В конце 1496 года римский двор начинает травлю приора Сан-Марко. Флоренция была озабочена приближением императорской армии Максимилиана Австрийского, и советники правительства ослабили бдительность, защищая Савонаролу от папской власти. Монах обеспечил себе власть в доминиканских монастырях Флоренции, вступив в Ломбардскую конгрегацию, не зависящую от Святого престола. Вернуть его в лоно Церкви папа мог очень удобным для себя способом: отменить это присоединение и создать новую конгрегацию, полностью подчиненную Риму. Тогда предсказатель лишится своей должности викария конгрегации и снова станет простым монахом. Об установлении новой романо-тосканской конгрегации объявлено в бреве от 7 ноября 1496 года. Савонарола ее не признает: из-за этого он отлучен от Церкви, но продолжает проповедовать. Его влияние на флорентийцев таково, что 7 февраля 1497 года на площади Сеньории он приказал развести знаменитый костер тщеславий: собранные по всей Флоренции похотливые картины и непристойные книги, лютни, румяна, духи, зеркала, куклы, игральные карты и игровые столы — все, что относилось к комфорту и удовольствиям, было свалено в кучу и сожжено. Проповедуя в пост, он назвал Римскую Церковь продажной девкой и осудил с еще большей силой разврат папы. В Риме перед консисторией яростный враг Савонаролы отец Мариано призвал папу к суровым действиям: «Вырвите, Святейший отец, вырвите это чудовище из лона Церкви Господней!» Бывший некогда покровителем Савонаролы кардинал Карафа отказал ему в поддержке.
После смерти Хуана Гандийского на смену этой беспощадной борьбе пришло, казалось, взаимопонимание. Савонарола призывает папу осуществить его святые намерения и реформировать Церковь. При этом он просит понтифика обратить благосклонное внимание на его труды и отменить ошибочно выдвинутое отлучение. Александр VI, действительно, изменился. Его не оскорбляют слова отлученного монаха. Каждый день под его председательством в Ватикане заседает комиссия по реформе, которую он создал 19 июня. В ней шесть кардиналов: Карафа, Коста, Паллавичини, Сан-Джорджо, Пикколомини и Риарио. Просмотрев проекты реформ предыдущих пап, комиссия разрабатывает текст буллы, которая реорганизует литургию, пресекает симонию и отчуждение имущества церкви и регулирует право раздачи бенефиций от епископств.
Ни один кардинал не может владеть более чем одним епископством и бенефициями, приносящими более 6000 дукатов. Никто не может более двух лет занимать должность легата. Князья церкви не могут участвовать в светских развлечениях — смотреть театральные представления, присутствовать на турнирах и карнавалах. Максимальное количество их слуг — 80, лошадей — 30. У них не может быть ни фокусников, ни шутов, ни музыкантов. Они не имеют права нанимать юношей или подростков в качестве лакеев. Они должны жить при курии. Они не имеют права тратить более 1500 дукатов на организацию своих похорон.
Отменена продажа должностей курии. Независимо от ранга священнослужители должны отказаться от сожительниц в течение 10 дней после опубликования буллы. При невыполнении этого условия через месяц виновные будут лишены их бенефиций. Обеты, данные детьми, будут объявлены незаконными. Разнообразные злоупотребления в передаче церковного имущества и чрезмерная стоимость канцелярских актов будут сурово пресекаться.
Этот весьма примечательный текст является отражением личного опыта папы, который долгое время в качестве вице-канцлера давал освобождение от всех грехов. Теперь он хочет полностью искупить свою вину. К глубокому сожалению набожных людей, булла так и не была издана. Через месяц после образования комиссии Александр прекратил ее собрание. Он отказывается узаконить подготовленные положения реформы и возвращается к своей обычной жизни.