По мере поисков подходящего места стало понятно, что нужно хоронить недалеко от дороги, так как сил у похоронной бригады уже не оставалось. Начали было рыть могилу поблизости, но заметили постороннего, который мог стать свидетелем захоронения. Это вынудило бросить почти готовую яму и отправиться на новые поиски. Уже к ночи 18 июля, когда грузовик завяз в грязи, было решено остановиться и хоронить где получается — в Поросенковом логу. Пока копали новую яму, неподалеку развели костер и сожгли тела Алексея и Марии. В могилу сбросили оставшиеся тела, облили кислотой, закидали грунтом, сверху бросили шпалы и утрамбовали, прогнав по шпалам грузовик.
В ближайшие день-два после трагических событий в доме Ипатьева Уралоблсовет сообщил о них в Москву. 18 июля Президиум ВЦИК под председательством Свердлова признал решение Уралоблсовета о расстреле Николая Романова правильным. На следующий день это постановление ВЦИК было опубликовано в газете «Известия». Совнарком принял это решение к сведению.
Расстрел царской семьи стал центральным эпизодом в серии убийств представителей свергнутой династии. В ночь на 13 июня 1918 года в Перми был застрелен великий князь Михаил Александрович, в пользу которого больше года тому назад Николай отрекся от престола. Тогда отказ Михаила от вступления на престол окончательно завершил правление династии Романовых в стране. В ночь на 18 июля того же года спустя сутки после расправы с Николаем и его семейством в нескольких километрах от уральского городка Алапаевска были сброшены в шахту члены дома Романовых, среди которых были князья императорской крови братья Иоанн, Константин и Игорь Константиновичи. В январе 1919 года в Петрограде расстреляли великих князей Павла Александровича, Дмитрия Константиновича, Николая Михайловича и Георгия Михайловича. Оставшиеся в живых представители дома Романовых разными путями эмигрировали за рубеж.
25 июля 1918 года, через неделю после расстрела семьи Николая Романова, Екатеринбург оказался в руках белогвардейцев и отрядов чехословацкого корпуса. Руководство Белого движения приняло меры по расследованию смерти бывшего царя и его семьи. На первом этапе делом занимался следователь по важнейшим делам Екатеринбургского окружного суда А. П. Наметкин. В августе 1918 года дело передали члену Екатеринбургского окружного суда И. А. Сергееву. В январе 1919 года куратором следствия был назначен главнокомандующий Западным фронтом генерал-лейтенант М. К. Дитерихс. 6 февраля 1919 года распоряжением Верховного правителя России адмирала А. В. Колчака следствие было поручено вести следователю по особо важным делам Омского окружного суда Н. А. Соколову. Именно с именем Соколова связано выяснение многих обстоятельств расстрела и их подробное документирование.
Приняв материалы дела, собранные первыми следователями, Соколов начал дополнительные следственные действия, скрупулезно фиксируя их результаты. В период до 10 июля 1919 года он опросил более сотни свидетелей, собрал множество вещественных доказательств, провел несколько экспертиз. В частности, по показаниям бывшего офицера императорской армии А. А. Шереметевского в районе заброшенного рудника недалеко от деревни Коптяки были найдены предметы, принадлежавшие представителям царской семьи:
«Признаться, я ни на одну минуту не доверял слухам об убийстве Государя, и никто положительно этому не верил. В городе все были убеждены, что Августейшая Семья вывезена. Когда я приехал в Коптяки со станции Исеть, мне кто-то сказал, что сейчас из Коптяков ушли на город красные. Я кинулся с казаками их догонять. Но эти сведения оказались ложными. Я опять вернулся в Коптяки. В это время ко мне пришел крестьянин Михаил Алферов и, показывая мне сверток с вещами, сказал: «А мы были на шахтах. Вот, посмотри-ка, что мы там нашли». Я, как поглядел на эти вещи, так и ахнул. Я увидел среди этих вещей Кульмский обгорелый крест, и именно сразу же припомнился мне случай, памятный в моей жизни. Я учился во 2-й Петергофской школе прапорщиков. 1-го октября 1916 года к нам в школу приезжал Государь Император. С Ним тогда приезжала Великая Княжна Татьяна Николаевна. Я помню прекрасно, что на Ней был тогда совершенно такой же крест, какой был в руках Алферова. Я хорошо в то время разглядел этот крест на Татьяне Николаевне. Он был приколот у Нее на левой стороне Ее груди и бросался в глаза своим блеском.»