Иверская часовня у Воскресенских ворот на Красной площади была на протяжении столетий символом Москвы. Для восстановления святыни, по просьбе Патриарха мастерами на Афоне была написана Иверская икона Божией Матери «Благая Вратарница», которая и была доставлена специальным авиарейсом в Москву. В сослужении сонма пастырей и архипастырей всех московских храмов Патриарх Алексий II совершил освящение возрожденной часовни. В 1990 году в Праздник Покрова Пресвятой Богородицы состоялось первое за много лет богослужение в Покровском соборе (он более известен как храм Василия Блаженного).
Святейший Патриарх всесторонне содействует возрождению женских обителей. Древнейшим женским монастырем Москвы является Зачатьевский монастырь. Он был основан в 1360 году святителем Алексием, Митрополитом Московским. Первыми насельницами обители были родные сестры святителя. В Зачатьевском монастыре служил одну из своих последних Литургий свт. Тихон, Патриарх Московский и всея Руси.
Истинный христианский путь совершенствования – помощь ближним в их страданиях. По благословению Патриарха Алексия II во многих монастырях открываются приюты для бездомных, сирот, богадельни, бесплатные столовые, действуют центры реабилитации. С монастырями связано возрождение духовных школ, патриотических клубов, сельских и городских монастырских подворий. Попечение о возрождении храмов и монастырей Земли Русской занимает особое место в первосвятительской деятельности Святейшего Патриарха. Он поставил перед собой великую задачу широкого возрождения монашества. По словам Патриарха, монастыри поддерживают в душах людей, стекающихся в их благодатную ограду, ту спасительную веру, без которой «угодить Богу невозможно». За время патриаршего служения пятнадцатого Предстоятеля Русской Православной Церкви была возобновлена жизнь более чем в 600-х монастырях. Под непосредственным окормлением Патриарха состоят двадцать пять ставропигиальных мужских и женских монастырей.
Почти два десятка лет прошло с тех пор, как митрополиту Таллиннскому и Эстонскому, управляющему делами Московской Патриархии, было поручено руководить восстановительными работами в Даниловом монастыре. За это время обитель преобразовалась. В его стенах проводились Архиерейские соборы, различные Церковно-общественные мероприятия. Именно в этом первом возрожденном монастыре находится резиденция Святейшего Патриарха. Патриарх Алексий неизменно совершает богослужения в Троицком соборе в дни памяти св. блгв. князя Даниила Московского, чьи честные мощи покоятся в Свято-Даниловом монастыре.
В 1991 году начала возрождаться иноческая жизнь Донского монастыря. Святейшим Патриархом в 1992 году в малом соборе монастыря были обретены нетленные мощи святителя Тихона – первого Всероссийского Патриарха после возрождения патриаршества в Русской Православной Церкви, одного из самых близких нам по времени святых, чей подвиг борьбы с надвигающимся в начале XX века хаосом безбожия значителен и поучителен. В монастыре хранится одна из древнейших чудотворных списков с Донской иконы Божией Матери, перед которой Святейший Патриарх Московский Алексий вместе с многочисленной паствой возносит молитвы.
Благодаря установившемуся плодотворному взаимодействию светской и духовной властей при Святейшем Патриархе Алексии II возвращена православная государственная символика, – флаг и двуглавый орёл на президентском штандарте и государственном флаге страны, государственные гербы министерств. Древние города России восстанавливают свои исторические гербы с православной символикой, возрождены главные государственные и православные награды. В гражданский календарь возвращены государственные православные праздники – День Народного Единства, празднуемый 4 ноября на день Казанской иконы Божией Матери и День победы в Куликовской битве, празднуемый 21 сентября, – на Рождество Богородицы. В этот день Святейший Патриарх на Куликовом поле в Тульской Епархии совершает панихиду по всем погибшим в этом величайшем в русской истории сражении у монумента героям Куликовской битвы, созданного в 1850 году по проекту К. Брюллова. Посещает село Монастырщина, где, по преданию, погребены воины, павшие в Куликовской битве, молится в храме во имя прп. Сергия Радонежского. «Слава Богу, что в нашу жизнь возвращена память о Куликовской битве, – сказал Предстоятель, – ведь эта битва во многом определила ход нашей истории. Великий князь Димитрий Донской получил на неё благословение от преподобного Сергия Радонежского…».