В 1947 году, честные мощи святителя Алексия по усердному прошению священноначалия были возвращены Русской Православной Церкви. 14 октября того же года, по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия (Симанского), они были перенесены в Богоявленский Кафедральный Собор и установлены для всенародного почитания. Сохранились многочисленные свидетельства благодатных проявлений небесного ходатайства святого владыки о верующем русском народе, с прошением к нему о помощи в скорбях, нуждах, болезнях и бедах притекающего. Подвигом жертвенного служения Церкви и Отечеству и святой иноческой жизнью стяжал он вечную славу чудотворца, небесного покровителя, молитвенника и ходатая у Престола Божия за Святую Русь.
Тезоименитый святителю Алексию нынешний Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II в Богоявленском Кафедральном Соборе, 10 июня 1990 года проходил обряд интронизации на патриарший престол, где пятнадцатый Патриарх Московский и всея Руси произнес первосвятительское Слово, в котором наметил программу предстоящего служения Церкви и Отечеству: «Свою первоочередную задачу мы видим, прежде всего, в укреплении внутренней, духовной жизни Церкви… Немало усилий потребует восстановление великих и малых монашеских обителей нашей страны. Во множестве восстанавливаются храмы, возвращенные Церкви, и строятся новые. Этот радостный для нас процесс ещё только развивается и потребует от всех нас многих трудов… Мы видим перед собой необозримое поле катехизаторской деятельности, включающей создание широкой сети воскресных школ для детей и взрослых, обеспечение паствы и всего общества литературой, необходимой для христианского научения и духовного возрастания… Немало предстоит сделать в утверждение справедливости в межнациональных отношениях… Мы будем развивать наши братские отношения с Поместными Православными Церквами и тем самым укреплять всеправославное единство». Так на первосвятительский престол взошел архипастырь, которому суждено вписать новую главу в историю Русской Православной Церкви. Нынешний Святейший Патриарх Алексий II, возглавил Русскую Православную Церковь в один из сложнейших периодов отечественной истории. Для решения поставленных задач и многих проблем, накопившихся в процессе сосуществования Русской Православной Церкви с богоборческим советским государством, ему предстояло, прежде всего, наладить контакт с государственной властью. И Предстоятель Церкви с честью выполнял эту задачу.
Слава Богу, что с 2000 года к руководству России впервые за 80 лет пришел православный Президент, а в 2008 году избран его преемник, искренне желающий со своей командой вывести Россию из нынешнего Смутного времени и вернуть ей её подобающий статус Великой Державы Мира. Впервые в современной истории России в Благовещенском соборе Глава Российского государства В.В. Путин после инаугурации принял благословение Предстоятеля Русской Православной Церкви на служение Отечеству.
Трудами и молитвами Святейшего Патриарха Алексия II возобновились регулярные праздничные богослужения в соборах Московского Кремля, которые занимают особое место в русской истории и культуре. Богослужения проходят в Успенском, Архангельском, Благовещенском соборах Кремля, в храме Двенадцати Апостолов. В соборах Кремля, в сердце России и православной столицы Мира не прекращается молитва за нашу Церковь и Святую Русь.
Эпохальным событием для всей Русской Православной Церкви и России стало воссоздание по благословению Святейшего Патриарха Алексия II разрушенного в безбожные годы Храма Христа Спасителя, великое освящение которого состоялось 19 августа 2000 года в праздник Преображения Господня. Среди важных для Русской Церкви событий – воссоздание Казанского собора и Иверской часовни на Красной площади. 4 ноября 1990 года, в день празднования Казанской иконе Божией Матери, Патриарх Алексий II освятил закладной камень воссоздаваемого Казанского собора. Храм был восстановлен, а 4 ноября 1993 года состоялось его освящение Святейшим Патриархом. В своем обращении к пастве он сказал: «Сегодня, когда мы хотим возрождать соборы и храмы, возрождать нашу Русскую Церковь, нам необходимо начать с возрождения нашей собственной веры – веры и молитвы». Тем самым Предстоятель Церкви подтвердил свое намерение всесторонне содействовать окончанию сегодняшнего Смутного времени в России.