ в отношении значительных земельных и других владений И. В результате орден был запрещен королевскими декретами в государствах, во главе которых стояли представители династии Бурбонов: в 1759 – в Португалии, в 1764 – во Франции, в 1767 – в Испании. При этом имущество ордена подвергалось конфискации, а коллегии ликвидировались (например, во Франции было закрыто 80 иезуитских коллегий). Под давлением настроенных против И. →кардиналов и коронованных особ Папа Климент XIV издал бреве