Описываемые события произошли 4 (16) апреля 1866 года. Завершив прогулку по Летнему саду и подойдя к ожидавшей его коляске, Александр II начал надевать шинель. Вокруг коляски образовалась толпа из прохожих, жаждавших увидеть царя. Внезапно раздался выстрел. Некто из толпы толкнул локоть стрелявшего и пуля прошла мимо цели. Преступник бросился бежать вдоль Невы по направлению к Прачечному мосту, но был остановлен двумя унтер-офицерами. При задержании он представился крестьянином Алексеем Петровым. При нем, помимо пистолета, были обнаружены фунт пороха и пять пуль, три сильнодействующих яда (синильная кислота, стрихнин и морфий), две прокламации «Друзьям рабочим», письмо некоему Николаю Андреевичу (впоследствии оказавшемуся Ишутиным) и маленький лоскуток бумаги с отдельными словами, написанными карандашом.
Личность преступника установили только после обыска в Знаменской гостинице. В номере, где проживал арестованный, обнаружили мелкие лоскутки исписанной бумаги, которые оказались клочьями уничтоженного письма. Из этих обрывков следователи составили адрес: «В Москву: на Большой Бронной, дом Полякова, № 25. Его высокоблагородию Николаю Андреевичу Ишутину». Доставленный в Санкт-Петербург, Ишутин сообщил следствию настоящее имя преступника — своего двоюродного брата Каракозова.
Спасителем царя, помешавшим Каракозову выстрелить прицельно, стал крестьянин Осип Иванович Комиссаров, промышлявший в столице шитьем головных уборов. О случившемся он рассказывал так:
«Сам не знаю что, но сердце мое как-то особенно забилось, когда я увидел этого человека, который поспешно пробивался сквозь толпу; я невольно следил за ним, но потом, однако, забыл его, когда подошел государь. Вдруг вижу, что он вынул и целит пистолет: мигом представилось мне, что, коли брошусь на него или толкну его руку в сторону, он убьет кого-либо другого или меня, и я невольно и с силой толкнул его руку кверху; затем ничего не помню, меня как самого отуманило.»
Сначала по городу, а потом по всей империи разнеслась новость о спасении царя простым мужиком. Комиссарова сравнивали с Иваном Сусаниным, спасшим молодого царя Михаила Романова от польско-литовского отряда. В театрах страны ставили оперу Глинки «Жизнь за царя», намекая на идентичность подвигов Ивана Сусанина и Осипа Комиссарова. Историю делал еще ярче тот факт, что оба героя происходили из одной местности Костромской губернии: их родные деревни отстояли друг от друга всего на 12 верст. Вечером в день покушения Осип Комиссаров был представлен императору на приеме в Зимнем дворце. Царь его благодарно обнимал, одарил Владимирским крестом IV степени и ввел в потомственное дворянство с фамилией Комиссаров-Костромской.
Следствие велось стремительно. Уже на следующий день после покушения состоялось первое заседание следственной комиссии, председателем которой был назначен граф М. Н. Муравьев. В связи с нахождением ишутинского кружка преимущественно в Москве, по приказу Муравьева в бывшей столице была создана временная комиссия
О способах работы комиссий красноречиво говорят произнесенные на суде слова подсудимого Лапкина: