Новость об октябрьском перевороте добралась до тобольских затворников лишь спустя пару недель после революционных событий. В дневнике Николай оставляет следующую запись:
В первое время после прихода большевиков к власти о царском семействе никто не вспоминал. Молодому советскому государству требовалось решать более насущные вопросы, поэтому царская проблема отошла на второй план. Однако к весне 1918 года стали ходить разговоры о возможном бегстве бывшего царя за границу, что могло осложнить как положение большевиков в стране, так и позиции Советской России на внешнеполитической арене. В связи с этим ряд региональных советов обратились к председателю Всероссийского Центрального Исполнительного Комитета (ВЦИК) Я. М. Свердлову с предложением перевезти Николая из Тобольска. Следуя этим сообщениям, Свердлов отправил в Тобольск проверенного революционера К. А. Мячина (Яковлева) с заданием доставить Николая в Екатеринбург. В тяжелой обстановке военного времени Яковлев поручение выполнил: 30 апреля 1918 года Николай с супругой и дочерью Марией прибыл в Екатеринбург. Спустя полтора месяца к Николаю присоединились остальные члены семьи. Местом последнего пристанища царского семейства стал Дом особого назначения — дом инженера-строителя Н. Н. Ипатьева, реквизированный у последнего для размещения в нем Романовых.
В отношении дальнейшей судьбы Николая между столичными советскими руководителями (Центром) и Уральским областным Советом рабочих, крестьянских и красноармейских депутатов (Уралоблсоветом) завязалась оживленная телеграфная переписка. Основными действующими лицами выступали Свердлов — со стороны Центра, со стороны Уралоблсовета — председатель исполкома Уралоблсовета А. Г. Белобородов и член исполкома Уралоблсовета Ф. И. Голощекин. Центр настаивал на сохранении жизни Николая вплоть до проведения над ним публичного суда. Уралоблсовет высказывался за скорейшую казнь бывшего царя.
В июне 1918 года до Москвы дошли слухи о самовольном убийстве Николая в Екатеринбурге. Для проверки этих сведений на Урал был отправлен командующий североуральскими красноармейскими частями Р. И. Берзин. После посещения дома Ипатьева Берзин телеграфировал в Центр, что Николай и его семья живы и здоровы. В начале июля для консультаций с Центром в Москву отправился Голощекин; его встреча с руководством партии и государства не повлияла на официальную позицию столичной власти и не склонила Центр к необходимости устранения бывшего царя.
Тем временем военная обстановка на Урале кардинальным образом изменилась. В мае 1918 года взбунтовался переправлявшийся по Транссибирской железной дороге во Владивосток чехословацкий корпус. Это придало сильный импульс антибольшевистскому движению на всем пути следования чехословаков от Пензы до Владивостока. В мае в руках легионеров и только что сформированных белогвардейских частей оказались Пенза и Челябинск, в июне — Самара, в июле — Сызрань и Иркутск. Следующим предполагался Екатеринбург, к которому устремилась уральская группа чехословацких войск под командованием полковника С. Н. Войцеховского.
В Доме особого назначения ситуация также не была спокойной. Николая начали подозревать в подготовке побега. Для того чтобы проверить эту догадку, уральские большевики инициировали тайную переписку с бывшим царем, выступив от лица лояльного монархическому режиму русского офицерства. В дневнике Николай оставил следующую запись о получении им тайных писем: