После смерти свт. Алексия на его место, на Московскую митрополичью кафедру, был назначен из Константинополя новый Митрополит Киприан. Но недавний монах Митяй, вошедший в доверие к великому князю Московскому Дмитрию (впоследствии Донскому), предпринял попытку отправиться в Царьград (Константинополь) для утверждения своей кандидатуры для поставления на кафедру Московского Митрополита. Перед тем он сильно разругался с прп. Сергием Радонежским, грозил разорить его монастыри и разогнать иноков, считая его виновником тому, что святитель Алексий перед кончиною не хотел благословить его, Митяя, своим преемником. Наконец, Митяй, по желанию великого князя отправился в Константинополь. Сам князь дал ему ещё несколько чистых грамот со своею печатью, чтобы, в случае надобности, он мог в Царьграде занимать деньги под великокняжескую кабалу (вексель). Митяй отправился через Рязанскую землю и Донские степи, где был задержан Мамаевым войском, но вскоре с честью отпущен самим Мамаем! В генуэзской Кафе (Феодосии) он взял взаймы под векселя, сел на корабль и поплыл в Константинополь. Но на море Митяй сильно разболелся и умер, не доплыв, совсем немного, до Царьграда… Митрополитом Московским был утвержден святитель Киприан, встречавший, как известно из летописной записи, великого князя Дмитрия Донского с его победоносным войском в 1380 году при въезде в Москву, в стенах Андроникова монастыря, основанного святителем Алексием. А нарушивший прежние договоренности с Москвой наемник Мамай, потерпевший поражение в битве на Куликовом поле, бежал с поля боя, но был пойман и убит ордынским ханом Тохтамышем.
Своими деяниями святой угодник Божий Митрополит Алексий, определил развитие России на столетия вперёд и предвосхитил начало окончательного освобождения Руси от Ордынского ига. «Дети, имейте между собою мир и любовь…», – говорил владыка. Как нужны были эти слова Руси, переживавшей время междоусобиц, разделявших русский народ, препятствовавших его единению для защиты своих исторических рубежей и борьбы с внешними врагами. «Возложив руку на рало, – писал о святителе тезоименитый ему Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий (Симанский; +1970), – он уже не озирался вспять; не искал, как иные, под наименованием подвижничества только покойной и обеспеченной жизни; от протяжённых молитв келейных, тайных, не усекал по частице для своей лености; не смотрел, как иные, одним оком в церковь, а другим за ограду обители; не искал собственности после обетов нестяжания; не вмешивал своей воли в дела послушания».
В Богоявленском Кафедральном Соборе ныне почивают святые мощи святителя Алексия. Святитель Алексий почил о Господе 12 февраля (25 по новому стилю) 1378 года. По завещанию, предстоятель Русской Церкви был погребён в устроенном им Чудовом монастыре, в храме во имя Архистратига Михаила. Через пятьдесят лет по преставлении святителя были обретены нетленными его святые мощи. Повелением великого князя Василия Васильевича Тёмного (+1462) старый деревянный храм Архистратига Михаила был разобран, и на его месте началось возведение каменного. При постройке новой церкви и были обретены честные мощи святителя Алексия, у которых митрополит Московский Фотий (+1431), совершив молебное пение, воздал благодарение Богу за явленную всем великую милость. Для святых мощей была сделана серебряная рака, которая была помещена под специально устроенной сенью во вновь выстроенном каменном Михаило-Архангельском храме Чудова монастыря. С того времени началось не прекращающеес доныне всенародное почитание святителя Алексия в лике святых Русской Православной Церкви.
До закрытия и разрушения Чудова монастыря большевиками, последовавшего в 1930 году, честные мощи угодника Божия находились в Михаило_Архангельском храме, под аркой, разделяющей два его придела: Благовещенский и Алексеевский (в который возбранялся вход мирянам – за богослужением здесь молились только монашествующие). Затем они были перенесены в Успенский собор Кремля, где и пребывали в алтаре среди других находившихся здесь предметов из музейных фондов уже, разумеется, без своей серебряной раки – её разобрали на части в ходе кампании по изъятию церковных ценностей, в 1922 году.