Причину такой полной перемены в поведении нужно искать в натуре самого папы, который всегда больше стремился к радостям жизни, чем к наказаниям за них. Как только прошло время траура, пришло время забвения. Но это произошло так быстро, потому что с каждым днем он убеждался в том, что наполняло его ужасом: он был практически уверен, что его сын Чезаре был убийцей своего брата. Хотя имя не упоминалось, кардинал Валенсийский очень быстро вошел в список подозреваемых: 23 июня Браччи, посланник Флоренции, писал в Сеньорию, что папа теперь располагал всей информацией, собранной по поводу этого преступления, но не хотел ускорять дела, «потому что виновные были весьма важными людьми». 25 июля, через 20 дней после совершения преступления, он приказал полиции прекратить поиски. Слышали, как он говорил, что знает преступника, но при этом его имени не назвал. Из этого сделали вывод, что речь шла о человеке, которого папа не сможет наказать, поскольку может последовать страшный скандал. Это не мог быть ни римский барон, ни ревнивый муж: их бы очень скоро выдали правосудию. Следовательно, нужно было искать виновного среди самых близких людей папы. И найти его было нетрудно. Люди при курии знали, насколько кардинал Валенсийский чувствовал себя разочарованным и обманутым по отношению к своему брату с тех пор, как тому воздавались почести, на которые Чезаре, хотя он был и старше, не мог претендовать. Ему мешал кардинальский сан. Смерть Хуана вынудила бы папу вернуть Чезаре в состояние мирянина. И тогда он смог добиваться того княжеского положения, которое бы полностью затмило то, которое отец дал его младшему брату. Будущее Чезаре требовало физического устранения герцога Гандийского. Ему единственному было это выгодно.
Время проходило, и языки понемногу развязывались. «Я снова слышал, что в смерти герцога Гандийского обвиняют его брата, кардинала», — напишет из Венеции 22 февраля 1498 года Джованни Альберто делла Пинья герцогу Феррары. Историки Санудо и Гишарден будут утверждать, что Чезаре виновен. Позже, в зависимости от того, захотят польстить или нет папской власти, будут либо сомневаться, либо соглашаться с этим обвинением. Убийца действовал таким образом, что никогда против него невозможно будет собрать доказательства. Но предосторожность даже подчеркивала исключительный характер преступника. Это был гениальный человек, и подобного человека при римском дворе, кроме Чезаре, не было.
То, что папа слишком рано начал подозревать своего сына, доказывает тот факт, что он не пытался с ним встретиться до его отъезда в Неаполь. Действительно, 22 июля Чезаре покидает Рим, имея полномочия легата, чтобы короновать в Капуа короля Фредерика. 7 августа Александр VI направляет Джофре и Санчию участвовать в этой церемонии. Санчия приезжает как раз вовремя, чтобы ухаживать за Чезаре, почувствовавшим легкое недомогание. Он был ее любовником. Коронация происходит в назначенный день 10 августа. Несмотря на отсутствие баронов Сан-Северино, враждебных по отношению к арагонцам, большинство крупных вельмож сопровождают короля, едущего под золотым балдахином, в собор, где ведет службу Чезаре. Фредерик раздает титулы и милости своим сторонникам, в частности Просперо и Фабрицио Колонна.