К решению задачи вооружения судов приступили сразу же после получения приказа. Однако из-за недостаточного внимания к этому делу работа продвигалась медленно. Да и действительно — кто ту авиацию противника видел? В течение первого месяца войны германские самолеты в основном решали задачи разведки и минирования. Все это привело к тому, что, когда началась оборона Одессы и авиация действительно стала бомбить наши суда, артиллерию к тому времени установили немногим более чем на половине намеченных к вооружению судов.
Еще одна причина такой медлительности заключалась в том, что командование флота нацеливало оборону сообщений не столько против главного и, по сути дела, единственного противника — авиации, сколько против подводных лодок, которые реально отсутствовали. Именно поэтому в охранение транспортов повсеместно назначали сторожевые и даже торпедные катера, которые с точки зрения объектовой ПВО абсолютно бесполезны. Правда, и в отношении борьбы с подводными лодками они также никакой ценности не представляли, так как не имели радиотехнических средств обнаружения целей в подводной среде. Но тогда это считалось нормой, и противолодочная ценность катеров определялась наличием глубинных бомб. Только действительно очень цепные конвои охранялись эсминцами или тральщиками, которые уже могли представлять для авиации некоторую угрозу при их попытках атаковать транспорта.
Как уже отмечалось, вся ответственность за безопасность морских сообщений и организацию движения транспортов в пределах границ своих баз возложили на командиров ВМБ. Обеспечение морских сообщений от устья Дуная до Ак-Мечети возлагалось на командира Одесской ВМБ, от Ак-Мечети до Феодосии — на командира ОВР Главной базы, от Феодосии до Новороссийска — на командира Новороссийской и от Сочи до Батуми — на командира Батумской ВМБ.
С 26 июня на театре ввели систему конвоев, состоявших из одного-двух транспортных судов, нескольких боевых кораблей и самолетов МБР-2. Охранение одного транспорта осуществлялось одним, а при наличии ценных грузов — двумя-тремя сторожевыми катерами; двух транспортов — двумя тральщиками или эсминцами, двумя-тремя сторожевыми катерами и в районе базы — двумя-тремя самолетами МБР-2. В редких случаях конвои состояли из трех транспортов, идущих в охранении эсминца, двух тральщиков, трех-пяти сторожевых катеров и трех-четырех гидросамолетов. Многие суда следовали без охранения. Так, в течение июля месяца на коммуникации Одесса — Севастополь из 263 судов 131, то есть половина, прошли без охранения. На трассе Кавказ — Крым — Кавказ за это же время прошло 241 судно, из которых только 77, то есть примерно одна треть, имели охранение. На кавказской трассе из 142 прошедших судов — 58, или 41 %, с охранением. Таким образом, в сумме за июль около 60 % транспортов совершили переходы без охранения. Поэтому в основу организации движения судов на театре положили метод перетекания.
Во всех военно-морских базах, а также в Ак-Мечети, Ялте и Феодосии создали лоцманские станции. С 10 июля штаб флота ввел в действие лоцию военного времени. Проводка судов лоцманами стала обязательной. В указанных пунктах и в Балаклаве создали ОХР
[22]. В середине июля начальник штаба флота утвердил наставление по боевой деятельности и инструкцию дежурному по охране рейдов в Ялте, Феодосии, Ак-Мечети и Балаклаве. Для пеленгования мест падения неконтактных мин, сбрасываемых самолетами противника, командиры военно-морских баз и начальники ОХР по приказанию командующего флотом развернули береговые и плавучие (на шлюпках и катерах) посты противоминного наблюдения. Особое внимание обращалось на организацию постов в Керченском проливе, Очаковском укрепленном секторе и Цемесской бухте — ну и, естественно, в Главной базе.В интересах защиты своих морских коммуникаций командование флота в начале июля провело передислокацию корабельных сил. На Севастополь продолжали базироваться: линейный корабль, три крейсера, семь эсминцев и 1-я бригада подводных лодок (16 подлодок и плавбаза «Волга»). Кроме того, в подчинении командира ОВР Главной базы находились два эсминца, семь тральщиков, 22 катера МО, минный заградитель, одиннадцать призванных тральщиков, шесть вспомогательных судов и 1-я бригада торпедных катеров. На Балаклаву базировался 7-й дивизион 2-й бригады подводных лодок (восемь лодок типа М). На Феодосию — семь подлодок типа Щ 1-й бригады и плавбазы «Нева». На Новороссийск — два крейсера, три эсминца, два тральщика, десять катеров МО, семь подводных лодок Отдельного учебного дивизиона, шесть торпедных катеров и призванные корабли (два минных заградителя, семь тральщиков, четыре сторожевых корабля, 10 вспомогательных судов, плавбаза «Очаков» и плавбаза катеров «Украина»). На Одессу — учебный крейсер «Коминтерн», четыре канонерские лодки, эсминец, два тральщика, 21 катер МО и 2-я бригада торпедных катеров.