Выставленные минные заграждения очень быстро дали о себе знать. Только с 23 июня по 20 июля 1941 г. в районе Главной базы катерами ОВР обнаружено и уничтожено 13 всплывших мин и два минных защитника. Для обеспечения безопасности судоходства командование флота приняло срочные меры по организации военно-лоцманской службы и начало проводку судов через районы, опасные от мин, организовывало инструктивные занятия с капитанами судов, ввело систему дополнительных навигационных ограждений. А тут еще выяснилось, что на флоте фактически отсутствуют параваны-охранители для тихоходных транспортов.
20 июля 1941 г. штаб ЧФ запретил плавание судов в районе Одессы, Севастополя, Керчи, Новороссийска, Туапсе и Батуми без военного лоцмана или конвойного корабля. Командирам баз вменялось в обязанность предупреждать об этом каждое судно, куда бы оно ни следовало. Однако этих мер оказалось явно недостаточно. Из-за неподготовленности личного состава кораблей к плаванию по фарватерам военного времени, слабой обеспеченности и плохой организации судоходства от подрыва на своих минах погибли, кроме эсминцев и тральщика, торпедный и два сторожевых катера, гидрографическое судно, три транспорта, танкер, буксир, две паровых шхуны, два сейнера и баржа. Два транспорта получили серьезные повреждения. Есть основания полагать, что некоторые из кораблей и судов, считающиеся погибшими и поврежденными на минах противника, фактически подорвались на своих.
Кроме минной опасности, на интенсивность наших морских перевозок стал влиять подводный фактор — а точнее, подлодки противника. По данным разведывательного отдела флота на 29 июня на Черном море действовало 7–8 германских подлодок. Из них три якобы базировались на Созопол (Болгария). Но еще раньше, 26 июня, Ф.С. Октябрьский в телеграмме командирам военно-морских баз к числу «главных и сильных врагов», кроме авиации, причислил и подводные лодки, которых, как указывалось в телеграмме, «немцы притащили в Черное море, видимо, не один десяток». 2 июля в донесении наркому ВМФ командующий флотом докладывал:
Откуда командующий флотом взял 7–8 подлодок противника на 26 июня, непонятно. Скорее всего он сам их придумал, дабы карась, то бишь командир ВМБ, не дремал. Первый раз в разведсводках германские подлодки появились 29 июня. Правда, еще раньше и позднее от постов СНиС, кораблей и самолетов в море поступали донесения о якобы замеченных ими перископах и самих подводных лодках. Но по подобным отрывочным донесениям нельзя было определить их количество на театре, это могла сделать только разведка на основании анализа сил противника в базах.
Здесь небезынтересно обратиться к дневниковым записям Ф.С. Октябрьского, опубликованным его дочерью. Как раз 29 июля у комфлота на докладе побывали начальник штаба флота контр-адмирал И.Д. Елисеев и начальник разведывательного отдела полковник Д.Б. Намгаладзе. После разговора с ними в дневнике появились такие строчки:
Далее динамика донесений разведывательного отдела флота по германским подлодкам выглядела следующим образом. 2 июля разведчики доложили о двух германских подлодках в Варне. 10 июля — на порты Болгарии как нейтрального государства базируются немецкие подлодки, укрывающиеся от наших вооруженных сил. 12 июля — по достоверным данным, в судоремонтных мастерских в Варне собираются четыре германских подлодки. 15 июля эта информация подтверждается. 14 июля — в Бургасе отмечено две итальянские подводные лодки.