Периодически сообщается о выходе германских подлодок из Бургаса в море и даже указываются курсы. 17 июля — из Италии в речной румынский порт Джурджиу прибыли две подлодки. 17 июля вновь подтверждаются сведения о наличии в Варне трех германских подлодок. 22 июля — вверх по Дунаю на буксире проследовали две поврежденные германские подлодки. 4 августа — в Румынию прибыли 2000 немецких моряков с подводными лодками в разобранном виде. 10 августа — подтверждается сборка в судоремонтных мастерских Варны трех германских подлодок.
6 сентября — согласно записи болгарского погранпоста № 38 зарегистрировано с начала войны движение вниз по Дунаю 7 подлодок, 22 торпедных катеров. 14 сентября — в Бургас прибыли немецкие подлодки в разобранном виде.
Как мы видим, даже опираясь на разведсводки, Военный совет явно завысил количество германских подводных лодок на Черном море. На самом деле до лета 1942 г. противник имел на Черноморском театре всего одну румынскую подводную лодку «Delfinul», которая свой первый и безрезультатный поход на советские коммуникации мыс Ай-Тодор — Феодосия — Новороссийск совершила в период с 10 по 20 июля 1941 г.
Теперь давайте посмотрим, как отразилась на деятельности Черноморского флота раздуваемая подводная истерия. Утром 22 июня все советские транспорта на Черном море укрылись в портах. Наверное, это можно счесть нормальной реакцией на начало военных действий. Как мы уже знаем, в первые дни войны у командования Черноморского флота могла складываться вполне оптимистическая картина развития дальнейших событий. Не исключалось, что через неделю Красная Армия будет в Констанце и угроза своим морским коммуникациям отпадет сама собой.
Однако начавшиеся военные действия, наоборот, требовали увеличения объемов перевозок, и прежде всего нефтепродуктов, в противном случае это грозило срывом снабжения жидким топливом действующей армии. 24 июня адмирал Исаков потребовал от Военного совета срочно обеспечить плавание танкеров по трассе Батуми — Туапсе — Новороссийск — Керчь. Установление режима плавания и управление им возлагалось на флот. Время выхода и генеральные курсы назначались по указанию командиров ВМБ. Переход должен был осуществляться только днем под самым берегом в обеспечении наблюдений постов СНиС, авиации, катеров МО. В случае реальной угрозы движение требовалось приостановить. Основной угрозой для плавания танкеров на этой трассе считались подводные лодки и авиация противника.
26 июня движение транспортных судов возобновили. 28 июня нарком ВМФ указал Военному совету флота, что главной задачей флота в данный период является защита морских коммуникаций и в первую очередь обеспечение перевозок жидкого топлива. Насколько категорично Военный совет Черноморского флота воспринял эту директиву наркома, сказать трудно — но можно сказать, что именно тогда флот перешел от решения преимущественно наступательных к сугубо оборонительным задачам. Это отчасти касалось даже подводных лодок и ударной авиации, но об этом мы поговорим отдельно и чуть позже.
В начале войны на Черном и Азовском морях перевозками грузов занималось 119 транспортных судов. В то же время для охранения их на переходе морем флот располагал 60 сторожевыми катерами, 12 тральщиками и 16 эсминцами. Но поскольку значительная часть этих сил все время отвлекалась для решения других задач, а примерно четверть постоянно находилась в ремонте, то для охранения транспортных судов можно было выделить лишь 20 катеров МО, два-три тральщика и один-два эсминца. Учитывая это обстоятельство и руководствуясь указанием продолжать усиленные перевозки морем, командование флота дало указание командирам ВМБ осуществлять охранение транспортов только с ценными грузами, а остальные «должны следовать под берегом без конвоя день и ночь».
Здесь надо сразу отметить, что эскортные корабли — это те силы, которых много или даже достаточно просто не бывает. Так же традиционно всегда и у всех не хватало истребительной авиации для надежного прикрытия всех конвоев на переходе морем. Для компенсации последнего повсеместно прибегали к вооружению артиллерией судов.
По приказу наркомов ВМФ и Морского флота от 3 июля организациям, владевшим судами, с помощью Черноморского флота надлежало в кратчайший срок на 59 транспортных судах смонтировать 149 орудий калибром 45 мм и два орудия 76 мм. Для установки артиллерии суда распределялись по пунктам вооружения (Одесса, Туапсе, Новороссийск, Керчь, Мариуполь, Поти). Командование флота обязали выдать организациям, владевшим судами, артиллерийское вооружение и боезапас из расчета 100 выстрелов на орудие, обеспечить соответствующей консультацией установку орудий на судах, и выделить временно для обучения команд на каждое вооруженное судно по одному комендору.